DendroPy

Il fournit des classes et des fonctions pour travailler avec des données phylogénétiques tels que des arbres et des matrices de caractères.
Il prend également en charge la lecture et l'écriture des données dans une gamme de formats de données phylogénétiques standard, telles que NEXUS, NeXML, Phylip, NEWICK, FASTA, etc ..
En outre, les scripts pour effectuer certains calculs phylogénétiques utiles sont distribués dans le cadre de la bibliothèque, tels que SumTrees, qui résume le support pour scissions ou clades données par un échantillon postérieure des arbres phylogénétiques.
Il se prolongent documentation et fichiers du didacticiel dans le package de téléchargement

Quoi de neuf dans cette version:.

• Une nouvelle infrastructure pour les métadonnées annotations:. AnnotationSet et l'annotation
• Support complet des NeXML 0,9 métadonnées analyse et l'écriture.
• get_from_url () et read_from_url () méthodes permettent désormais pour la lecture des données phylogénétiques à partir des URL.
• Module d'interopérabilité Ajouté GBIF (& quot; dendropy.interop.gbif & quot;)
.

Quoi de neuf dans la version 3.12.2:

• Une nouvelle infrastructure pour les annotations de métadonnées: AnnotationSet et Annotation.
• Support complet des NeXML 0,9 métadonnées analyse et l'écriture.
• get_from_url () et read_from_url () méthodes permettent désormais pour la lecture des données phylogénétiques à partir des URL.
• Module d'interopérabilité Ajouté GBIF (& quot; dendropy.interop.gbif & quot;)
.

Ce qui est nouveau dans la version 3.11.0:

• script New d'application pour la concaténation des étiquettes de succursales à travers plusieurs arbres d'entrée:. sumlabels.py
• Nouvelle classe d'interopérabilité dendropy.interop.seqgen.SeqGen:. wrapper pour Seq-Gen intégré dans la bibliothèque
• Nouveau dendropy.interop.muscle.muscle_align fonction d'interopérabilité ():. wrapper pour l'alignement de MUSCLE
• Nouveau dendropy.interop.raxml.RaxmlRunner de classe de l'interopérabilité:. wrapper pour RAxML
• méthode prune_taxa () ajouté à CharacterMatrix.
• modules de mathématiques déplacés à leur propre sous-paquetage:. dendropy.mathlib
• Nouveau module pour Matrix et vectorielles calculs:. dendropy.mathlib.linearalg
• Nouveau module pour le calcul de la distance statistique:. dendropy.mathlib.distance
• Famille de Mahalanobis fonctions de calcul de la distance dans dendropy.mathlib.distance:. squared_mahalanobis, squared_mahalanobis_1d, Mahalanobis, mahalanobis_1d

Ce qui est nouveau dans la version 3.9.0:

• Nouvelles fonctionnalités:
• contrastes indépendants phylogénétiques (PIC) analyse peuvent désormais être effectuées en utilisant la classe dendropy.continuous.PhylogeneticIndependentContrasts.
• simplifiée coalescence contenue (arbre de gène dans l'arbre des espèces) simulation.
• Changements:
• arguments mots-clés à as_string (), write_to_path (), write_to_file, etc. méthodes ont été modifiés pour devenir plus cohérente pour NEXUS et formats Newick. Mots-clés précédentes sont toujours pris en charge, mais seront obsolètes. La nouvelle série d'arguments soutenus par mot-clé peut être vu dans la: ref: NEXUS et Newick écrit personnalisation & # x3C; Customizing_Writing_NEXUS_and_Newick & # X3e; section.
• NEXUS et Newick Les formats par défaut maintenant à la casse des étiquettes de taxons; préciser case_insensitive_taxon_labels = false pour la casse.
• Correction de bugs:
• Lecture caractère entrelacé matrices ne génère plus dans le bloc suivant étant sautée (NEXUS).
• Pris OverflowError lors du calcul des statistiques sommaires.

Quoi de neuf dans la version 3.8.0:

• objets d'arbres peuvent maintenant être rerooted au milieu (voir Tree.reroot_at_midpoint ()).
• Annotations (ie, les attributs des arbres, objets Node ou Edge qui ont eu & quot; annoter () & quot; appelé sur eux) NEXUS lors de l'écriture peut maintenant être écrite comme commentaires métadonnées (& quot;; [et champ = valeur] & quot) / Format NEWICK si les annotations_as_comments argument mot clé est utilisé.
• Lors de la lecture au programme NEXUS / NEWICK arbres de format, précisant extract_comment_metadata = True entraînera commentaires métadonnées étant tiré dans le dictionnaire, avec des touches étant fieldnames et les valeurs étant les valeurs de champ.
• Lors de la lecture des données de format de NEXUS, des ensembles de blocs seront traitées, et les jeux de caractères analysées dans le CharacterDataMatrix pertinente.
• Les jeux de caractères (comme, par exemple, analysé sur NEXUS blocs Coffrets: voir ci-dessus) peuvent être exportés en tant que nouveaux objets CharacterDataMatrix, et être sauvé / manipulé / etc. independentally.
• Lors de l'écriture dans des formats de NEXUS ou NEWICK, l'argumentation write_item_comments mot-clé (True ou False) peut contrôler si les commentaires étendus associés à des nœuds sur les arbres seront écrites ou non.
• classe TopologyCounter ajouté à dendropy.treesum:. permet un suivi des fréquences de topologie
• treesplits.tree_from_splits () permet de CONSTRUCTION (topologie uniquement) arbres à partir d'un ensemble de scissions.
• La plupart des fonctionnalités que l'habitude d'être 'dendropy.treemanip' a maintenant été migrées en tant que méthodes natives de la classe dendropy.Tree. 'Dendropy.treemanip »sera obsolète.
• Arbres peuvent maintenant être élagué basés sur une liste des étiquettes de taxons de supprimer ou conserver (précédemment, les méthodes ne accepteraient que des listes d'objets taxons).

Ce qui est nouveau dans la version 3.7.1:

• Nouvelles fonctionnalités:
• La mise en œuvre de «l'approche générale d'échantillonnage» (Hartman et al 2010:... échantillonnage arbres de modèles évolutifs; Syst Biol 49, 465-476). procédé de simulation d'arbres du modèle naissance de mort
• Changements:
• Les noms corrects / cohérentes pour certaines fonctions de probabilité.
• Correction de bugs:
• Bug dans confirmant l'écrasement du fichier de sortie lors de l'utilisation de SumTrees -e '/' - Split-bords. l'option
• référence semi-fossilisé antique et grisonnant à 'taxa_block' corrigée à 'taxon_set'.

Quoi de neuf dans la version 3.7.0:.

• migré vers la licence BSD-style

Ce qui est nouveau dans la version 3.6.1:

• SumTrees travaille maintenant (en mode série) sous âgés versions de Python (c. & # X3c; 2.6).
• Correction pour compatibilité avec Python 2.4.x.

Ce qui est nouveau dans la version 3.5.0:

• méthode ladderize Ajouté (), d'ordonner les nœuds ascendant (par défaut) ou décroissant (ladderize (à droite = True)) commande.
• Ajouté & quot; bête-résumé-arbre & quot; spécification du schéma de traiter les arbres de consensus BEAST annotés.
• Ajout d'un nouveau module pour interagir avec des bases de données NCBI:. dendropy.interop.ncbi

Quoi de neuf dans la version 3.4:..

• ez_setup.py Livré jour vers la dernière version

Exigences :

• Python 2,4 à 3,0