NCBI C++ Toolkit

NCBI C ++ Toolkit fournit des bibliothèques libres, portables, publiques domaine sans restrictions utilisent. Il fonctionne sur Unix, MS Windows et Mac OS:
ย ท réseau et Interprocess Communication (IPC) bibliothèque adaptateurs IOstream
ย ท MultiThreading Bibliothèque
ย ท CGI et Rapide-CGI Bibliothèque
ย ท HTML Génération Bibliothèque
ย ท base de données SQL d'accès aux bibliothèques
ย ท C ++ bibliothèque de wrapper pour BerkeleyDB
ย ท C ++ IOstream adaptateur / Wrapper Bibliothèque
ย ท GZIP et BZ2 C ++ Wrapper bibliothèque avec adaptateurs IOstream
ย ท ASN.1 et sérialisation XML bibliothèque avec C ++ Code Generator Tool (Datatool)
ย ท Date et heure Bibliothèque
ย ท Fichier Bibliothèque de fonctions du système
ย ท Argument de ligne de commande, de configuration et de l'Environnement Bibliothèque traitement
ย ท alignement de séquences Algorithmes Bibliothèque
ย ท Bibliothèque BLAST moteur
ย ท biologique séquences extraction et traitement Bibliothèque
ย ท FLTK Portable et OpenGL GUI basée graphiques et bibliothèques
Outre ce qui précède, il ya tout un tas bibliothèques les plus utiles, à la fois polyvalent et liée à la biotechnologie qui sont constamment développé, maintenu et utilisé dans la production de la vie réelle par des centaines de Web et les applications autonomes et de leurs programmeurs (également en compte en centaines).
Si vous êtes un développeur C ++, vous trouverez la nature portable des bibliothèques très utiles dans la création d'applications multiplates-formes, même si vous ne avez pas beaucoup d'intérêt en bioinformatique. Bibliothèques comme celles pour le CGI / Fast-CGI, HTML, réseau, accès de base de données SQL, ASN.1 et sérialisation XML sont objectif très général et peuvent être utilisés dans une variété d'applications en dehors du domaine du problème bioinformatique.
Le C ++ Toolkit subit développement actif avec les bibliothèques construites chaque nuit. Le code source est librement disponible via FTP et CVS. La documentation de la boîte à outils C ++ est disponible en ligne au format NCBI Bibliothèque et également livre téléchargeable au format PDF d'Acrobat

Ce qui est nouveau dans cette version:.

• FAITS SAILLANTS:
• Ajouté LDS2 (local de stockage de données v.2) qui est basé sur SQLite3, a de nouvelles fonctionnalités et de meilleures performances. Également mis en place des données LDS2 chargeur pour utiliser LDS2 du gestionnaire d'objets.
• XmlWrapp -CET pratique API de traitement XML a été pratiquement fini (et même poli).
• Mise en place de tunnels et d'autorisation des connexions et tunnel de sockets sécurisés HTTP, à travers les proxies HTTP.
• CFormatGuess permet maintenant la distinction entre GTF, GFF3 et GFF2. Ce est un changement à briser éventuellement. Pour plus de détails voir ci-dessous.
• Mise en œuvre de grandes parties de CFeatTree, la classe d'organiser caractéristiques définies sur une séquence biologique dans une hiérarchie qui reflète leurs relations parent-enfant (selon la fonction sous-types).
• corelib:
• conversion indépendante de la langue Mise en œuvre de la chaîne à double et sauvegarder; bibliothèques de base modifié pour utiliser il.
• NSTR :: Justifier () - pour le formatage de paragraphes de texte
.
• CNcbiApplication - faire FindProgramExecutablePath statique, et plus robuste; ajouter une méthode de GetAppName de niveau supérieur statique. Rechercher des fichiers de configuration globale en plus de cas.
• CMetaRegistry :: FindRegistry -. Nouvelle méthode d'exposer la logique de déterminer quel fichier (le cas échéant) pour charger
• CEnvironmentCleaner -. Nouvelle classe de jeter les variables d'environnement indésirables
• CFileIO - Retour à comportement d'origine:. Ne pas fermer le descripteur de fichier si elle est attribuée via SetFileHandle ()
• SÉRIE:
• sérialisation d'objets de données de anycontent - fixe à reconnaître et à traiter correctement les attributs de leurs valeurs
.
• Correction de la lecture des données XML à attribuer à une valeur par défaut de l'élément quand il n'a pas de contenu.
• Ajout du support pour les séquences d'éléments, où l'élément a une valeur par défaut.
• DataTool:
• génération de code corrigée de:
• objets de données de choix;
• types de données binaires avec des attributs.
• Correction conversion des valeurs de type double de préserver chiffres les plus significatifs.
• CONNECT:
• option de socket keepalive Ajouté (fSOCK_KeepAlive).
• Ajouté NCBI test de connectivité (CConnTest).
• UTILITES:
• g_FindDataFile -. Nouvelle fonction pour localiser les fichiers de données dans (configurable) emplacements standard
• CChecksumStreamWriter -. Nouvelle classe pour calculer la somme de contrôle des données écrites sur un flux
• g_GZip_ScanForChunks () - nouvelle API, pour interroger les positions de flux compressés. Ajouté mise en œuvre pour obtenir des postes pour gzip des fichiers séparés à l'intérieur fichier gzip concaténés.
• manipulateurs de flux Ajouté de compression / décompression (include / util / compresse / stream_util.hpp).
• CFormatGuess (util / format_guess. {H / c} p) mis à jour, avec un changement à briser éventuellement. Le but de cela est de permettre de distinguer entre CFormatGuess GTF, GFF3 et GFF2. Actuellement elle mélange tous ces formats en une valeur 'EGTF'. L'ancienne valeur 'EGTF' (3) est remplacé par 'eGtf_POISONED', et ne sera pas retourné à nouveau. La nouvelle valeur pour 'EGTF' (21) se traduira par un fichier qui doit être lu avec CGtfReader (objtools / lecteurs / gtf_reader.hpp). La nouvelle valeur 'eGff3' (22) est pour les fichiers destinés à être lus avec CGff3Reader (objtools / lecteurs / gff3_reader.hpp), et «eGff2 '(24) est pour les fichiers destinés à être lus avec CGff2Reader (include / objtools / lecteurs /gff2_reader.hpp)
• BIO-objets:
• CBioseq :: GetNonLocalId - Nouvelle méthode pour aider à placer des séquences importées à partir de fichiers FASTA avec des spécifications de gamme dans plus de contexte; enveloppé par CBioseq_Handle :: GetNonLocalIdOrNull (également nouveau).
• CSeq_id :: IdentifyAccession - Mettre en œuvre ou d'améliorer la reconnaissance de plusieurs préfixes (GA, HH, HI, HO-Hu, le juge-Jo, EAAA-Ezzz, et IAA-IZZ, dont certaines correspondent à la nouvelle possibilité de DDBJ TPA données WGS) et en-mixtes TPA adhésions de protéines (principalement de l'EMBL, mais certains de GenBank trop).
• Distinguer WGS maître adhésions par un nouveau bit de drapeau. Détendez-vous logique de reconnaissance APB trop strictes.
• CSeq_id :: IsValidLocalID, CSeq_id :: ParseIDs -. Nouvelles fonctionnalités pour travailler avec les identificateurs de séquence plain-texte, pris en compte sur CFastaReader et généralisés peu
• SSeqIdRange - Nouveau type (avec analyseur et sur la volée & quot; iterator & quot;) pour travailler avec des gammes Seq-ID, comme présent dans certains modificateurs source FASTA de Defline
.
• BIO-OUTILS:
• CFastaOstream - accepter option titres personnalisés pour les séquences simples. Tag gammes brin négatif avec les principaux «c de.

.
• CFastaReader - Soutenir gammes brin négatif et compacte Defline style écart la syntaxe de Sequin (?? & Quot; & gt; N & quot; où N est un nombre; ou & quot; & gt; unk100 & quot;)
• COBALT:
• Ajout de ligne de commande options -num_domain_hits qui limite nombre de domaines conservés par séquence utilisée dans le calcul des contraintes d'alignement.
• Les arbres phylogénétiques:
• Ajout de l'interface de niveau supérieur pour calculer arbre phylogénétique des alignements de séquences (par exemple BLAST et les résultats de cobalt). Classe CPhyTreeCalc calcule arbre phylogénétique, et CPhyTreeFormater imprime l'arbre dans Newick et Nexus.

BIBLIOTHÈQUES
• BIO-OBJET:
• CheckNumRows Appliquée () et d'autres méthodes pour alignements clairsemés.
• Pour réduire l'empreinte mémoire: ajoute-crochets lire pour réduire la mémoire utilisée par des alignements après désérialisation; Na brin utilise maintenant un octet de mémoire, si possible; Score.value choix est maintenant intégré dans CScore.
• Capitaliser adhésion CSeq_id :: getLabel ().
• BIO-Object Manager:
• les méthodes de lecture supplémentaires pour champs booléens dans CTableFieldHandle.
• Ajouté GetBestGeneForFeat () basée sur CFeatTree.
• Mise en œuvre GetBestOverlappingFeat () sur CFeatTree.
• Ajout rapide CScope :: GetTaxid ().
• Mise en œuvre de chargement en vrac pour acc / ver, gi, l'étiquette et taxid.
• Ajout lacunes de longueur nulle vérifient CSeqMap et CSeqVector.
• Mise en œuvre GetLength () et GetCoverage () pour l'emplacement des obligataires.
• Améliorations:
• méthode d'aide ajouté pour combler CFeatTree sur place.
• accéléré la cartographie des lieux de CSeq_loc_mix simples CFeat_CI.
• tri stricte des fonctionnalités de CFeat_CI pour éviter les ambiguïtés.
• getters CSeq_feat_Handle travailler maintenant avec Seq table dispose aussi.
• caractéristiques Seq tables prennent désormais en charge les champs de l'utilisateur multi-niveaux.
• Non Seq-feat-Seq tables sont maintenant reconnus, même se il est situé dans morceau scission.
• accéléré CBioseq_Handle :: Addid ().
• Optimisé CScope :: AttachXxx ().
• scission de soutien de l'annotation du nom.
• CSeqVector et CanGetRange de CSeqVector_CI () renvoient désormais false au lieu de lancer une exception.
• permettent de spécifier la façon de traiter avec des poignées existantes ResetHistory ().
• Optimisé re-parentalité si plus de fonctionnalités sont ajoutées à CFeatTree.
• Ajout de la possibilité de déboguer CScope création / suppression.
• Beaucoup de changements à la fonctionnalité du C de nettoyage à imiter la fonctionnalité de nettoyage qui existe déjà dans C. Il ya encore du travail à faire avec BasicCleanup, mais des progrès importants ont été réalisés. Peu de travaux ont été fait pour ExtendedCleanup pour l'instant.
• CSeq_loc_Mapper peut maintenant être initialisé avec un GC-Assemblée.
• Correction de bugs:
• cartographie fixe du mix endroits sur brin moins dans CFeat_CI.
• Beaucoup de corrections dans la façon CFeatTree Liens fonctionnalités.
• Plusieurs corrections de sécurité des threads.
• Correction d'une faute prévenir ajoutant aligne et des graphiques pour CSeq_annot_EditHandle.
• sauvegarde contre les exceptions lors du tri des fonctionnalités dans CFeat_CI.
• DONNÉES GENBANK CHARGEUR:
• annotations externes hpjr enregistré.
• Ajout option param exclude_wgs_master dans les lecteurs pubseqos / de pubseqos2.
• Mise en œuvre de chargement en vrac pour acc / ver, gi, l'étiquette et taxid.
• Ajouté CGBDataLoader :: CloseCache ().
• Amélioration:
• Utilisez vrac demandes de chargement dans CScope :: GetBioseqHandles ().
• les statistiques de lecture distincts pour chaque type de taches chargés.
• Ajout d'horodatage à GenBank messages de débogage.
• Utiliser IConnValidator pour ouvrir PubSeqOS connexions.
• Ajout de la version split-aux demandes de chunk et sous-clés de chunk dans GenBank cache pour éviter d'utiliser de mauvaises morceaux lorsque l'état blob split est modifié dans ID.
• Ajout de noms secondaires param moins déroutant pour délai ouverte.
• Ne pas multiplier le nombre de tentatives par nombre de connexions.
• Test Manager OBJET ET APPLICATIONS DEMO:
• id2_fetch_simple -. Ajoutée des options -id pour SEQ-id arbitraires de
• test_bulkinfo -. Nouvelle application de test
• FASTA:
• la fonctionnalité de table de fonction de C a été rendu plus fonctionnel tel que pour une partie du projet de Bankit.
• asn2flat utilitaire
• grand nombre de changements à flatfile formateur pour l'amener plus près l'état de libérer prêt (éventuellement libérer prêts à ce stade, bien que certains problèmes relativement mineurs restent).
• XMLWRAPP:
• Correction d'erreur de segmentation dans le cas de prendre une référence à l'expression XPath courir résultats.
• Ajout aides pour obtenir ID publique, ID du système et le nom des sous-ensembles DTD externes et internes.
• Ajout des méthodes de rechercher des attributs de noeuds.
• exécution fixe d'expression XPath:. Il commence maintenant à partir du noeud donné
• Correction d'attributs de recherche (y compris par défaut) quand un espace de noms est fourni.
• Ajout de la possibilité d'exécuter expression XPath sans nécessité d'inscrire explicitement les espaces de noms.
• Ajout de la possibilité de fournir des récipients pour recueillir les erreurs et les avertissements lors de l'analyse des documents.
• Ajout de la possibilité de modifier les valeurs et les espaces de noms des attributs par défaut de nœud.
• Ajout de la possibilité de tester si un attribut est par défaut.
• Ajout de la possibilité d'insérer ou de supprimer des attributs tout en tenant compte de leurs espaces de noms.
• Ajout de la possibilité de dépouiller déclaration XML quand un document est enregistré.
• WindowMasker:
• Ajout d'un nouveau format d'entrée, & quot; & quot ;; seqids avec ce format d'entrée, l'entrée est un fichier contenant un identifiant de séquence sur chaque ligne, et l'algorithme utilise le gestionnaire Bio-Object pour rechercher les séquences.
• Ajout d'une nouvelle classe CWinMaskConfig, pour stocker tous les paramètres de configuration WindowMasker. La classe peut être utilisé pour ajouter des arguments de ligne de commande nécessaires pour CArgDescriptions, puis obtenir les paramètres de configuration à partir des arguments de ligne de commande.
• BUILD CADRE (UNIX):
• Interpréter les spécifications de ligne de commande de APP_PROJ ou LIB_PROJ comme un signal pour effacer d'autres * paramètres de _PROJ pas aussi fournies là. (Nécessite GNU Make;. Construit avec Sun font continuer à travailler comme avant)
• Supply plusieurs cibles dans les sous-répertoires:. * _F (Utilisant makefiles locales plats produits à la demande, en ignorant les dépendances sur d'autres parties de l'arbre), * _fd (emballage haut niveau-Makefile.flat), clean_sources et purge_sources
• Configurer et ses scripts de proximité (compilateurs / unix / * sh.):
• nouveau drapeau Remarquable --without-3psw -. De ne pas utiliser avec ne importe quel logiciel 3ème partie
• Ajout d'un chèque de GLEW.
• contrôles améliorées pour Boost et OpenGL.
• Support spécifiant des chemins de fonctionner sur Darwin (Mac) avec toolchains systèmes modernes.
• BLAST:
• Sur Darwin (Mac OS X), de construire uniquement pour les processeurs Intel, même dans autrement universelle construit raison d'une limitation PowerPC toolchain.
• Ajout du support pour récupérer NCBI Taxonomy ID pour lesquels un soutien WindowMasker est disponible.
• Laissez la spécification d'une séquence de requête avec plusieurs fichiers d'alignement de séquence dans psiblast.
• base de données Ajout du support disque-cache.
• base de données Ajouté soft-masquage pour les recherches traduits.
• Ajout du support pour BTOP (opérations de retraçage BLAST) et requête et sous réserve longueur dans le rapport tabulaire.
• applications en ligne de commande - permet psiblast pour chercher de nombreuses requêtes, a ajouté -input_type optionnel pour makeblastdb
• Autoriser l'utilisation des meilleures succès et XML en mode blast2sequences.
• performances formatage amélioré pour des recherches à distance.
• makembindex peut maintenant construire masqué indice de Megablast directement à partir d'une base de données de nucleotides BLAST en utilisant l'information de masquage stockées dans la base de données BLAST. Ceci est accompli par la nouvelle option de ligne de commande -db_mask à makembindex. L'option accepte l'identifiant de nombre entier de l'algorithme de filtrage supporté par la base de données BLAST. L'option ne peut être appliqué en conjonction avec -iformat blastdb.
• Pour aider un utilisateur à trouver les identifiants numériques des algorithmes de filtrage pris en charge par une base de données BLAST, les -show_filters drapeau est introduit. Appliquant le drapeau avec -iformat blastdb et base de données BLAST comme une entrée provoque makembindex à la sortie d'une liste d'algorithmes de filtrage disponibles et sortie.
• APPLICATIONS NetCache:
• NetCache est retravaillé afin d'inclure les caractéristiques suivantes:
• une meilleure gestion d'espace disque;
• Travaux de lock-moins avec des gouttes, des versions est utilisée à la place;
• écoute multi-port et les paramètres par client différencier.
• NetCache et iCache API:
• Utiliser Uint8 partout taille de blob.
• Autoriser la récupération partielle de blob.
• Protection par mot de passe Introduit blob; les mots de passe vides sont traités comme aucun mot de passe.
• travailleurs API de noeud:
• Nouveau paramètre pour terminer le nœud des travailleurs si sa consommation de mémoire dépasse la limite spécifiée (paramètre & quot; total_memory_limit & quot;)
.
• Nouveau paramètre pour terminer le nœud des travailleurs si son temps d'exécution dépasse la limite spécifiée (paramètre & quot; total_time_limit & quot;)
.
• applications de réseau:
• netscheduled
• Correction d'un bug qui faisait que l'absence de réponse à la commande file d'attente de suppression.
• remote_app
• Nouveau paramètre de configuration (& quot; tmp_dir & quot;). De contrôler la façon dont le nom du répertoire temporaire est généré - de réduire sa longueur
• Connectez-blob erreur d'écriture.
• netcache_control
• Autoriser la récupération partielle de blob.
• Nouvelle commande -remove pour supprimer blobs par leurs identifiants.
• Nouveau paramètre pour spécifier -auth chaîne d'authentification à utiliser.
• Nouvelles commandes -reconf et -reinit aux administrateurs NetCache.
• netschedule_control
• mode de compatibilité a permis de faire le travail de netschedule_control avec des nœuds de travailleurs âgés.
• cgi2rcgi.cgi
• Ne pas créer un NetCache blob vide comme un espace réservé pour le message de progrès.
• erreurs grille Connexion qui sont signalés à l'utilisateur.
• Laissez des espaces dans le paramètre ID de l'emploi.
• sortie de l'appui des renseignements d'état des travaux au format JSON.
• Laissez modèles HTML personnalisées à définir pour les erreurs de réseau et d'autres événements.
• Ajout no-cache en-têtes HTTP pour éviter la mise en cache des résultats intermédiaires.
• ncfetch.cgi
• Nouveau paramètre pour accéder blobs protégée par mot de passe.
• Interpréter paramètre supplémentaire & quot; nom de fichier & quot; comme un nom de fichier pour le fichier téléchargé.

Ce qui est nouveau dans la version 31 décembre 2008:

• Cette version ajoute une méthode pour calculer de colonne spécifique pseudocounts en PSI-BLAST.
• Il refactors la bibliothèque des services de réseau.
• Il ajoute framework de test unitaire et journalisation des erreurs pour toutes les classes de l'API du fichier.
• Il fixe le soutien pthread sur IRIX. Il améliore l'appui de sérialisation XML.
• Il fixe un soutien pour Sybase.
• Il ajoute le support pour les petites tables de consultation pour les petites requêtes.
• Il ajoute une API pour récupérer les statistiques de chargeur GenBank.
• Il a assorti d'autres améliorations, des accélérations et des corrections de bogues.