CWC Simulator

CAC Simulator est une implémentation C ++ du CAC, un calcul pour la représentation et la simulation de systèmes biologiques & nbsp;. Après une installation réussie (voir INSTALLER), vous serez en mesure d'exécuter des simulations plus de modèles de la CAC, comme le montre quelques exemples (voir les exemples /).
(ligne de commande) Interface
Comme un utilisateur générique, vous devez exécuter:

model.cwc -i
-o
-t
-s
-n
-c
--qt seuil
-q
-w
Où:
- est le nom de l'exécutable (par défaut: scwc);
& Nbsp; - model.cwc est le programme CWC d'entrée (voir les exemples);
& Nbsp; - les statistiques est le préfixe de sortie des fichiers;
& Nbsp; - est la simulation en temps limite;
& Nbsp; - est la période d'échantillonnage (ie 0,12 pour obtenir 250 points avec le temps-limite = 30);
& Nbsp; - est le nombre de cas de simulation;
& Nbsp; - est le nombre de grappes pour k-means
& Nbsp; - est le seuil pour le clustering QT
& Nbsp; - est le nombre de quantiles;
& Nbsp; - a généralement pour correspondre au nombre de cœurs de votre système (soit 4 pour CPU quad-core).
Sortie
L'outil produit:
- Certains fichiers .dat (la sortie échantillonné des simulations)
- Certains scripts de gnuplot pour dessiner analysises statistiques
Nous travaillons à un manuel utilisateur complet

Caractéristiques :.

• Gillespie algorithme SSA par rapport aux modèles de la CAC
• hybride stochastique / sémantique déterministe
• Plusieurs instances de simulation avec des statistiques en ligne
• Optimisation pour les architectures multicœurs basée sur le cadre de FastFlow
• cadre statistique Extensible (moyenne-variance, filtrée regroupement etc.)
• Plusieurs sémantique de notation (action de masse, de Michaelis-Menten, Colline etc.)