Biopython

Développé une équipe internationale de développeurs ce est un effort de collaboration distribuée à développer des bibliothèques et des applications qui répondent aux besoins des travaux actuels et futurs en bioinformatique Python.

Ce qui est nouveau dans cette version:.

• Bio.Phylo a maintenant des modules de construction de l'arbre et de consensus, sur les travaux GSoC par Yanbo Ye
• Bio.Entrez va maintenant télécharger automatiquement et cache nouveaux fichiers NCBI DTD XML pour l'analyse sous le répertoire personnel de l'utilisateur (~ / .biopython sur les systèmes Unix, et $ APPDATA / biopython sur Windows).
• Bio.Sequencing.Applications inclut désormais un wrapper pour l'outil samtools de ligne de commande.
• Bio.PopGen.SimCoal prend désormais en charge fastsimcoal.
• SearchIO hmmer3 texte, hmmer3-onglet, et hmmer3-domtab prennent désormais sortie de hmmer3.1b1.
• BioSQL peut maintenant utiliser le paquet mysql-connector (disponible pour Python 2, 3 et PyPy) comme une alternative à MySQLdb (Python 2 seulement) pour se connecter à une base de données MySQL.

Ce qui est nouveau dans la version 1.63:

• Maintenant utilise le style Python 3 fonction intégrée prochaine méthode de la place de la .next des Python deux itérateurs de style ().
• La version actuelle a supprimé l'exigence de la bibliothèque de 2to3.

Ce qui est nouveau dans la version 1.62:.

• Premier de libération de Biopython qui soutient officiellement Python 3

Quoi de neuf dans la version 1.60:

• Nouveau module Bio.bgzf supporte la lecture et l'écriture de fichiers BGZF ( Bloqué Format GNU Zip), une variante de GZIP avec accès aléatoire efficace, le plus couramment utilisé dans le cadre du format de fichier de BAM et tabix.
• L'analyseur GenBank / EMBL va maintenant donner un avertissement sur les lieux de longs non reconnus et continuer l'analyse (de quitter l'emplacement de la fonction que Aucun).
• Le Bio.PDB.MMCIFParser est maintenant compilé par défaut (mais ne est pas encore disponible sous Jython, PyPy ou Python 3).

Ce qui est nouveau dans la version 1.59:

• Nouveaux Bio.TogoWS module offre un wrapper pour le TogoWS REST API.
• Le NCBI Entrez Fetch fonction Bio.Entrez.efetch a été mis à jour pour gérer la manipulation stricte du NCBI de multiples arguments d'identité dans EFetch 2.0.

Ce qui est nouveau dans la version 1.58:

• Une nouvelle interface et analyseurs pour la PAML (Analyse phylogénétique par Maximum Likelihood) de paquet de programmes, codeml soutenir, baseml et yn00 ainsi qu'un Python re-mise en œuvre de chi2 a été ajouté que le module Bio.Phylo.PAML.
• Bio.SeqIO prend désormais en charge de lire des fichiers ABI (& quot; Sanger & quot; fichiers de trace de séquençage capillaires, contenant appelé séquence avec qualités REDSP)
.
• Le Bio.AlignIO & quot; fasta-m10 & quot; analyseur a été mis à jour pour faire face aux lignes de marquage utilisé dans FASTA version Bill Pearson 3,36.

Ce qui est nouveau dans la version 1.57:.

• Biopython peut désormais être installé avec pip

Ce qui est nouveau dans la version 1.56:

• Le module Bio.SeqIO a été mis à jour pour soutenir protéines EMBL (fichiers utilisés pour la base de données des brevets), les fichiers de IMGT (une variante du format de fichier EMBL, avec l'aide de Laserson Uri), et les fichiers XML UniProt.

Ce qui est nouveau dans la version 1.55:

• Beaucoup de travail a été vers Python 3 support (via le script 2to3), mais à moins que nous avons cassé quelque chose que vous ne devrait pas remarquer des changements.
• En termes de nouvelles fonctionnalités, le point culminant le plus notable est que les classes wrapper commande d'application de l'outil de ligne sont désormais exécutable, ce qui devrait rendre beaucoup plus facile d'appeler des outils externes.

Exigences :

• Python 2.6 ou supérieur