BioJava

Il fournit des routines analytiques et statistiques, analyseurs pour les formats de fichier commun et permet la manipulation des séquences et des structures 3D.

BioJava est un outil pour explorer les possibilités de Java dans le monde de la bioinformatique

Ce qui est nouveau dans cette version:.

• journalisation des erreurs cohérente. SLF4J est utilisé pour l'exploitation forestière et fournit des adaptateurs pour toutes les grandes implémentations d'exploitation forestière.
• Amélioration du traitement des exceptions.
• méthodes obsolètes supprimés.
• Élargissement du tutoriel BioJava.
• Mise à jour des dépendances, le cas échéant.
• Disponible sur Maven Central.

Quoi de neuf dans la version 4.0.0:

• journalisation des erreurs cohérente. SLF4J est utilisé pour l'exploitation forestière et fournit des adaptateurs pour toutes les grandes implémentations d'exploitation forestière.
• Amélioration du traitement des exceptions.
• méthodes obsolètes supprimés.
• Élargissement du tutoriel BioJava.
• Mise à jour des dépendances, le cas échéant.
• Disponible sur Maven Central.

Ce qui est nouveau dans la version 3.1.0:

• Nouvelles fonctionnalités:
• la version 1.4 CE-CP, avec des paramètres supplémentaires
• Mise à jour Portée 2,04
• Amélioration de FASTQ parsing
• punaises de fixer dans APB parsing
• Corrections mineures dans la structure alignements

Ce qui est nouveau dans la version 3.0.8:

• Nouveau:
• Genbank écrivain
• Parser pour le fichier caryotype de UCSC
• Parser pour les emplacements de gènes de UCSC
• Parser pour les noms de fichier à partir de gènes genenames.org
• Module pour le code de régression de Cox pour l'analyse de survie
• Calcul de la surface accessible (ASA)
• Module d'analyse de fichiers .OBO (ontologies)
• Amélioration:
• Représentation de SCOP et Berkeley-SCOP classifications

Quoi de neuf dans la version 3.0.7:

• Ajout d'un analyseur genbank base
.
• Correction d'un problème lors de la traduction des codons avec N.
• Maintenant peut déduire obligations dans les structures de protéines.
• Ajout du support pour analyser les dossiers de mmCIF pour l'organisme et système d'expression.
• Beaucoup de petites corrections de bogues et améliorations.

Ce qui est nouveau dans la version 3.0.6:

• Développement déplacé vers GitHub à l'adresse: https: // github.com/biojava/biojava

Ce qui est nouveau dans la version 3.0.5:.

• Nouveau analyseur pour la classification CATH
• Nouveau analyseur syntaxique pour le format de fichier de Stockholm.
• Amélioration significative de la représentation des assemblages biologiques de structures de protéines. Maintenant peut recréer ensemble biologique de l'unité asymétrique.
• Plusieurs corrections de bugs.

Ce qui est nouveau dans la version 3.0.4:

• Ceci est principalement une version du correctif de bug aborder les questions en les modules de structure et de trouble protéines.
• Une nouvelle fonctionnalité:. SCOP données peuvent maintenant être soit accessibles à partir du site d'origine SCOP dans le Royaume-Uni ou la version Berkeley

Quoi de neuf dans la version 3.0.3:

• Des améliorations significatives au module de service Web (NCBI explosion et les services hmmer web).
• & quot; New & quot; fastq analyseur (porté de la série BioJava 1 à la version 3).
• Soutien aux EIPD-PDB à la cartographie UniProt.
• Module Protmod renommé modfinder.

Ce qui est nouveau dans la version 3.0.2:

• protéine-structure: Amélioration de la gestion des domaines de protéines: Maintenant soutient SCOP. Nouvelle fonctionnalité pour la prédiction automatisée des domaines protéiques, à base de protéines de domaine Parser.
• Des améliorations mineures et corrections de bugs dans plusieurs autres modules.
• biojava3-aa-prop: Ce nouveau module permet le calcul des autres propriétés de séquences protéiques chimiques et physico
.
• biojava3-protéine-désordre: Un nouveau module pour la prédiction des régions désordonnées en protéines. Il basée sur une implémentation Java du prédicteur RONN.

Ce qui est nouveau dans la version 3.0.1:

• La version 3.0.1 est principalement une correction de bug libérer de la récente 3.0 libéré qui a fourni une réécriture majeure de la base de code de BioJava.

Exigences :

• Java 1.6 ou supérieur