CLC Main Workbench

Cette démo entièrement fonctionnelle de 4 semaines de CLC Combined Workbench regroupe toutes les analyses de séquence d'ADN de CLC Gene Workbench et toutes les analyses de séquences protéiques de CLC Protein Workbench.

Quoi de neuf dans cette version:

Améliorations

• Mise à jour de toutes les analyses dans une application unique, conviviale et intuitive. La liste des enzymes de restriction de REBASE.

• Correction d'un problème lié à l'exécution de BLAST sur macOS Sierra.
• Liens PFAM mis à jour & nbsp;
• Correction d'un problème introduit dans CLC Main Workbench 7.7.2 où les enzymes énumérées par ordre alphabétique après RdeGBI manquaient des informations de méthylation
• Différentes corrections de bugs mineures
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Quoi de neuf dans la version 7.7.2:

Flux de travail

• Les sorties de flux de travail peuvent maintenant être configurées de manière à créer des sous-dossiers pour contenir les sorties.
• De nouveaux espaces réservés sont disponibles pour définir les noms des sorties de workflow: {user}, {host} et pour les éléments de l'horodatage de l'objet de sortie, {year}, {month}, {day}, {hour} {Minute}, {second}.
• Les espaces réservés aux noms de sortie de flux de travail qui étaient précédemment disponibles uniquement en tant que chiffres peuvent désormais être spécifiés à l'aide de noms écrits: {name} est synonyme de {1} et {input} est un synonyme de {2}.
• 
  

  Lors de l'utilisation de l'espace réservé {2} pour la désignation personnalisée dans les éléments de sortie de workflow, seules les entrées déverrouillées seront incluses dans le nom généré.

  
  
• 
  

  Dans le pdf généré qui affiche tous les paramètres configurés d'un workflow, les entrées pour les paramètres connectés à un outil ou un élément d'entrée listent maintenant les noms des éléments de définition. Auparavant, les listes de paramètres pour ces éléments étaient laissées en blanc.

  
  
• 
  

  Lorsqu'un nom d'outil a été modifié dans un workflow, le nom d'origine est maintenant inclus avec le nom modifié lors de l'exportation de paramètres de workflow.

• 
  

  La vue Historique des éléments de données créés à l'aide d'un workflow inclut désormais des informations sur le workflow qui les a créés.

  
  
• L'ordre des outils dans le menu "Add Element" du workflow correspond maintenant à l'ordre dans le menu Workbench Toolbox.
• Amélioration de la validation du flux de travail pour aider l'utilisateur à identifier les entrées qui seront ignorées en raison de la configuration des éléments du workflow.

& nbsp;


lancement

& nbsp;

• L'outil de lancement rapide se trouve maintenant dans le menu Boîte à outils à la place du menu Affichage et un bouton appelé Lancement qui fait apparaître cet outil a été ajouté à la barre d'outils.

• Les analyses peuvent maintenant être lancées sur les éléments de données répertoriés dans le tableau des résultats d'une recherche locale en sélectionnant les éléments d'intérêt, en cliquant avec le bouton droit de la souris et en naviguant dans le menu contextuel qui apparaît.
  

& nbsp;


Métadonnées

& nbsp;

• Une option "Remove Association (s)" pour supprimer les associations de métadonnées des éléments de données sélectionnés a été ajoutée sans la vue Élément de métadonnées dans un menu contextuel contextuel.

• Dans la vue Metadata Find Associated Data, il est désormais possible d'utiliser Find dans la zone de navigation lorsque plusieurs lignes sont sélectionnées.

  
  
• Lors de l'importation de métadonnées à partir d'une feuille de calcul contenant des formules, le résultat de l'évaluation de la formule (tel qu'il est affiché dans Excel) est maintenant importé plutôt que la formule elle-même.

& nbsp;


Général

• Toutes les communications du serveur NCBI sont cryptées. (NCBI transférera tous les services Web au protocole HTTPS le 30 septembre 2016). & Nbsp;

  
  

• La liste des enzymes préinstallées dans le workbench & nbsp; a été mise à jour à partir de REBASE.

  
  

• L'option "n'est pas dans la liste" a été introduite comme une nouvelle option de filtrage de table.

  
  

• Les détails des groupes de lecture sont maintenant affichés dans la vue Informations sur les éléments des listes de séquences.

  
  

• L'importation de GenBank permet désormais également des noms de fichier avec extension 'GBFF'.

  
  

• L'outil "Trier dossier" utilise maintenant le tri numérique pour les noms de fichiers précédés d'un nombre.

• Des nouveaux espaces réservés sont disponibles pour définir les noms des produits de l'exportateur: & nbsp; {User}, & nbsp; {host} et pour les éléments de l'horodatage de l'objet de sortie, {year}, & nbsp; {month}, & nbsp; {day}, & nbsp; {heure, & nbsp; {minute}, & nbsp; {Second}. & Nbsp;
• Les espaces réservés à l'intérieur des noms de sortie d'exportation qui étaient précédemment disponibles uniquement en tant que chiffres peuvent maintenant être spécifiés à l'aide de noms écrits: {input} est synonyme de {1}, {extension} est synonyme de {2} et {counter} Synonyme de {3}.

Quoi de neuf dans la version 7.7.1:

• Résolution d'un problème lié à l'exécution de workflows avec plusieurs entrées en lot, où les modifications apportées aux entrées fixes prédéfinies spécifiées lors du processus de lancement n'ont pas été appliquées.
• Correction d'un problème dans lequel l'outil de recherche Motif signalait incorrectement toutes les exactitudes de correspondance soit à 0%, soit à 100%.
• Correction d'un problème dans lequel le tri d'un dossier lors de l'enregistrement pouvait déclencher une erreur.
• Correction d'un bogue dans la boîte de dialogue du mode batch qui entraînerait une erreur lorsque des problèmes liés au fichier sous-jacent ou à l'emplacement des données ont été rencontrés.

Quoi de neuf dans la version 7.7:

Import Metadata - importation de métadonnées simple et simple. Cet outil complète les outils disponibles dans l'Éditeur de tableaux de métadonnées.

Quoi de neuf dans la version 7.6.4:

Correction de bugs
• Correction d'un bug lorsque l'outil Recherche de séquences à la BCN ne parvenait pas à télécharger les séquences de nucléotides avec le message d'erreur "Les séquences suivantes n'ont pas été téléchargées correctement.
• Correction d'un problème avec le BLAST à l'étape NCBI de l'outil Créer un rapport protéique.
• Correction d'un problème entraînant une erreur lors de l'exportation VCF où les données impliquées avaient été initialement importées à partir de fichiers VCF et les valeurs dans le champ QUAL étaient des entiers.
• L'exportation de nombres à virgule flottante (virgule) au format VCF & nbsp; était précédemment dépendante de la locale spécifiée. Ceci a été corrigé afin que le séparateur & nbsp; décimal soit maintenant toujours un point.
• Lors de l'association automatique des métadonnées, le journal affiche maintenant les lignes de métadonnées qui n'étaient associées à aucune donnée.
• Correction d'un bogue qui empêchait l'accès aux informations manuelles des métadonnées à partir de Workbench.
• Correction d'un bug dans lequel une association automatique à l'aide d'une table de métadonnées stockée sur un serveur CLC échouerait.
• L'association automatique des métadonnées gère désormais l'association basée sur le préfixe a des noms de données et l'appariement exact du nom de données complet.
• Une table de métadonnées n'a plus besoin d'une colonne de clé pour que ses lignes soient associées manuellement à des éléments de données.
• Une option permettant de remplacer les rôles de métadonnées précédemment visibles dans la configuration des sorties Workflow a été supprimée.
• Correction d'une erreur survenue lorsque l'emplacement des données de Workbench pointait vers un fichier sur le système au lieu d'un dossier. Il apparaîtra désormais comme indisponible dans la zone de navigation Workbench.
• Des info-bulles activées pour tous les paramètres lors de la configuration et de l'exécution des workflows.
• Le processus de connexion d'un Workbench à un serveur CLC doit maintenant être terminé avant d'ouvrir une URL clc.
• Résolution d'un problème sur Mac où Workbench n'a pas été reconnu comme gestionnaire de protocole personnalisé pour clc: // urls.
• Résolution d'une exception rare qui pourrait être déclenchée par la modification de l'affichage de l'éditeur par un double clic.

Nouveautés dans la version 7.6.3:

Nouvelles fonctionnalités et améliorations

• Le regroupement des éléments sélectionnés est désormais possible: il était restreint aux dossiers sélectionnés.
• On peut maintenant sélectionner "EST" comme base de données lors de l'utilisation de l'outil Recherche de séquences à NCBI.
• L'outil Hierarchical Clustering of Samples peut maintenant être exécuté dans le cadre de workflows et sur le serveur.
• Amélioration de la gestion de la mémoire lors de la gestion des grands éléments de rapport.
• Les info-bulles sur les feuilles des arbres phylogénétiques affichent maintenant une description de la séquence jointe.
• Les numéros ne sont plus ajoutés aux noms des éléments Workflow lors de la création d'une copie d'un Workflow à l'aide de la fonction "Open Copy of Workflow".
• Gestion des métadonnées. Gardez une trace des fichiers d'entrée et importez des méta-informations pour vos échantillons.

Correction de bugs

• Correction d'un problème rare sur lequel Workbench afficherait un message d'erreur lors de l'installation d'un plug-in sous licence tiers.
• Correction d'un problème dans lequel la sélection d'une entrée dans un tableau de résultats Blast pouvait mettre en évidence le mauvais alignement dans l'éditeur Blast si la table avait été filtrée ou triée.
• Correction d'un problème dans lequel un clic sur une annotation dans l'éditeur Design Primers pouvait donner lieu à un message d'erreur.
• Correction d'un problème dans lequel les annotations qui couvraient les extrémités d'une séquence circulaire seraient placées incorrectement dans la vue Séquence circulaire.
• Correction d'un bug qui provoquait la congélation du workbench si certaines séquences étaient affichées en vue circulaire avec le rendu radial des étiquettes.
• Correction des rapports exportés ayant le mauvais auteur dans certaines situations.
• Correction d'un problème dans lequel Create Box Plot et Principal Component Analysis pouvaient parfois être exécutés avec des arguments illégaux, menant à un message d'erreur.
• La sortie de l'outil Reverse Complement Sequence obtient maintenant le suffixe -RC attaché au nom de l'entrée au lieu de -1.
• Correction d'un bug dans l'outil Predict Secondary Structure lorsque l'option de calcul de la fonction de partition a été sélectionnée pour les longues molécules (& gt; 1000 nucleotides).
• Correction d'un problème où l'on ne pouvait pas zoomer après un zoom arrière sur des flux de travail très importants.
• Correction d'un problème qui empêchait l'utilisation d'un dossier racine sur les disques Windows comme emplacement de fichier.
• Correction d'un problème où la mise à jour d'une installation existante sur Windows entraînerait la suppression du fichier .vmoptions, ce qui rend le Workbench exécuté avec la configuration Java par défaut.

Quoi de neuf dans la version 7.6.2:

Corrections de bugs
• Ajout d'un problème de java qui a occasionnellement entraîné le Workbench à afficher une erreur non informative et nécessitant un redémarrage pour continuer à fonctionner.
• Correction d'un problème lié à l'exécution de BLAST au NCBI où une erreur générée par NCBI au sujet de la limite d'utilisation du processeur dépassée n'était pas signalée de manière transparente et qu'un résultat de "non-succès"
• Un correctif a été appliqué pour éviter une exception dans les circonstances où le nettoyage des fichiers téléchargés de BLAST a échoué.
• L'outil Reverse Translate a ignoré tout code génétique spécifié dans les tables de fréquence des codons. Toute traduction inverse serait par défaut le code génétique standard.
• Lors de l'installation d'un workflow avec des données groupées, il n'est plus possible de sélectionner un dossier en lecture seule pour stocker les données.
• Correction d'un mauvais affichage de "Format pris en charge" lors de l'exportation d'éléments à partir de l'éditeur de dossiers ou de l'éditeur de recherche locale.
• Correction d'un mauvais fichier potentiel enregistré lors de l'édition d'un fichier trouvé via l'éditeur de recherche locale.
• Les tracés dans les rapports sont maintenant affichés avec leurs paramètres de panneau latéral enregistrés.
• Correction de la sauvegarde de différentes couleurs de ligne dans les tracés à travers le panneau latéral.
• L'option du panneau latéral pour afficher les légendes d'un tracé comportant plus de 10 échantillons est maintenant activée.
• Correction d'un problème qui entraînait une erreur lors du rendu des tracés pour les ensembles de données vides.
• Correction d'un problème où l'option "Empty Recycle Bin" était parfois incorrectement indisponible.

Quoi de neuf dans la version 7.6.1:


Nouvelles fonctionnalités et améliorations
• L'exportateur GTF est maintenant disponible pour le Main Workbench.
• L'expérience Transcriptomics et les tables d'échantillons peuvent maintenant être triées, même avec un grand nombre de lignes.
• Excel amélioré, HTML et délimitation délimitée par des tabulations de variantes (Choisissez uniquement les annotations / colonnes dont vous avez besoin).

Correction de bugs
• Correction d'une erreur affectant l'outil "Cut Sequence Before / After Selection" dans l'éditeur de clonage.
• Correction d'un bug dans lequel un clic gauche rapidement suivi d'un clic droit était interprété comme un double-clic sur OS X (dans la liste des résultats de recherche de persistance, dans l'arborescence de la boîte à outils et dans l'éditeur de workflow).

Quoi de neuf dans la version 7.6:

Nouvelles fonctionnalités et améliorations
• Pistes:
  • Sortie cohérente lors de l'enrichissement de pistes de variantes et de pistes d'annotation avec des colonnes de table supplémentaires. Les pistes de sortie de ces outils ont maintenant le même nombre de colonnes de table ajoutées et les colonnes seront toujours dans le même ordre. Auparavant, si une colonne supplémentaire avait des valeurs vides pour toutes les lignes de variantes, elle aurait été supprimée de la table finale, ce qui entraînerait un nombre variable et un ordre relatif de colonnes supplémentaires lorsque plusieurs échantillons étaient traités avec les mêmes outils / flux de travail. Toutes les colonnes sont maintenant conservées, ce qui facilite le traitement en aval des tables exportées et fournit une référence visuelle immédiate sur les outils d'enrichissement / annotation qui ont été appliqués, même s'ils n'ont pas produit de résultats pour un échantillon particulier.
  • Les tables de pistes de variantes et de pistes d'annotation peuvent maintenant trier et filtrer des colonnes avec des cellules contenant plusieurs nombres.
  • Amélioration de la visionneuse de pistes pour les pistes variantes pour afficher l'altération de la séquence sur la variante rendue.
  • Les pistes graphiques affichent maintenant des valeurs négatives remplies vers le haut à y = 0 (comme prévu).
  • Augmentation des décimales pour les nombres lors de l'exportation de la table vers CSV, texte délimité par tabulation et Excel.
  • Amélioration du rapport des erreurs liées à un espace disque insuffisant.
  
  

Nouveautés dans la version 7.5.1:

• Il est maintenant possible d'exécuter un workflow sans entrée facultative.
• L'outil AAC n'a pas annoté les variantes dans UTR 3 'avec leur changement au niveau de l'ADN en utilisant le format HGVS c.xxx. Cela affecte toute analyse effectuée avec Gx 7.5 ou version antérieure basée sur des pistes CDS ENSEMBL de versons plus anciennes. L'analyse AAC devrait être refaite en utilisant Gx 7.5.1 pour l'annotation correcte.
• Correction du bug de filtrage Pfam. Auparavant, Pfam ne rapportait que le premier domaine de chaque type dans une requête et, par conséquent, plusieurs domaines manquaient. Nous recommandons aux utilisateurs dont la recherche dépend des annotations Pfam de relancer l'outil sur leurs données.
• Correction d'un bug dans l'outil 'Maximum Likelihood Phylogeny' qui a échoué lors de la génération de valeurs bootstrap pour certains alignements d'entrée.
• Correction du problème de défilement vers les fichiers pertinents lors de la sélection d'objets comme paramètres dans les assistants d'outils.
• Les résultats du texte Blast ont été améliorés afin de montrer la requête correcte et les positions des sujets indépendamment du brin.
• Correction d'un problème qui empêchait les opérations BLAST lors du choix de les exécuter sur le serveur CLC.
• Il est maintenant possible d'exécuter un workflow sans entrée facultative.
11 Nov 16 Dans Logiciels éducatifs et scientifiques, Logiciel de la science