PathVisio

PathVisio est une source ouverte et application graphique complètement libre mis en œuvre dans le langage de programmation Java et conçu à partir du sol pour être utilisé pour l'affichage, l'analyse et l'édition voies biologiques sous une exploitation GNU / Linux system.Can être utilisée pour dessiner les voies , link logiciel entitiesThe biologique permet aux utilisateurs de tirer voies, lien entités biologiques (protéines ou des gènes) aux données biologiques, en utilisant des identificateurs de base de données, modifier des voies, ainsi que d'analyser les voies. Avec PathVisio vous serez également en mesure de cartographier les données expérimentales, telles que les données de puces à ADN, et de visualiser sur le dessus du dessin de la voie existante.
En outre, vous serez en mesure de sélectionner une base de données de gènes, sélectionnez une base de données métabolique, afficher les statistiques, données d'expression d'importation, sélectionnez l'ensemble de données d'expression, les voies de recherche, vue légende, manipuler des objets, des projets d'importation, ainsi que pour installer et gérer les plugins, qui peut ajouter des fonctionnalités supplémentaires aux app.Requires aucune demande de installationThe peut être utilisé sans l'installer sur votre système d'exploitation GNU / Linux. Tout ce que vous avez à faire est de télécharger le paquet binaire depuis Softoware, enregistrer l'archive sur un emplacement de votre choix, extraire à l'aide d'un utilitaire de gestionnaire d'archives, ouvrez le répertoire extrait, et double-cliquez sur le pathvisio.jar file.Under l'hoodWhile prendre un coup d'oeil sous le capot du logiciel PathVisio, nous & rsquo; ai remarqué que l'application est entièrement écrit dans le langage de programmation Java, et que son interface utilisateur graphique est conçue avec les dernières technologies Java Swing. Nous & rsquo; avons testé avec succès l'application sur les ordinateurs à l'appui ou l'autre des 32 ou 64 bits CPU architectures.Runs sur ne importe quel OS où Java est supportedBeing écrit dans le langage de programmation Java, PathVisio peut être déclarée une application indépendante de la plateforme qui soutient GNU / Linux , Microsoft Windows, Mac OS X, BSD, Solaris, et de tout autre système d'exploitation où les dernières technologies Java sont prises en charge

Ce qui est nouveau dans cette version:.

• 31 Janvier 2014: Correction d'un bug de presse
• termes GeneOntology sont maintenant supprimés à partir des résultats de la recherche pour les annotations
• DataNodes doivent être annotée avec l'ID et la source de données ou rien (économie nœuds de données avec seulement ID ou source de données ne est plus autorisé)

Ce qui est nouveau dans la version 3.1.2:

• bug majeur dans le module fichier d'importation fixe: http: //developers.pathvisio.org/ticket/1697

Ce qui est nouveau dans la version 2.0.11:

• Autosave
• Zoom aide de la molette de défilement
• Sélection de lignes est plus facile: ne est plus nécessaire de cliquer sur le pixel exacte
• Maintenant, avec deux méthodes pour surreprésentation analyse; une voie orientée et une axée sur les données

Ce qui est nouveau dans la version 2.0.10:

• Nouvelle façon de dessin arrondi des rectangles pour éviter d'étirer effet
• Divers petites corrections de bugs

Ce qui est nouveau dans la version 2.0.9:

• Nouveau type de connecteur pour connecteur de longueur arbitraire et arbitraire angles
• Nouveau & quot; & quot composant cellulaire; propriété pour stocker la signification biologique d'un compartiment
• Nouveau & quot; à double & quot; type de ligne (particulièrement utile pour les organites doubles-membranées)
• hyperliens cliquables dans les voies
• voir étape: & quot; milestone_27 & quot; pour une liste complète des corrections de bogues

Ce qui est nouveau dans la version 2.0.8:

• formes améliorées pour composants cellulaires
• Quelques améliorations d'utilisation telles que copier / coller dans le menu contextuel
• voir étape: & quot; milestone_26 & quot; pour une liste complète des corrections de bogues

Quoi de neuf dans la version 2.0.7:

• icônes de la barre d'outils et de nouvelles panneau latéral pour faciliter pour sélectionner les types et formes fléchées (grâce liubing)
• Filière bases de données sont inclus en tant que source de données, de sorte que vous pouvez ajouter des liens d'une filière à l'autre
• BioPAX convertisseur a été amélioré et produit des documents de BioPAX plus valides.
• nouveau type de connecteur où les points individuels peuvent être manipulés (grâce leonth)
• Nombre de sources de données a été augmenté à plus de 180
• voir étape: & quot; milestone_25 & quot; pour une liste complète des corrections de bogues

Quoi de neuf dans la version 2.0.6:

• Le nombre d'ancres sur une forme peut être augmenté la valeur par défaut 12.
• Une légende de la visualisation de données peut maintenant être affichée sur l'image de la voie elle-même. Auparavant, il était visible que dans un panneau latéral.
• voir étape: & quot; milestone_24 & quot; pour une liste complète des corrections de bogues

Quoi de neuf dans la version 2.0.4:

• amélioration de formatage de texte de formes, des étiquettes et datanodes
• beaucoup plus de formes pour datanodes
• coordonnées simples de pixels
• définir la couleur de fond sur datanodes

Ce qui est nouveau dans la version 2.0.3:

• Le plus remarquable dans cette version est le nouveau schéma XML pour le format de la voie de GPML (version 2010a). Ce nouveau format de la voie permettra à de nombreux nouvelles capacités graphiques l'avenir, vous pouvez vous attendre à certains de ceux figurant dans la prochaine version.
• Autres nouvelles fonctionnalités:
• ancres invisibles sont vraiment invisible, au moins quand quelque chose est connecté à eux (Merci à Margot)
• option supplémentaire de ligne de commande -v (grâce à Mark)
• base de données actuellement sélectionné se affiche correctement dans la barre d'état à nouveau
• Beaucoup de nouveaux points d'extension pour les développeurs de plugin
• voir étape: & quot; milestone_21 & quot; pour une liste complète des corrections de bogues

Ce qui est nouveau dans la version 2.0.1:

• Amélioration de l'algorithme pour les connecteurs automatiques qui pointent vers une ancre .
• Amélioration de dessin de types de flèches qui ont une courte & quot; espace & quot; à la fin.
• Parce que le service de thawte freemail a été annulé, nous avons actualisé notre certificat de sécurité
• Le spectateur Pathway Histoire avait un bug où chaque ligne a été considéré comme modifié, même si elle ne était pas. Ceci a été corrigé.

Exigences :

• Oracle standard Java Edition Runtime Environment