Gephi

Gephi est un outil d'importer, d'explorer, manipuler, analyser, filtrer, clusteriser, spatialiser et l'exportation grands graphes et des réseaux

Quoi de neuf dans cette version:.

• Cette focalisation de presse sur de nouvelles fonctionnalités pour les utilisateurs et les développeurs, et la nouvelle licence déverrouille opportunités pour les entreprises. Les modules de classement et Aperçu ont été complètement réécrit de façon modulaire et peuvent être maintenant étendu avec les plug-ins! Aperçu peut maintenant être étendue à bien des égards, pour les formes de groupe de l'instance ou bord regroupement. En outre, des progrès continus ont été réalisés sur le support de réseau dynamique et nous libérer aujourd'hui le dernier grand rôle: les statistiques au fil du temps, à partir du module de statistiques lorsque le réseau est dynamique. Merci pour les utilisateurs qui ont rapporté des bugs, il est la seule façon de les corriger.

Ce qui est nouveau dans la version 0.7 Beta:

• Nouvelles fonctionnalités:
• New Data Laboratory (Manipuler colonnes, Rechercher / Remplacer, Merge, Sparklines ...)
• visualisation du réseau longitudinale, topologie changer au fil du temps, ainsi que des attributs
• Chronologie fonctionne maintenant correctement, apparaît automatiquement lorsque le graphique est dynamique, seul bouton pour permettre le filtrage
• Afficher / Masquer les étiquettes de filtres - peut être réinitialisé par le 'Reset Visible «action (à gauche de la fenêtre de graphe)
• Affichage Poids du bord que les étiquettes sur la visualisation
• New StAX GEXF importateur et exportateur, avec la hiérarchie et le soutien dynamique
• Nouvelle liste / Arrays types d'attributs. Ne peut être importé de GEXF pour le moment.
• PAS opérateur (Filtres)
• Opérateur MASK (Filtres) - garder bords fonction de la source / cible / deux / tout - peut facilement obtenir des voisins d'un ensemble de noeuds
• Aplatir Filter - Aplatir un graphe hiérarchique à la vue visible, transformer méta-bords en bords normales
• Filtre Nouveau composant géant
• Délai d'importation, nouvelle option dans 'Rapport Import pour importer des fichiers statiques successives et transformer en dynamique
• Zoom curseur dans les options de visualisation
• l'option «Importer des noeuds manquants dans le rapport de l'importation - choisir de les créer ou non
• Set taille pour l'action 'Reset Taille', par un clic droit sur le bouton de réinitialisation de la taille
• Obtenir colonne de diplôme de graphes non orientés
• Les rapports de Statistique maintenant enregistré dans les projets Gephi
• Nouvelle option «Redimensionner Poids 'dans Aperçu, pour forcer le poids a la même apparence que Aperçu
• Nouvelle option 'Original' pour la couleur des bords dans Aperçu, conserve la couleur de bord d'origine, provenant de la partition, par exemple
• Copier et déplacer des nœuds à l'espace de travail nouveau ou existant
• Nouvelles aperçu presets
• La localisation est désormais possible, et le changement de langue Gephi
• Lorsque bords parallèles sont trouvés lors de l'importation, il augmente désormais le poids du bord par défaut
• Option de filtre Ego pour inclure le nœud parent ou non
• Meta-bords ont maintenant un curseur d'échelle séparée dans les paramètres de visualisation, changer la façon dont épaisse ils sont comparés aux bords normales
• Liste Classement et partage d'attributs sont maintenant triés
• Classement maintenant se met à jour avec des graphiques filtrés. En cliquant sur Appliquer pour actualiser limites et la transformation (couleur, taille) est correcte
• Il est maintenant possible de faire glisser une requête filtre sous pour devenir une requête principale
• Avec attributs dynamiques, Classement, de cloisons, de visualisation et de filtres utiliser la gamme de scénario actuel pour trouver les valeurs
• poids Edge peut être dynamique, de type DYNAMIC_FLOAT. Atlas vigueur modèle utilisera la gamme de scénario actuel
• Filtres sont actualisées lorsque le graphique est modifié, le filtre actuel est réexécutée
• La localisation est désormais possible, en français et en espagnol sera bientôt disponible
• Correction de bugs:
• bord erronées retiré de filtre Edge Poids (bug 603469)
• Filtrage avec enveloppes convexes affiché (bogue 541819)
• NullPointerException lors du filtrage de graphes non orientés (bug 571153)
• NullPointerException sur l'importation de graphe dynamique (bogue 581872)
• gtk + problème de curseur (bug 529913)
• Meta-bords ne sont pas affichés (bug 584283)
• Aperçu est pas l'affichage des méta-bords (bug 584289)
• Erreurs avec Yifan Hu MultiLevel mise en page sur un graphique filtré (bug 594643)
• mode Node Taille et Filter Paramaters ne sauvent pas dans le projet (bug 596430)
• fuite de mémoire dans GEXF / GraphML Parser (bug 596872)
• Mauvaise poids de bord mutuelle sur Aperçu (bug 610469)
• Progrès est pas représenté lors de l'ouverture / enregistrement projet (bug 594644)
• Impossible d'annuler une ouverture du projet (bug 616415)
• Lenteur sur la cueillette d'une entrée de la partition (bug 519549)
• Configuration de base de données de EdgeList ne sont pas sauvegardées (bug 571263)
• 'start' et les attributs «fin» sont absents lors de l'exportation GEXF dynamique (bogue 521848)
• Partition & quot; All Blacks & quot; fonction randomizes couleurs (bug 601066)
• graphique filtrée pas exporté avec & quot; Select & quot; pressé (bug 573685)
• Paramètres de partition dans le filtre pas enregistrés sur les espaces de travail de commutation (bug 616052)
• ouverture Archivé fichiers ZIP est cassé (bug 578876)
• Exception sur cliquant sur «hiérarchie» lors de l'exécution mise en page multi-niveaux (bug 631663)

Données
• GraphML importateur ne pas importer des étiquettes de noeuds (bug 581629)
• Vous ne pouvez pas enregistrer / sauve comme l'ouverture d'un Gephi par DoubleClick un graphique dans Windows (bug 583397)
• ForceAtlas et Fruchterman Reingold pas layouting avec méta-bords (bug 584286)
• Fuite de mémoire dans le graphique Distance (bug 587450)
• NullPointerException lors de l'exécution de la & quot; Eigenvector centralité & quot; La statistique (bug 589731)
• NullPointerException lors de la commutation entre les espaces de travail en une mise en page est en cours d'exécution (bug 597458)
• Vous ne pouvez pas faire glisser une sous-requête de filtre pour devenir une requête de la racine (bug 626495)
• Paramètres de classement réinitialisés à chaque nouveau classement (bug 594231)
• Classement pas actualisé lorsque graphe filtré (bug 632459)
• Node invisible (trop petit) lors de sa création avec le crayon de noeud (bug 574807)
• Erreur lors de l'ouverture Plugin Center (bug 616829)
• Vous ne pouvez pas sélectionner pilote PostgreSQL dans les paramètres d'importation de base de données (bug 595223)
• Vous ne pouvez pas afficher le poids de bord sous forme de texte (bug 603134)
• Importer à transformer non dirigé ne pas fusionner poids (bug 603478)
• clic droit sur l'espace de travail après la suppression d'un noeud lancers & quot; le noeud ne peut pas être nulle & quot; (Bogue 605947)
• Dans métrique degré / Out ne fonctionne pas avec les graphes non orientés (bug 606305)
• NullPointerException lors de la sélection & quot; - Choisissez une mise en page & quot; dans la zone de liste déroulante de la mise en page (bogue 606964)
• Espace de travail de sélection n'a pas rafraîchir après la fermeture de l'espace de travail (bug 616814)
• sélection de visualisation couleur inversion entre 'out' et 'deux' couleur (bug 618726)
• 'Format' non reconnu sur DL importation (bug 619069)
• Modifier fenêtre pas caché sur pattes (bug 552494)
• graphe dynamique méconnue si les nœuds éternels (bug 555637)
• FileNotFoundException pendant économie de fichier PDF (bug 572876)
• & quot; Node doit être dans le graphique & quot; erreur lors de l'importation d'un graphe hiérarchique avec une hauteur supérieure à 1 (bug 577180)
• Auto-scale retourne le graphe (bug 577843)
• Impossible d'annuler la Voie Moyenne Longueur calcul statistique (bug 590226)
• rapport Aperçu non disponible dans un premier temps (bug 594176)
• La sélection par défaut des nœuds dans des données de laboratoire nécessaires (bug 594515)
• & quot; CommandLineParsing null & quot; un message en cas d'erreur sur l'ouverture du fichier en ligne de commande ou de bureau (bug 594630)
• Vous ne pouvez pas importer le même fichier deux fois dans la fenêtre Bienvenue (bug 598157)

Problème
• fichier csv exportation (bug 598767)
• Impossible de fermer le projet lors de la génération d'un graphique (bug 631341)
• limitation de la taille de visualisation (bug 602470)
• double de l'étiquette dans la fenêtre de filtre (bug 604003)
• Les partitions ne rafraîchit pas lors de l'ouverture du projet ne Aperçu (bug 612902)
• z-coordonnent pas exporté en GraphML (bug 614606)
• positions de noeuds erronés lors de la configuration X ou Y à zéro (bug 615844)
• requête de filtre Sélectionné pas correctement rafraîchi dans l'interface utilisateur (bug 626483)
• Exporter au format PDF fond est toujours blanc (bug 583386)
• les fichiers SVG qui ne figurent pas dans le dialogue d'exportation (bug 626394)
• Taille noeud erronées lors du classement a la même taille min et max (bug 631689)
• Lire positions à partir de fichiers de points (de bugs 594793)
• Classement et des paramètres de la liste des partitions pas ordonné (bug 594520)
• Node Degré pas dans l'étiquette paramètres de texte (bug 598170)
• Dossier erroné sélectionnée dans le panneau de l'exportation lors du changement de type de fichier (bug 620337)
• Génération d'un graphique sur un graphe non orienté précédemment chargé (bug 624671)
• poids de la course erronées quand SVG importé dans Illustrator (bug 626378)
• Filtrage pas actualisée lorsque les sous-requêtes fixés ou enlevés (bug 594511)
• Les erreurs à l'exportation PDF lorsque les étiquettes ont la taille zéro (bug 626865)
• Texte pas affichée dans l'aperçu (bug 627567)
• Bords de couleur natif ne sont pas affichés dans l'aperçu (bug 586237)
• échelle de poids Edge est différente entre graphique et Preview (bug 569329)
• bords négatifs non rendus dans Aperçu (bug 628223)

Poids
• Bords pas fusionné avec des bords parallèles (bug 648600)
• Filtre de partage filtre automatiquement valeur nulle (bug 648600)
• Exception dans le dossier du projet d'ouverture (bug 648617)
• Ego filtre ne comprend pas le nœud lui-même (bug 649908)
• PDF Exporter seulement avec la police par défaut (bug 651273)
• Noeuds pas non sélectionné après avoir éteint sélection sur panneau de filtre (bug 649920)
• API:
• Ajoutez une méthode aplatir () pour HierarchicalGraph pour aplatir le graphe hiérarchique et transformer méta bords en bords réguliers.
• Ajouter détruire (filtre Filter) dans FilterBuilder recevoir une notification quand une requête de filtre est retiré et le nettoyage.
• Ajouter MetaEdgeBuilder dans le graphique SPI pour permettre générateurs personnalisés. Ajouter GraphSettings.setMetaEdgeBuilder () dans les paramètres du modèle de graphe.
• Modifier StatisticsModel pour stocker des rapports directement au lieu de l'instance Statistiques. En conséquence, le modèle a maintenant une getReport () et un procédé getResult () que l'interface utilisateur peut utiliser. Les statistiques en cours d'exécution peuvent maintenant obtenir avec une méthode nouvelle getRunning ().
• Simplifier et améliorer la gestion des événements d'attributs. Les écouteurs d'événement sont maintenant abonnés directement à partir du lieu de AttributeModel AttributeTable et recevront des événements pour tous les tableaux. Refactoring de la classe AttributeEvent avec AttributeTable comme source et un nouvel objet AttributeEventData comme données. Une nouvelle SET_VALUE a été mis en œuvre pour obtenir des événements lorsque les valeurs d'attribut sont définies.
• Changements dans AttributeRowFactory, la méthode newNodeRow () prend maintenant l'objet de propriétaire NodeData comme un paramètre. De même, pour newEdgeRow () et newRowForTable ().
• Ajouter getEdge (Node, Node) dans GraphAPI pour des raisons de cohérence.
• Changements dans Processeur SPI. Le processeur a maintenant setters lieu d'une méthode process () avec des paramètres. Comment processeurs sont créés reste le même. Création d'une interface ProcessorUI pour configuration des paramètres de processeurs. Une mise en œuvre ProcessorUI fournit un panneau, qui est affichée lorsque le rapport d'importation se ferme. Le ProcessorUI permet également de désactiver un processeur à certaines conditions.
• Ajouter getColor () dans NodeDraft et EdgeDraft.
• Définir le & quot; Vue d'ensemble, & quot; des données de laboratoire & quot; et & quot; Aperçu & quot; que les perspectives. Créer un nouveau SPI pour perspecives et membres de la perspective. Les membres sont simplement le TopComponent qui appartiennent à une perspective. Les plugins peuvent mettre en œuvre PerspectiveMember pour définir le comportement d'ouverture et de proximité.
• Ajoutez types liste / tableau dans Attributs API. Tous les types natifs a maintenant un type de liste liée, sauf types dynamiques. Les types de liste hérite de AbstractList.
• Les changements dans la façon dont les importations API traite des intervalles de temps et des données dynamiques. Le support des attributs dynamiques a été ajoutée avec une méthode nouvelle addAttributeValue () dans NodeDraft et EdgeDraft. Pour améliorer les possibilités de nettoyage de données, NodeDraftGetter et EdgeDraftgetter retourne désormais une AttributeRow lieu d'une liste de valeurs d'attributs seulement. Enfin, pour profiter de dernières améliorations, les projets d'éléments renvoie directement un type TimeInterval la place de la liste des tranches. Méthodes avec «tranche» ont été renommés «Intervalle» pour des raisons de cohérence.
• Ajoutez types dynamiques en attributs API. Types de stocker des valeurs dynamiques avec un intervalle de temps et d'interrogation peuvent être personnalisés avec estimateurs. Tous les types dynamiques héritent de DynamicType
• amélioration de la gestion de l'événement de l'API Graph. Le GraphEvent a maintenant des événements précis, y compris ADD_NODES, REMOVE_NODES, ADD_EDGES, REMOVE_EDGES et VISIBLE_VIEW. Une nouvelle interface de GraphEventData a été créé pour récupérer les éléments liés aux événements.
• API d'exportation refactoring, inspiré de ImportAPI. Créer une interface ExporterBuilder pour la création d'exportateur et différents exportateurs: GraphExporter, VectorExporter, ByteExporter et CharacterExporter qui couvre les cas ordinaires. La façon dont les exportateurs écrire des données a été rationalisée en utilisant soit java.io.Writer (texte) ou java.io.OutputStream (octet). Le ExportController a été amélioré pour soutenir tous les cas d'utilisation, y compris le dossier, écrivain et flux export.
• Ajout du support du Spigot ImportAPI et SPI. Comme DatabaseImporter, l'interface SpigotImporter est un nouveau type d'importateurs. Des modifications ont aussi être faite à la ImportController pour soutenir l'importation robinet.
• Le refactoring et des améliorations dans l'API importation et SPI. Le but de refactoring est de résoudre la question singleton avec les importateurs et permettre aux utilisateurs de mettre en œuvre l'interface de constructeurs qui créent des importateurs exemple. Par conséquent, une interface ImporterBuilder a été créé et devrait être enregistré avec l'annotationServiceProvider. Les types différents importateurs ont été simplifiées et laisser plus de choix pour les implémentations sur la façon dont l'entrée est géré. XML et fichiers de texte importateurs a été fusionné dans une interface FileImporter, en collaboration avec l'java.io.Reader. Utilitaires méthodes statiques, par exemple récupérer un document à partir de lecteur peuvent maintenant être trouvés dans une nouvelle classe de ImportUtils. Le ImportController a été simplifiée pour l'importation de fichiers et accepte désormais java.io.Reader également. La principale amélioration sur ces modules dans le support de composants d'interface utilisateur pour les importateurs. L'objectif est de laisser les importateurs définissent une mise en œuvre de ImporterUI pour gérer les paramètres de ces importateurs.
• Amélioration de la gestion des identifiants GraphAPI. Le système est maintenant stocker des identifiants de chaînes provenant utilisateurs. Nouveaux accesseurs méthodes ont été créés dans le graphique: Graph.setId (Node, String), Graph.setId (Edge, String), Graph.getNode (String), Graph.getEdge (String). Les NodeData.setId () et EdgeData.setId () méthodes ont été retirés, la compatibilité ne peuvent pas être conservés. Factory a aussi changé pour permettre de créer des éléments avec de la ficelle ID directement, car il est plus possible de le faire à partir NodeData.
• Changements dans AttributesAPI avec la gestion d'événements. Le système de recherche dans AttributeTable a été remplacé par un système de gestion d'événements plus traditionnel, avec de nouvelles interfaces AttributeEvent et AttributeListener. La mise en œuvre de l'expédition est également désormais sur un thread séparé.
• Évolutions des modules d'importation à des interfaces de base et utilisateurs distincts. Le ImportController est en train de faire tâche d'importation seulement et une nouvelle ImportControllerUI affiche l'interface utilisateur (rapport du Groupe spécial). L'interface ImportControllerUI se trouve dans le module DesktopProject et devrait être utilisateur d'importer correctement le fichier depuis Plugins. Les méthodes de ImportController pourraient être utilisées à partir de la boîte à outils.

Ce qui est nouveau dans la version 0.7 Alpha 4:

• La libération de alpha4 vient d'être publié, et de venir avec un ensemble de nouvelles fonctionnalités et de nombreux bufixes. La prochaine version devrait être bêta et venir avec plus de stabilité et un ensemble fixe de caractéristiques.

Quoi de neuf dans la version 0.7 Alpha 3:

• Plus de 25 bugs ont été corrigés dans cette version et quelques petits éléments ajoutés. La version ajoute également la & quot; Gephi 3rd Party & quot; source de plug-in dans le centre Plugins. Catalogue est actuellement lu à partir de deux sources officielles de parti et 3e. Deux nouveaux modules ont été ajoutés.

Ce qui est nouveau dans la version 0.7 Alpha 2:

• Nouvelles fonctionnalités:
• le soutien de poids Meilleure bord. Le poids est pas plus modifié par & quot; Auto-scale & quot; option Importer.
• Better nœuds / bords comptage. Ne compte que nœuds visibles.
• amélioration des statistiques / Metrics paramètres panneaux. Ajoutez la description et de la documentation sur les métriques et leurs paramètres.
• Projet sauvegarder / charger a été corrigé. Notez que la compatibilité avec 0.7alpha1 est cassé.
• Correction mécanisme AutoUpdate. Des mises à jour seront disponibles par le biais intégré de mise à jour.
• Correction de bugs:
• gel de l'application lors de l'importation fichier sur Linux (bug 519423)
• Fenêtre de plan ne peut pas être rétabli lorsque a été désamarré (bug 519424)
• Anner pas visible sur Mac OS X et Linux (bug 522403)
• Aperçu ne cache pas filtrés éléments (bogue 522402)
• charge de projet / enregistrer l'interface échoue (bug 522889)
• vide étiquette de noeud provoque un message d'erreur incorrect lors de l'importation & quot; inconnu noeud id & quot; (Bogue 519254)
• Dans GDF exportation, suppression d'une colonne ne supprime pas la virgule (bug 519810)
• Dans GDF exportation, le champ id est mal échappé (bug 519820)
• Attribut débordements de filtrage de bord (bug 522771)
• Contexte des données ne fonctionne pas sur non dirigé Graphique (bug 522886)
• filtre dynamique affiche 0 noeud (bug 523128)
• Options tag ne fonctionne que pour les valeurs à une lettre (bug 519252)
• Favoris, Propriétés et sortie menu apparaît dans la fenêtre et ne peut pas être fermé. (Bogue 521400)
• amélioration des performances lors de l'ajustement de la gamme avec la souris (bug 521939)
• Correction d'un bug lorsqu'ils traitent avec des types de données dynamiques que d'autres de la date (bug 521544)
• Correction d'un bug avec la répartition visuelle des graduations (bug 521941)
• Ergonomie:
• Nœud et bouton à bascule Edge dans VizBar ont le même texte de l'infobulle
• Panneau de rapport (Importer) est verticalement extensible
• Modules Mise à jour:
• DesktopContext
• DesktopBranding
• DesktopHierarchy
• DesktopPartition
• DesktopRanking
• DesktopTools
• VisualizationModule
• DesktopImport
• DesktopLayout
• ProcessorPlugin
• DHNSGraph
• DesktopTimeline
• TimelineAPI
• TimelinePluginUI
• ExportPlugin
• ImportPlugin
• StatisticsPluginUI
• GraphAPI
• ExportPluginUI
• PreviewImpl
• DesktopPreview
• FiltersPlugin
• ImportAPI
• DesktopFilters
• ProjectAPI

Quoi de neuf dans la version 0.7 Alpha:

• La version Gephi 0,7 alpha a été publiée et est disponible à des fins de test. Comme 0,7 est une réécriture complète, il aura besoin des versions alpha et bêta pour gelé caractéristiques et fixer tous les bugs.
• Tous 0,6 bugs restants seront effacés maintenant.
• Une note supplémentaire à propos du code source: Vous devez mettre à jour Netbeans 6.8 avec mises à jour des modules actuels pour être compatible avec repositiory actuelle
.

Quoi de neuf dans la version 0.6 Beta 3:

• Bugs liés à 0,6 série ont été nettoyés. Nous étions en train de réorganiser pour le rendre clair pour le développement 0.7.
• Le fait est, 0,7 est complètement nouveau par rapport à 0,6, donc les bugs ne sont pas liés et 0,6 développement est arrêté.
• Par conséquent, la seule chose à faire est d'attendre la 0.7 alpha à venir.
• Inutile de dire que les rapports de bugs existe toujours et nous prenons grand soin de ne pas répéter les mêmes erreurs pour 0,7.

Exigences :

• Java 2 Standard Edition Runtime Environment
• OpenGL