Basic Local Alignment Search Tool

Basic Local Alignment Search Tool est en court BLAST est un ensemble de programmes de recherche de similarité conçus pour explorer toute la séquence Bases de données disponibles indépendamment du fait que la requête est une protéine ou d'ADN.
Il utilise un algorithme heuristique qui cherche locale par opposition à des alignements globaux, et est donc en mesure de détecter les relations entre les séquences qui partagent seules régions isolées de similitude.
Il peut être exécuté localement comme un exécutable complète, et peut être utilisé pour exécuter des recherches BLAST contre les bases de données locales, privées, ou des copies des bases de données NCBI téléchargé. Il fonctionne sur Mac OS, Win32, Linux, Solaris, IBM AIX, SGI, Compaq OSF, et HP-UX

Ce qui est nouveau dans cette version:.

• Améliorations:
• documentation améliorée, comprend simplifiées instructions d'installation, disponibles à http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1762
• Ajout du support pour disque-masquage des bases de données BLAST.
• Améliorer les performances des makeblastdb pour l'entrée FASTA avec un grand nombre de séquences, d'améliorer le contrôle d'erreur.
• Autoriser les meilleures options de mise en forme pour frapper et mode Blast2Sequences XML
• Autoriser plusieurs séquences de requête pour psiblast.
• Laissez la spécification de toute séquence multiples d'alignement de séquence comme le maître avec l'argument de -in_msa psiblast.
• Ajoutez un argument -input_type facultatif à makeblastdb.
• Ajout du support pour la requête et sous réserve de longueur à la sortie de tableau.
• Performance de l'argumentation -seqidlist améliorée.
• Le minimum du nombre de descriptions et des alignements est maintenant utilisé pour tabulaire et sortie XML (compatible avec le comportement des applications blastall plus âgés).
• Correction de bugs:
• Makeblastdb et les problèmes blastdbcmd avec l'analyse, le stockage et la récupération des identificateurs de séquence.
• soumis identifiants manquantes dans le tableau de résultats.
• Blast_formatter -num_alignments ignorant et -num_descriptions
• format d'archive Blast pouvait être sauvé de manière incorrecte avec plusieurs requêtes.
• Blast_formatter établi une connexion réseau inutile.
• Blast_formatter n'a pas sauvé masquer correctement les informations.
• Rpstblastn peut se bloquer si la recherche de nombreuses séquences.
• megablast Répertorié ne serait pas fonctionner en mode multi-thread.
• Titre requête dans le PSSM sauvé par psiblast ne était pas stocké.
• de défaillance possible de faire fonctionner en mode multi-thread avec des requêtes multiples ou de grandes séquences de bases de données.
• TBLASTN base de données fonctionne avec masquage pourrait manquer les matchs.
• sortie tronqué pour l'entrée de séquence avec des espaces supplémentaires dans le Defline
• un problème binaires MacOSX sur MacOSX 10.5

Ce qui est nouveau dans la version 2.2.24:

• Introduit BLAST format d'archive pour permettre reformatage du stand- BLAST seul recherches avec le blast_formatter.
• Il ajoute le support pour traduire masquage douce sujet dans les bases de données BLAST.
• Il ajoute le support pour les opérations (BTOP) format de sortie BLAST Trace-arrière.
• Il ajoute des options de ligne de commande pour blastdbcmd pour lister les bases de données BLAST disponibles.
• Amélioration des performances du formatage des recherches BLAST éloignées. Utilise un code de sortie cohérente pour sortir de conditions de mémoire.
• Un correctif pour un bogue dans megablast indexé avec de multiples bases de données BLAST séparés par des espaces.

Qu'est-ce que de nouveaux dans la version 2.2.19:

• La variable d'environnement BLASTDB prend désormais en charge plusieurs chemins de recherche de base de données . Lorsque cela est possible, une plus petite table de consultation de protéine est utilisée pour améliorer les performances.
• formatrpsdb prend désormais en charge la création de bases de données plus grande que 2G.
• seedtop prend désormais en charge les recherches avec des listes de gi.
• La valeur X3 pour blastn / megablast a été corrigé.