Swiss-PdbViewer (aka DeepView) est une application qui fournit une interface conviviale permettant d'analyser plusieurs protéines en même temps. Les protéines peuvent être superposées afin d'en déduire alignements structurels et de comparer leurs sites actifs ou d'autres parties pertinentes. mutations d'acides aminés, liaisons H, les angles et les distances entre les atomes sont faciles à obtenir grâce à l'interface graphique et menu intuitif.
Swiss-PdbViewer (aka DeepView) a été développé depuis 1994 par Nicolas Guex. Swiss-PdbViewer est étroitement liée à SWISS-MODEL, un serveur de modélisation d'homologie automatique mis au point au sein de l'Institut Suisse de Bioinformatique (SIB) à la bioinformatique Structural Group au Biozentrum de Bâle.
Travailler avec ces deux programmes réduit considérablement la quantité de travail nécessaire pour générer des modèles, car il est possible d'enfiler une séquence primaire de protéine sur un modèle 3D et d'obtenir un retour immédiat de la façon dont la protéine filetée sera accepté par la structure de référence avant de soumettre une demande pour construire des boucles manquantes et d'affiner l'emballage sidechain.
Swiss-PdbViewer peut également lire des cartes de densité d'électrons, et fournit divers outils pour construire dans la densité. En outre, divers outils de modélisation sont des fichiers intégrés et de commande pour les packages de minimisation d'énergie populaires peuvent être générés.
Enfin, comme un bonus spécial, scènes POV-Ray peuvent être générés à partir de la vue en cours afin de faire de superbes images de qualité ray-tracing.
Ce qui est nouveau dans cette version:
- L'atome thymine C6 est maintenant correctement chargé
- Correction de la sortie boucle sans fin POV-Ray sur la version PC
- Le plantage occasionnel lors de l'enregistrement des fichiers PDB (comme 2i37) sur le PC a été fixé
- Mise à jour de l'adresse de la densité électronique Uppsala Map Server
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