L'échelle du génome ARNm profilage fournit un instantané de l'état global de cellules dans des conditions différentes. Cependant, les niveaux d'ARNm ne fournissent pas la compréhension directe des mécanismes de régulation en amont. Expression2Kinases (X2K) est une nouvelle approche pour identifier des régulateurs en amont susceptibles responsables des changements observés dans l'expression des gènes du génome entier. En intégrant ChIP-seq / puce et de position-poids-matrices (PWM) données, les interactions protéine-protéine, et les réactions de phosphorylation kinase-substrat X2K peut être utilisé pour identifier les mécanismes de régulation en amont de différences échelle du génome dans l'expression des gènes. L'idée est de première déduire des facteurs de transcription les plus probables qui régulent les différences d'expression de gènes, puis utiliser les interactions protéine-protéine pour relier les facteurs de transcription identifiés en utilisant des protéines supplémentaires pour la construction de sous-réseaux de régulation transcriptionnelle centrées sur ces éléments, et, enfin, utiliser kinase-substrat réactions de phosphorylation de protéines, d'identifier et de rang candidats protéines kinases qui régulent probablement la formation des complexes de transcription identifiés. X2K contient également des outils pour effectuer gène-list analyse d'enrichissement et de prévoir des médicaments qui peuvent inverser ou d'aggraver des changements dans l'expression des gènes. . L'approche de X2K peut faire avancer notre compréhension de la signalisation cellulaire et de démêler les mécanismes d'action des médicaments
Exigences :
Java Runtime Environment 6.0
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