E-Cell System

Système E-Cell est un concept de construction de cellules virtuelles sur les ordinateurs.
Système E-Cell est une suite logicielle orientée objet pour la modélisation, la simulation et l'analyse de systèmes complexes à grande échelle telles que les cellules biologiques, architecturées par Kouichi Takahashi et écrites par une merveilleuse équipe de développeurs. Une partie de base du système, E-Cell environnement de simulation de la version 3, permet à de nombreux composants entraînés par de multiples algorithmes avec des échéances différentes de coexister.
Projet E-Cell est un projet international de recherche visant à développer des supports théoriques nécessaires, les technologies et les plates-formes logicielles pour permettre la simulation de cellules entières précise.
Système E-Cell se compose de trois parties principales suivantes:
- E-Cell environnement de simulation (ou E-Cell SE)
- E-Cell environnement de modélisation (ou E-Cell ME)
- E-Cell Analysis Toolkit

Caractéristiques :

• bbli capacités de base:
• la modélisation et la simulation de systèmes complexes orientée objet.
• Plug-in architecture. De nouvelles classes d'objets utilisateur peuvent être développés, chargés dynamiquement, et utilisés dans la simulation.
• interaction de l'utilisateur en temps réel et la visualisation lors de la simulation.


• dans le script:
• Python scripting d'une session de simulation (manipulation marche / arrêt / paramètre / traitement des données, etc ...).
• scripts Python d'une expérience de simulation qui implique de nombreuses séries de séances de simulation (comme réglage des paramètres, l'analyse du contrôle métabolique, etc ..)
• scripts Python de la génération de fichier de modèle (par exemple pour la construction automatisée de modèles de bases de données).


• bbli Compatibilités:
• niveau SBML 1/2 importation.
• niveau de SBML 1/2 exportation.


• Calcul parallèle:
• -mémoire partagée, multi-thread parallélisation d'une seule session de simulation. (Être fusionnés dans la branche principale.)
• Cluster et la grille distribués calcul de plusieurs sessions de simulation. Sun Grid Engine, (Globus Toolkit).

Ce qui est nouveau dans cette version:.

• Cette version ajoute diverses corrections de bugs

Ce qui est nouveau dans la version 3.1.107 RC2:

• Correction d'un bogue dans ecell.Session.saveLoggerData (). (Moriyoshi)
• Correction d'un bogue dans ecell.ECDDataFile. (Moriyoshi)

Quoi de neuf dans la version 3.1.107 RC1:

• problème de compilation fixe sur GCC récent (& gt; = 4,3). (Moriyoshi)
• pyecs intégrés dans pyecell. (Moriyoshi)
• ecell.emc fusionné dans ecell.ecs pour éviter statique étrangeté d'initialisation dans certains plate-forme (y compris Mac OS X). (Moriyoshi)
• Deux interfaces GUI (séance-moniteur et le modèle-éditeur) ont été renouvelés pour deux paquets de modules Python, ecell.ui.osogo et ecell.ui.model_editor. (Moriyoshi)
• GtkSessionMonitor Transféré à ecell.ui.osogo.GtkSessionMonitor qui réside dans eCell / frontend / session_manager. (Moriyoshi)
• Rebaptisé ecell.SessionManager à ecell.session_manager. (Moriyoshi)
• Suppression des constantes suivantes de ecell.ecs_constants. (Moriyoshi)