SeedWaterSegmenter

SeedWaterSegmenter est un outil de Python graphique pour interactive segment de piles d'images de cellules dans les tissus avec EDGE labels & nbsp (aka contours blancs.);. Les interactions sont entièrement basés sur l'édition de semences, qui sont à leur tour développé par un bassin versant algorithme. La différence majeure entre SWS et d'autres outils, ce est que vous pouvez placer plus d'une graine par cellule qui peut vous aider à ajuster les limites de cellules difficiles.
SWS est construit au-dessus de wxPython, matplotlib, numpy, scipy et Mahotas.
À la base, il utilise un algorithme de bassin versant ultra-rapide (grâce au projet de Mahotas) et permet des mises à jour en temps réel. Il dispose d'un simple (si elle encombré) interface utilisateur et est entièrement interactif, incluant même une annulation niveau.
La publication à propos de SWS qui donne tous ces détails et plus dans cytométrie Partie A:
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/cyto.a.22034/abstract
Le code source est en miroir avec quatre dépôts et de PyPI:
- GitHub: http://github.com/davidmashburn/SeedWaterSegmenter/
- Bitbucket: http://bitbucket.org/davidmashburn/seedwatersegmenter
- Gitorious: http://gitorious.org/seedwatersegmenter
- Google Code: http://code.google.com/p/seedwater/
- PyPI: http://pypi.python.org/pypi/SeedWaterSegmenter
La page Google Code a aussi quelques versions binaires (http://code.google.com/p/seedwater/) qui devraient fonctionner sur Windows 32 bits ou 64 bits de Linux, mais ceux-ci sont maintenant vieux. Se il vous plaît utiliser la méthode «easy_install" maintenant.
Pour plus de détails, voir Installer Python Instructions 20XX.txt Vous pouvez également lire le manuel: Manual.txt de SeedWater Segmenter V
Installation et exécution
L'installation est facile ENFIN!
En fait, vous pouvez maintenant "easy_install SeedWaterSegmenter"
Instructions rapides:
Windows / Mac:
& Nbsp; Installez Enthought Python distribution http://www.enthought.com/products/edudownload.php
Ubuntu / Debian:
& Nbsp; sudo apt-get install python-setuptools python-wxtools python-numpy python-scipy python-matplotlib python-imaging python-xlrd python-xlwt
Dans une fenêtre cmd (doit exécuter en tant qu'administrateur sous Windows Vista / 7) ou Terminal (Mac / Linux), exécutez:
& nbsp; easy_install Mahotas cmpGen EllipseFitter FilenameSort GifTiffLoader ImageContour SeedWaterSegmenter
Instructions détaillées:
La dernière version est appelée:
"Installer Python Instructions 2012.txt Août"
https://github.com/davidmashburn/SeedWaterSegmenter/blob/master/Python Installez Instructions 2012.txt Août

Exigences :

< li> Python