Le système de Benchmark La bioinformatique est une tentative de construire un cadre raisonnable d'essais, des tests et des données, pour permettre aux utilisateurs finaux et les fournisseurs pour sonder la performance de leurs systèmes.
Ce que nous essayons de faire est de créer un cadre pour les tests, et un ensemble de base de tests que tous puissent télécharger et utiliser pour sonder des éléments spécifiques de la performance des systèmes.
En outre, la source de ces tests sont disponibles sous licence GPL, et sont hébergés sur Bioinformatics.org et Scalable Informatics LLC L'idée est de permettre aux utilisateurs finaux, les consommateurs, les développeurs de systèmes, et d'autres de construire et d'utiliser facilement des tests significatifs pour mesure et de réglage des raisons .
Joe Landman de Scalable Informatics LLC conçu l'idée et a écrit les codes originaux. Nous sommes à la recherche pour des suggestions supplémentaires de référence de code, des tests, des ensembles de données, etc.
Tests de référence actuels sont plusieurs BLAST NCBI fonctionne, plusieurs pistes de hmmer, et une variété d'autres. Nous prévoyons d'inclure ClustalW, X! Tandem, divers chimie, dynamique, et des tests connexes, ainsi que plusieurs autres.
Tests tels que LINPACK ou HPL ne fournissent tout simplement pas des indicateurs de rendement significatifs ou des modèles prédictifs pour l'informatique haute performance. Malheureusement, ni faire un certain nombre de tests plus récentes et ciblées.
Ceci est un problème que Linpack et HPL tester spécifiquement la performance sur les différentes opérations de la matrice, où vous avez des modèles d'accès de la mémoire efficace réguliers, et des opérations mathématiques spécifiques.
Ces codes sont les plus utiles pour la comparaison avec les codes opérations en virgule flottante lourds, et le trafic de la mémoire entrelacée. Ces codes ne sont pas conçus pour l'analyse comparative des systèmes complète, où le disque I / O, la latence mémoire, et d'autres facteurs contribuent aux problèmes de performance.
Les meilleurs tests sont ceux qui ressemblent le plus aux codes vous exécuter sur la machine. Les tests eux-mêmes doivent être des approximations raisonnables à une véritable exécution de votre code, en utilisant des données réelles. Vous devrez peut-être réduire en arrière afin d'obtenir des temps d'exécution réalistes.
Vous devriez avoir un sous-ensemble raisonnable de tailles de données. Un seul test ne vous dit pas comment échelles votre système, et l'une des raisons de l'existence de ce test est spécifiquement pour vous permettre de tester les performances pendant que vous augmentez les divers aspects de la charge de travail.
Vous obtenez rarement un système de repos dans un cluster, de sorte que nous recommandons que vous essayez d'exécuter dans un environnement d'exploitation aussi réaliste que possible. Une ligne de base dans un système de repos est bien, mais il peut définir vos attentes de manière déraisonnable.
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