PANAMA

Le Panama est un modèle probabiliste roman pour tenir compte des facteurs de confusion dans les études eQTL, écrits en Python.
Facteurs confondants cachés, comme variables non observées ou perturbations environnementales subtiles inconnus peuvent créer de fausses fausses associations ou de masquer les signaux d'association génétique réels. Contrairement aux méthodes précédentes, PANAMA apprend facteurs cachés conjointement avec l'effet de régulateurs génétiques importants. En conséquence, ce nouveau modèle permet de distinguer avec plus de précision des signaux d'association génétique véritables de la variation de confusion.
N. Fusi, O. Stegle et ND-Laurent, "la modélisation conjointe des facteurs de confusion et régulateurs génétiques éminents offre une précision accrue dans les études de génomique génétiques", PLoS Computational Biology, 2012
Plus d'informations sur http://ml.sheffield.ac.uk/qtl/panama.html

Requirements:

• Python