edittag

edittag est une collection d'applications pour la conception de jeux de modifier étiquettes de séquences métriques, en vérifiant étiquettes de séquences pour la conformation à l'édition métrique, et l'intégration des étiquettes de séquences à des adaptateurs de séquençage spécifiques à la plateforme et des amorces de PCR. edittag diffère des autres approches:
& Nbsp; * edittag génère longueurs arbitraires de marqueurs de séquence modifier métrique dans des délais raisonnables à l'aide de multitraitement
& Nbsp; * edittag produit modifier séquence métrique jeux de balises conformes à la distance d'édition sélectionnée
& Nbsp; * edittag utilisé primer3 d'intégrer étiquettes de séquences à des amorces de PCR
Nous fournissons plusieurs grands ensembles de modifier métrique étiquettes de séquences conçus à l'aide edittag dans les formats suivants:
& Nbsp; * texte - ce fichier est dans un format approprié pour check_levenshtien_distance.py
& Nbsp; * csv
& Nbsp; * base de données SQLite
Citation
BC Faircloth, Glenn TC. Les grands ensembles de l'identification de séquence modifier métrique
étiquettes pour faciliter le multiplexage à grande échelle de lit à partir massivement
séquençage parallèle. doi_
Installation:
easy_install
easy_install edittag
tar.gz
package.tar.gz wget
tar -xzf package.tar.gz
python setup.py install
dépôt
git clone git: //github.com/baddna/edittag.git edittag
logiciel optionnel (py-levenshtein)
wget http://pylevenshtein.googlecode.com/files/python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
python-Levenshtein 0.10.1.tar.bz2 tar
python setup.py install
package optionnel (primer3)
Si vous souhaitez concevoir des amorces incorporant modifier métrique étiquettes de séquences, vous devez d'abord installer une version modifiée de primer3:
git clone git: //github.com/baddna/mod-primer3.git
cd mod-primer3 / src
faire
make install
Assurez-vous que vous déplacez les fichiers binaires de mod-primer3 à un emplacement dans votre chemin (déplacez au moins primer3-long et primer3_config dans le même répertoire dans votre chemin). Vous pouvez ensuite exécuter

Exigences :

• Python
• NumPy
• Levenshtein
• mod-primer3