CLC DNA Workbench

CLC ADN Workbench crée un environnement logiciel permettant aux utilisateurs de faire un grand nombre de séquences d'ADN avancée analyses, combinée à une gestion de données lisse, et d'excellentes options d'affichage et de sortie graphiques.
CLC ADN Workbench est disponible sur Windows, Mac OS X, et Linux

Caractéristiques :.

• Bioinformatics propose dans Gene Workbench :
• visualisation flexible de molécules circulaires.
• Editor pour la conception graphique et algorithmique primaire avancé
• Assemblée des données de séquences d'ADN
• Le clonage moléculaire
• automatique SNP annotation des séquences
• Recherche et découverte de motifs d'ADN
• Analyses région de la complexité locale
• de traduction inversée à partir de protéines de gène, sur la base de tables de traduction à partir d'un certain nombre d'espèces
• Avancé analyse et la gestion des enzymes de restriction
• Dot analyses fondées de l'intrigue
• les statistiques d'ADN de forme courte, y compris un certain nombre de caractéristiques d'une molécule donnée
• NCBI recherche de données de séquence
• Accès à l'information web à partir de PubMed
• Les autres caractéristiques de la bioinformatique:
• l'ADN, l'ARN et éditeur de séquence de la protéine affichant à la fois linéaire et molécules circulaires
• ADN, l'ARN, et éditeur d'alignement de protéines
• logos interactives le long des deux alignements ADN, ARN et des protéines
• Le traitement par lot des analyses sur plusieurs séquences en une seule étape de travail
• la recherche de motifs
• Découverte de motifs (patterns inconnus)

L'option
• Avancé réalignement et fixer point alignement
• logo de séquence graphiques long de l'ADN, l'ARN et les alignements de protéines
• annotation manuelle des séquences
• Recherches PubMed intégré
• recherche de séquence basé sur le Web en utilisant BLAST
• Dot analyses fondées de l'intrigue
• Analyses région locale de complexité et de parcelles de complexité
• graphiques fraction de Gap
• G / C analyse de contenu et graphiques
• Projet et la gestion de données:
• L'intégration complète de l'entrée de données, la gestion des données, les résultats de calcul, et l'exportation de données
• Détail journal de l'historique
• Tous les types de fichiers peuvent être sauvegardés dans des projets locaux, et lancé à partir du programme
• Importation et exportation de données dans un grand nombre de formats de fichiers
• Option de travailler dans plusieurs espaces de travail actifs à un moment, ce qui permet de travailler simultanément sur plusieurs projets
• Importer des fichiers de données de trace et les scores de qualité de machines automatisées de sequening d'ADN en utilisant la norme Chromatogram Format, formats ABI et le format de PHD (REDSP)
• Affichage et rapports:
• Vue avancée BLAST
• graphiques avancées voir
• vue avancée de l'histogramme
• Avancé vue tracé de points
• Recherche pour les caractéristiques dans les séquences et les alignements

Exigences :

• 256 Mo de RAM requise
• 512 Mo de RAM recommandé
• 1024 x 768 affichage recommandé

Limitations :

• démo 4 semaines entièrement fonctionnel