QuasiRecomb

QuasiRecomb est une application légère qui se exécute dans la console de commande, simulant un modèle de Markov pour générer quasi-espèces virales. Il décrit la génération de la quasi-espèce virale, et un procédé pour en déduire les paramètres de l'analyse des données de séquençage de prochaine génération. Le modèle est validé sur des données simulées, montrant l'avantage de prendre explicitement le processus de recombinaison en compte, et testé en appliquant à lectures obtenues à partir d'échantillons expérimentaux VIH. Il dispose d'une implémentation de l'algorithme EM pour trouver estimations maximales a posteriori des paramètres du modèle et une méthode pour estimer la distribution des souches virales dans les quasi-espèces

Exigences :.

Java