Malign

Les procédures d'alignement de multiples mises en œuvre dans MALIGNES sont parallèles proches de ceux utilisés pour rechercher cladogrammes de longueur minimale. Les commandes logiques et de programmes sera clair pour ceux qui sont familiers avec des programmes comme Hennig86, NONA et PAUP. topologies d'alignement sont construits par des séquences différentes et améliorées grâce à la branche échange. Chaque topologie d'alignement produit un alignement multiple et cladogrammes sont construits à partir de cet alignement. Le coût de l'cladogramme plus parcimonieuse est alors affecté comme le coût d'alignement multiple.