Open Babel

Ouvrir Babel est un open source, logiciel collaboratif, gratuit et multiplateforme bibliothèque qui a été conçu pour agir comme une boîte à outils chimique spécialement conçu pour reconnaître de nombreuses langues de données chimiques. Il est tout simplement surnommé & ldquo; L'Open Chimie Toolkit & rdquo;. Caractéristiques en un glanceWith OpenBabel, les utilisateurs seront en mesure de rechercher, analyser, convertir et enregistrer des données sur la chimie, la modélisation moléculaire, la biochimie, ainsi que d'autres domaines connexes. Il prend en charge un large éventail de formats de fichiers, y compris les produits chimiques communs MOL2, SDF / MOL, APB, XYZ, SMILES, et CML.
En outre, OpenBabel fournit le soutien boîte à outils, MIME chimique de plein programmeur sélectionnée, SMARTS matcher, atome flexible / obligataire typer, suppression d'hydrogène et plus, vecteur de bits de classe, la matrice et vectorielles transformations, ainsi que d'un suite.Under de test moléculaire le capot et soutenue exploitation systemsOpen Babel est entièrement écrit en langage de programmation C ++. Il & rsquo; sa vraie logiciel multiplate-forme qui soutient GNU / Linux, BSD, Solaris, SGI, Microsoft Windows et les systèmes d'exploitation Mac OS X. Les deux ordinateurs 32 bits et 64 bits sont officiellement supportés au moment de la rédaction this.Getting commencé avec Open BabelFirst de tous, nous vous recommandons fortement d'installer OpenBabel en utilisant les paquets binaires pré-compilés à partir des dépôts de logiciels par défaut de votre distribution Linux. Si votre système GNU / Linux doesn & rsquo; t avoir le logiciel OpenBabel dans ses repos, alors vous & rsquo; aurez à compiler et l'installation de l'application en utilisant les sources universelles Archives fournies sur Softoware.
Télécharger l'archive (archive tar.gz), l'extraire sur un emplacement de votre choix, ouvrez un émulateur de terminal, accédez au dossier extrait et exécuter le & ldquo;. Cmake & rdquo; commande (sans les guillemets) pour configurer le projet. Ensuite, vous devez exécuter le & ldquo; faire & rdquo; commande, sans guillemets, bien sûr, de le compiler. Faire se il vous plaît assurer que l'outil CMake dans installé sur votre système d'exploitation avant les instructions ci-dessus

Ce qui est nouveau dans cette version:.

• Cette version représente un bug-fix-version majeure et devrait être une mise à niveau stable, fortement recommandée pour tous les utilisateurs de l'Open Babel. Beaucoup de bugs et améliorations ont été ajoutées dans la dernière année depuis la sortie 2.3.0.

Ce qui est nouveau dans la version 2.2.2:

• Cette version représente une version majeure bug-fix et est une mise à niveau stable, fortement recommandée pour tous les utilisateurs de l'Open Babel. Même se il ne peut y avoir beaucoup de nouvelles fonctionnalités, de nombreux accidents et autres bugs ont été corrigés depuis 2.2.1.
• Mise à jour vers la nouvelle version 1.02 InChI pour produire une sortie InChI et InChIKey standardisé.
• Correction de nombreuses erreurs de stéréochimie lors de la lecture / écriture SMILES. Cela fait partie d'un projet plus vaste qui sera terminé dans la version 2.3.
• la compilation et l'installation fixe sur les plateformes Cygwin et MinGW.
• Amélioration significative aromaticité et la cession d'obligations Kekule.
• Amélioration 2D - & gt; Coordonnées 3D génération
• Amélioration de coordonner génération utilisant l'opération de ligne de commande --gen3d
• Amélioration des performances pour coordonner génération.
• Nouveau --fillUC opération de ligne de commande pour babel.
• Correction à l'ajout d'hydrogène pH-dépendante.
• Ajout du support pour la lecture des données de vibration de Molden, MOLPRO et NWChem fichiers de sortie.
• Mise à jour rayons atomiques à partir de calculs théoriques récents.
• Correction d'un bug lors de la lecture des fichiers XML ou MOL2 gzip.
• Fermez les fichiers après une erreur. Correction d'un bug avec Pybel où les fichiers restent ouvertes.
• Beaucoup de corrections de bugs et plus petites améliorations de fonctionnalités. == Nouveaux formats de fichiers == Import & Export:
• entrée et de sortie MOLPRO.
• VASP fichiers de coordonnées (CONTCAR et POSCAR).

Ce qui est nouveau dans la version 2.2.1:

• interfaces de script améliorée, y compris Python 3 soutien et améliorée Java et C # soutien.
• Ajout du support pour les empreintes digitales MACCS. Merci au projet de RDKit.
• De nombreux correctifs et améliorations au code de champ de force. En particulier, la mise en œuvre de champ de force UFF doit gérer beaucoup plus de molécules.
• Amélioration de coordonnées 3D génération, en particulier avec des fragments d'anneau. Vous pouvez opter pour cette solution avec l'utilitaire obgen.
• Correction d'un certain nombre d'erreurs d'importation avec APB types d'atomes.
• Ajout du support pour les charges et les rayons de formats de fichiers de PQR lecture.
• Ajout du support pour la lecture et l'écriture des cellules unitaires dans des formats APB.
• Nouveau & quot; & quot sortie; format de fichier pour prendre générique & quot; & quot ;, .out & quot; & quot ;, .log et & quot; .dat & quot; fichiers et la lecture avec le type de fichier approprié basé sur le contenu. Actuellement il travaille très bien pour les packages de chimie quantique.
• Ajout meilleure gestion des erreurs et les rapports lorsqu'il est incapable de charger les formats de fichiers.
• Amélioration de la CIF en charge du format de fichier.
• Beaucoup, beaucoup, beaucoup de corrections de bugs et de petites améliorations supplémentaires.