goby

gobie est une API Python pour lire les fichiers de données binaires créé en utilisant le cadre de gestion des données Goby next-gen.
Normalement, ce répertoire est dans le cadre du paquet de Goby complète, disponible à partir de:
& Nbsp; http: //goby.campagnelab.org/
Le kit complet comprend le code source Java. Si vous avez téléchargé ce paquet de PyPI ou une autre source spécifique à Python, vous avez peut-être reçu que la partie du code Python.
Développement Avertissement
Les bibliothèques Goby Python ne sont pas aussi mature que la mise en oeuvre Java. Il peut être plus buggy et ne est pas destiné à fournir la gamme complète de fonctionnalités que l'on trouve dans la version Java.
Installation:
& Nbsp; 1. Assurez vous d'avoir Python 2.5 ou plus récent. En cas de doute, exécutez:
python -V
& Nbsp; 2. Télécharger et installer les paquets préalable python:
& Nbsp; 1. tampons de protocole
& Nbsp; Disponible à partir http://code.google.com/p/protobuf/ ou PyPI
& Nbsp;
2. pyjavaproperties - Python remplacement pour java.util.Properties
& Nbsp; Disponible à partir http://pypi.python.org/pypi/pyjavaproperties
& Nbsp; 3. Installez le paquet Goby:
python setup.py install
& Nbsp; Cette étape peut nécessiter des privilèges de superutilisateur.
Utilisation:
Exemples de scripts sont fournis pour démontrer comment accéder au contenu des fichiers Goby en Python.
& Nbsp; * Voici comment analyser un fichier d'alignement de Goby:
& Nbsp; GobyAlignmentStats.py basename
(Les fichiers basename.entries et basename.header doivent quitter.)
& Nbsp; * La commande suivante permet d'imprimer le contenu d'un fichier d'alignement sous forme de texte:
GobyAlignmentToText.py basename
& Nbsp; * La commande suivante vous permet de convertir un compact lit le fichier au format fasta:
GobyCompactToFasta.py file.compact-lit
& Nbsp; * La commande suivante permet d'imprimer des statistiques sur le contenu d'un compact lit le fichier:
GobyReadsStats.py file.compact-lit

Exigences :

• Python