Gabedit

Gabedit est une interface utilisateur graphique pour gaussienne, Molcas, Molpro et mpqc paquets de chimie computationnelle.
 
 Gabedit comprend des installations graphiques pour générer des mots-clés et les options, les spécifications des molécules et des sections utres d'entrée, même pour les types de calcul les plus avancés Gabedit comprend un Builder Molecule avancé.
 
 Vous pouvez l'utiliser pour esquisser rapidement en molécules et de les examiner dans les trois dimensions. Vous pouvez construire des molécules par atome, anneau, groupe, acide aminé et nucléoside. Vous pouvez également lire la géométrie à partir d'un fichier. La plupart des principaux formats de fichiers sont pris en charge moléculaire.
 
 Gabedit comprend une fenêtre de configuration du calcul de Gauss, Molcas, Molpro et mpqc qui vous permet de configurer gaussiennes, Molcas, Molpro et mpqc emploi d'une manière simple et directe.
 
 Gabedit comprend un éditeur de texte pour éditer Molcas, Molpro, les fichiers d'entrée de Gauss et mpqc.
 
 Gabedit peut afficher graphiquement une variété de Gauss, Molcas, Molpro, mpqc et (partiellement) les résultats des calculs de l'ADF, dont les suivantes:
 
 ย ท orbitales moléculaires.
 ย ท Les surfaces de la densité d'électrons, le potentiel électrostatique, la densité de blindage RMN, et d'autres propriétés.
 ย ท Les surfaces peuvent être affichés dans les modes de mailles solide, translucides et fils.
 ย ท surfaces peuvent être colorées par un bien distinct.
 ย ท Contours (colorcoded).
 ย ท Planes (colorcoded).
 ย ท Dipole
 ย ท axes XYZ et les axes principaux de la molécule.
 ย ท Animation des modes normaux correspondant à des fréquences vibratoires.
 ย ท animation de la rotation de la géométrie, la surface, dipôle, xyz et les axes principaux de la molécule.
 ย ท Animation des contours.
 ย ท animation de plans colorcoded.
 
 Gabedit peut afficher IR et Raman calculés spectres. Gabedit peut générer un fichier POV-Ray pour la géométrie (atomes + obligations, y compris la liaison de l'hydrogène), de surfaces (y compris les surfaces colorcoded), des contours, des avions colorcoded.
 
 Gabedit peut enregistrer l'image dans PPM, BMP, (JPEG) et le format PS. Gabedit peut générer automatiquement une série de photos pour l'animation (vibrations, la convergence de la géométrie, la rotation, les contours, les avions colorcoded)

Ce qui est nouveau dans cette version:

• Correction de bugs mineurs ont été corrigés.
• NWChem est désormais pris en charge.
• Les jeux natifs de Windows est maintenant supporté.

Ce qui est nouveau dans la version 2.3.5:.

• Correction de bugs mineurs ont été fixés
• Les atomes peuvent être fixés au cours d'une simulation de dynamique moléculaire.
• Migration du Caire à OpenGL pour dessiner la fenêtre de géométrie.
• Migration de gtkglarea à GtkGLExt.
• parallélisation utilisant OpenMP.

Ce qui est nouveau dans la version 2.3.0:.

• Correction de bugs mineurs ont été fixés
• L'utilisateur peut lire les orbitales, de la géométrie et des modes normaux à partir d'un fichier gaussien fchk.
• On peut lire les orbitales du nouveau format de fichier Mopac aux (y compris le format compressé).
• Plusieurs nouvelles options dans xyplot et ContoursPlot fenêtres (insérer le texte, la ligne, la flèche, images, de nouveaux thèmes ...).
• Les longueurs de liaison peuvent être fixés lors d'une simulation de MD.
• l'optimisation partielle est maintenant possible avec le potentiel MM.
• Mise en place d'un outil pour prédire les masses et les abondances des isotopes pour une molécule donnée. Mise en œuvre d'un outil pour calculer les susceptibilités électrophiles, nucléophiles et radicales pour une molécule.

Ce qui est nouveau dans la version 2.2.0:

• Correction de bugs mineurs ont été fixés
• Tous les changements géométriques peut être défait et refait en utilisant le Annuler et Rétablir (u / U ou Ctrl z / Ctrl y)
• L'utilisateur dispose d'un contrôle complet sur les liens affichés dans un dessin.
• Le dessin de l'atome molécule par atome ont été simplifiées.
• Le dessin du fragment molécule par fragment ont été simplifiées.
• Gabedit lire connectivités de gabedit, hin, pdb, MOL2 et fichiers mol.
• L'utilisateur peut définir la valeur de la distance, angle de liaison et de dièdre.
• Une dynamique moléculaires recherche conformationnelle est mis en œuvre en utilisant un potentiel MM (Ambre 99).
• Une dynamique moléculaire recherche conformationnelle est implémenté en utilisant une méthode semi-empirique (de l'Open Mopac ou PCGamess).
• Migration de fonctions de dessin GDK au Caire:. Croix-dispositif de rendu pour Vector Graphics
• Le Caire est maintenant utilisé pour le widget xyplot de gabedit (utilisé par gabedit pour spectres de tirage).
• Le Caire est maintenant utilisé pour la fenêtre de dessin de la géométrie.
• La géométrie peut être exporté dans eps, ps, pdf ou fichier svg.
• Les courbes de la fenêtre xyplot peut être exporté dans eps, ps, pdf ou fichier svg.
• Un nouvel outil pour la distance de calcul entre 2 points sur la fenêtre xyplot. & Quot; Ctrl + touche de décalage & quot; peut être utilisé pour faire un zoom sur la fenêtre xyplot.
• La nouvelle version de PCGamess (luciole) est maintenant supporté

Ce qui est nouveau dans la version 2.1.13:

• bugs mineurs ont été fixe
• Une dynamique moléculaires recherche conformationnelle est mis en œuvre en utilisant un potentiel MM (Ambre 99).
• Une dynamique moléculaire recherche conformationnelle est implémenté en utilisant un potentiel semi-empirique (en utilisant MOPAC ou PCGAMESS).
• On peut optimiser la géométrie interactive à l'aide MOPAC ou PCGamess méthode semi-empirique, à partir de la fenêtre Géométrie Draw
• Migration de fonctions de dessin GDK au Caire: Croix-dispositif de rendu pour les graphiques vectoriels. Cairo est maintenant utilisé pour le widget xyplot de gabedit (utilisé par gabedit pour spectres de tirage). Cairo est maintenant utilisé pour la fenêtre de dessin de la géométrie.
• La géométrie peut être exporté dans eps, ps, pdf ou fichier svg. Les courbes de la fenêtre xyplot peuvent être exportés en format EPS, ps, pdf ou fichier svg.
• Un nouvel outil pour la distance de calcul entre 2 points sur la fenêtre xyplot. & Quot; Ctrl + bouton gauche & quot; peut être utilisé pour faire un zoom sur la fenêtre xyplot.
• La nouvelle version de PC Gamess / Firefly est maintenant supporté

Exigences :

• gtk +