ZOOM Lite

ZOOM Lite est une application de données de visualisation et un logiciel de séquençage de nouvelle génération. génomes d'entrée des utilisateurs de référence et Illumina / Solexa courte lit les fichiers ou AB espace de couleur unie lit les fichiers dans différents formats, tels que * .fasta, .fastq *, * _seq.txt, * .csfasta etc. ZOOM sorties les résultats de la cartographie de ces courts lit à la séquence de référence. ZOOM Lite dispose d'un noyau de cartographie rapide et précise basée sur une théorie multiples espacé des semences nouvellement conçu. Tant seule extrémité et jumelé fin lit de différentes longueurs de 15 pb à 240 pb peut être manipulé. Tout nombre de mésappariements et une insertion / délétion de longueurs différentes entre la lecture et la région cible sur la séquence de référence sont permis. Résultats unique mappés ou meilleures (top N) Résultats pour chaque lecture seront présentés selon les asymétries minimes et longueur de indel. Les scores de qualité sont utilisées pour améliorer la précision de la cartographie. Basé sur le noyau de la cartographie, ZOOM Lite permet aux utilisateurs de charger des données de lecture locales et les données de séquence de référence, sélectionnez les paramètres appropriés, de traiter des données à haut volume en parallèle entre jusqu'à quatre processeurs, de surveiller les tâches en cours d'exécution, stockent les résultats de la cartographie, voir les graphiques de résultats de la cartographie et des résultats de la cartographie de sortie en soit .BED * ou * formats de fichiers pour l'arpentage .GFF plus loin avec les informations de piste de navigateur UCSC. les résultats de la cartographie peuvent être consultés dans l'échelle souhaitée, à partir du graphique de profondeur de lecture sur un chromosome entier à des alignements de séquences détaillées entre les lectures et la séquence de référence. Les utilisateurs de naviguer aisément dans les régions d'intérêt tout simplement via cliquer et faire glisser ou de faire défiler. ZOOM Lite est un dérivé du logiciel Zoom Studio

Ce qui est nouveau dans cette version:.

La version 1.5 inclut le format SAM à l'exportation, l'architecture régler, une meilleure optimisation de code, plus petit programme la taille du binaire, et mis à jour remotorisation de dabase pour une meilleure performance.