POY

POY est un programme d'analyse phylogénétique qui prend en charge de multiples types de données (par exemple la morphologie, les nucléotides, les gènes et les régions de gènes, des chromosomes et des génomes entiers,). POY est particulière en ce qu'elle peut effectuer vrai alignement et phylogénie inférence-à-dire des séquences d'entrée ne doivent pas être préaligné. Insertions, délétions et des réarrangements, peuvent alors être inclus dans le score global de l'arbre sous maximum de parcimonie, ou dans le modèle en vertu du maximum de vraisemblance. Une variété d'algorithmes heuristiques ont été développés à cet effet et sont mis en œuvre dans POY.