ImageSurfer est un programme d'imagerie 3D gratuit pour microscopie. Il permet aux enquêteurs de visualiser et d'analyser multi-canal 3D et 4D (time-lapse) volumes. ImageSurfer fournit plusieurs outils de restauration d'image incluant des algorithmes de déconvolution (filtre de Wiener, contraint probabilité itératif et maximum) pour éliminer le flou introduit par le système d'imagerie. Pour la visualisation, ImageSurfer offre plusieurs techniques de rendu de volume et de surface. Le logiciel dispose également d'un mode de isosurface couleur innovant qui fournit un affichage qualitative de la correspondance entre deux canaux.
Un «extracteur de tranche" permet à l'utilisateur d'examiner une section transversale du volume pris une orientation quelconque. La tranche capturée peut être visualisée comme une image traditionnelle 2D ou en tant que représentation 3D-relief dans lequel l'intensité de l'image est codée en tant que hauteur. Pour explorer davantage le chevauchement spatial entre les structures, l'enquêteur peut utiliser les données d'un autre canal pour coloriser la représentation du relief 3D. Pour la quantification, le signal des valeurs d'intensité peuvent ensuite être échantillonné dans les tranches capturées le long d'une spline définie par l'utilisateur. En plus de prendre des instantanés de représentations 3D et de générer des films, des modèles 3D peuvent également être exportés sous forme de fichiers OBJ ou VRML (réalité du langage de modélisation virtuelle); Fichiers VRML peuvent être consultés dans les navigateurs Web à l'aide d'un plug-in gratuit. Les deux types de fichiers peuvent être importés dans des programmes de rendu 3D populaires pour un traitement ultérieur, et dans Acrobat 3D pour produire des documents qui peuvent être consultés de manière interactive avec Adobe Reader 8.
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