Arlequin fournir à l'utilisateur moyen en génétique des populations avec un grand ensemble de méthodes de base et des tests statistiques tout à fait, afin d'en extraire des informations sur les caractéristiques génétiques et démographiques d'une collection d'échantillons de population. L'interface graphique est conçue pour permettre aux utilisateurs de sélectionner rapidement les différentes analyses qu'ils veulent effectuer sur leurs données. Nous nous sentions important d'être en mesure d'explorer les données, d'analyser plusieurs fois établies à partir de différents points de vue les mêmes données, avec différentes options choisies. Les tests statistiques mises en œuvre dans Arlequin ont été choisis de manière à minimiser les hypothèses cachées et d'être aussi puissant que possible. Ainsi, ils prennent souvent la forme soit de tests de permutation ou des tests exacts, à quelques exceptions près. Parce Arlequin a un riche ensemble de fonctionnalités et de nombreuses options, cela signifie que l'utilisateur doit passer quelque temps dans leur apprentissage
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