Staden Package est un ensemble de l'assemblage de séquences d'ADN (Gap4), l'édition et des outils d'analyse (Spin) pour Unix, Linux, MacOSX et MS Windows pleinement développé.
Sur le front Gap4 il ya eu plusieurs mineure rejoindre connexes
des améliorations dans la façon dont il scores jointures en Trouver joint interne et le
fonctionnalité du bouton d'alignement dans l'éditeur Rejoignez.
Aussi de conséquence pour Gap4 sont les divers changements à io_lib (la
bibliothèque pour tous les I / O pour divers formats de fichier de trace). Avec l'ajout
d'un nouveau programme de hash_exp il permet maintenant fichiers d'expérience pour être
concaténés et indexées. La liste des noms de fichiers d'expérience
stil devrait être fournie à Gap4, mais si l'environnement EXP_PATH
variable a été correctement Gap4 sera en mesure d'aller chercher individuelle
des séquences sur le fichier de l'expérience enchaîné
archive. Les améliorations apportées à l'interface utilisateur pour cette doivent encore être
fait.
454 archives SFF sont désormais mieux pris en charge. Les defsult 454 indices
travailler maintenant, bien que le programme de hash_sff peut être utilisée pour fournir une
stratégie d'indexage alternatif (peut-être plus rapide dans certains cas).
Gap4 et trev ont aussi un autre style d'affichage de la trace des traces que
avoir une analyse de l'échantillon (chaînes x4) par appel de base. Dans ce cas, il peut
aussi attirer 4 valeurs de confiance au lieu de 1 pour base. Ces capacités
permettra une meilleure intégration des Solexa retrace lorsque plus facilement
disponible.
Et bien sûr le mélange habituel de corrections de bugs et améliorations mineures. Voir la
journal complet de changement pour plus de détails (via le site SourceForge).
Autres changements notables
Gap4
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