Le SPINDEL est une approche alternative pour l'identification biologique basée sur la longueur de l'ARN ribosomique (ARNr) régions de gènes. En général, les alignements de ARNr primaire séquences de gènes provenant d'espèces différentes montrent régions alternées de conservation de nucléotides et la variation, à la fois en termes de substitutions nucléotidiques (communément appelées "SNP") et d'insertion / délétion (indel) événements. La présence de indels résultats dans des séquences de différentes longueurs et introduit des lacunes dans l'alignement, généralement désignés par un tiret "-".
Notre concept biologique utilise pour l'identification des séquences de gènes d'ARNr comme suit: régions conservées sont utilisées pour définir les segments variables (Spindel "régions hypervariables") dans lequel une combinaison de longueurs de séquence est caractéristique de chaque espèce (un «profil de Spindel"). Ainsi, chaque espèce peuvent être définies par un profil numérique unique.
En théorie, une enquête de seulement 6 régions hypervariables avec 20 allèles chacun (ou 11 régions avec 5 allèles chacun) est suffisant pour discriminer toutes les espèces eucaryotes sur la Terre, qui sont estimés à entre 5 et 15 millions en nombre. Dans la pratique, SPINDEL est capable de discriminer 93,3% des espèces eucaryotes avec une faible variation intraspécifique et la résolution phylogénétique élevé.
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