BioRuby

BioRuby fournit un environnement intégré de bioinformatique (Informations Biologie de la science).
Orienté objet langage de script Ruby possède de nombreuses fonctionnalités adaptées à la recherche en bioinformatique, par exemple, syntaxe claire d'exprimer des objets complexes, des expressions régulières pour la manipulation de texte aussi puissants que Perl & rsquo; s, une grande variété de bibliothèques y compris le service web, etc.
Comme la syntaxe Ruby est simple et très propre, nous croyons qu'il est facile à apprendre pour les débutants, facile à utiliser pour les biologistes, et également assez puissant pour les développeurs de logiciels.
Dans BioRuby, le développeur peut récupérer les entrées de bases de données biologiques à partir de fichiers plats, des serveurs Web sur Internet et bases de données relationnelles locales.
Ces entrées de la base de données peuvent être analysées pour extraire les informations dont vous avez besoin. Séquences biologiques peuvent être traitées avec les méthodes accomplissement de la Ruby & rsquo; s classe String et avec des expressions régulières.
La bibliothèque peut être intégré avec des outils comme Blast, Fasta, Hmmer et de nombreux autres logiciels pour l'analyse biologique.
 BioRuby supporte les principaux formats de bases de données biologiques et offre de nombreuses possibilités d'y accéder par l'indexation de flatfile, SQL, les services web, etc. Divers services Web, y compris API KEGG peuvent être facilement utilisés par BioRuby.

Caractéristiques :

• BioRuby shell
• API
• Documentation

Exigences :

• Ruby 1.8.7 ou ultérieure