iNA

iNA (analyseur de bruit intrinsèque) est un logiciel graphique open source écrit en Qt et conçu pour agir comme un utilitaire d'analyse, la quantification des fluctuations dans les réseaux biochimiques.
Analyseur de bruit intrinsèque est capable de calculer approximation linéaire du bruit (LNA), ainsi que des approximations plus précises obtenues automatiquement de l'expansion de la taille du système de fichier SBML (biologie des systèmes Markup Language).
Étant écrit en Qt, l'Ina est un outil multi-plateforme qui prend en charge Linux, Mac OS & nbsp; les systèmes d'exploitation X et Windows

Ce qui est nouveau dans cette version:.

• balayages de paramètres (depuis 0.4) - obtenir des mesures statistiques telles que les coefficients de variation, Fano facteurs ainsi que les moyens et les écarts de concentrations de la rapprochement de bruit linéaire, corrections d'ordre supérieur ou stochastique moyenne dans le temps simulations.
• quantités conservées -. Analyser les lois de conservation de votre modèle dans iNA
• éditeur de Terrain - Un nouvel éditeur de tracé pour la visualisation de haute qualité permet de personnaliser et de modifier toutes les parcelles existantes à Ina. Vous pouvez ajouter ou supprimer ne importe quel graphique à partir des données de simulation sans hazzle de remembrement.
• support OpenMP pour MacOS X - utiliser pleinement vos ressources et effectuer des analyses et des simulations sur plusieurs noyaux automatiquement et en parallèle
.

Ce qui est nouveau dans la version 0.4.1:

• paramètre SSA scan
• Plus efficace SSE balayage de paramètre à l'aide interprète de bytecode ou LLVM
• Drag & drop modèles dans le panneau latéral pour l'importation
• Activation Parcelles personnalisés pour Windows en utilisant bytecode interprète
• Autoriser les messages de journal à être enregistrés dans un fichier ou copiés sur une planche à découper
• Filtre de niveau pour les messages du journal
• Basse-seuil pour autocomplétion
• Notification si identificateur ne peut être modifié
• Notification si l'expression ne peut pas être analysé
• permettre le déplacement de paramètres locaux dans la portée globale
• Régler Makefile pour la compilation avec LLVM 3.2
• Laissez TeX dans des étiquettes de parcelles
• titres de l'intrigue Centre sur l'axe pas le chiffre
• Correction: Segmentation fault lors de l'expansion des réactions réversibles
• Correction: expressions d'exportation en utilisant exp () pour SBML
• Correction: l'analyse de l'état d'équilibre, la concentration zéro déclarée à tort instable
• Correction: couleur des étiquettes axe de tiques
• Correction: Taille de la police en SVG export
• Correction: Retirer Fano parcelle pour paramètre de volume de scan
• Correction: Plusieurs fuites de mémoire
• Correction: la manipulation de l'analyseur erronées des opérateurs associatifs
• Correction: sérialisation des grands entiers abs () & # X3e; 1e6
• Correction: Mise à jour de la loi cinétique vue / chem éq après mise à jour de réaction
• Correction: gestion des exceptions pour le volume 0
• Correction: Permettre les symboles TeX inconnus dans la parcelle personnalisé
• Correction: Exception vide analyse du modèle
• Correction: vue de la réaction de mise à jour si le nom ou l'identifiant paramètre a été modifié
• Correction: Disposition de TeX exposant
• Correction: Les appels de fonction dans l'expression écrivain
• Correction: alignement vertical de la ligne et l'étiquette dans les légendes de l'intrigue
• Correction: Unités pour les paramètres de réaction
• Correction: Terrain personnalisé manquant légendes de l'intrigue
• Correction: la manipulation des noms de fichiers Unicode
• Correction: l'exportation d'unités de substance à SBML
• Correction: Parsing unités de substance dans SBMLsh
• Correction:. Contexte des expressions rendus
• Correction: Corrigé curseur de la souris aspirateur pour les unités de modèle pour indiquer qu'ils sont modifiables. Également ajouter une info-bulle.
• Correction: titre de la fenêtre dans l'éditeur SBML-SH
• Correction: Couleurs dans les tableaux d'état stationnaire (être non sélectionnable)

Exigences :

• CMake
• Qt