Logiciel capture d'écran:
Détails logiciels:
Version: 1.5.13 Mise à jour
Date de transfert: 26 Apr 16
Développeur: The CDK Project
Licence: Gratuit
Popularité: 36
Le kit de développement Chemistry (également connu sous le nom CDK) est une plate-forme indépendante, distribué librement et logiciel de bibliothèque open source implémenté en Java et conçu spécialement pour la bioinformatique structurale, cheminformatique et chimie computationnelle.
Le projet comprend des divers algorithmes utiles et des structures de données adaptées spécifiquement pour les programmeurs qui veulent économiser beaucoup de temps et d'efforts en réutilisant le code. Le kit de développement chimie n'a pas été conçu pour être utilisé par les utilisateurs finaux.
Aperçu des caractéristiques
Les principales caractéristiques comprennent le support pour la lecture et l'écriture des formats de données de produits chimiques, le soutien pour le rendu des structures chimiques, le soutien aux QSAR (Quantitative Structure & ndash; l'activité Relation). Descripteurs, ainsi que des algorithmes intégrés pour soutenir la théorie des graphes chimiques
Pour votre commodité, l'application est distribuée sous forme de binaires pré-compilés dans le format de fichier JAR. Pour l'utiliser dans votre projet, il suffit de télécharger la dernière version stable de Softoware en utilisant le lien ci-dessus, où vous pouvez également trouver le programme & rsquo;. S la source tarball
Les programmeurs trouveront des informations détaillées sur la façon de compiler le programme à partir de sources, comment exécuter différents tests, ainsi que la façon de l'utiliser dans d'autres programmes dans le fichier README.txt qui se trouve dans l'archive tar.gz.
Sous les systèmes d'exploitation de la hotte et supportées
Prendre un coup d'oeil sous le capot de la CDK (Kit de développement chimie) logiciel, nous pouvons mentionner qu'il a été entièrement écrit dans le langage de programmation Java.
À l'heure actuelle, il est entièrement compatible avec 32-bit et 64-bit saveurs de la GNU / Linux, Microsoft Windows et les systèmes d'exploitation Mac OS X. Cependant, il devrait fonctionner sur tout système d'exploitation pris en charge par le Java Runtime Environment (JRE) & nbsp; et Java Development Kit (JDK) & nbsp; technologies
Ce qui est nouveau dans cette version:
- la charge formelle du IAtomcontainer est transféré à IMolecularFormula
- Correction d'un bug 2787332 L'ancien réseau de liaison dans le calcul de la charge de Gasteiger a été fixé à
- Mise à jour pour corriger bug 2788357 SMARTSQueryTool attrape maintenant TokenMgrError dans la construc
- Ajout d'un nouveau taglet pour traiter cdk.githash tag et lien Javadocs aux sources de Git repo
- balises cdk.svnrev Mis à jour à cdk.githash balises
- Bug_2787332. Test ajoutée pour la molécule Triclosan (InChI = 1S / C12H7Cl3O2 / c13-7-1-3-11
- Retiré du code de rendu obsolète: soit utiliser cdk-1.0.x ou JChemPaint primaire
- Test Ajout bug 2786624 dans la suite de tests d'analyseur
- Ajout de liens vers des pages PMD
- Ajout d'un lien vers les statistiques JUnit
- liste des classes Ajouté dans le module, avec des liens vers Nightly @ Pele
- Ajout mis en place pour créer des pages Module HTML
- Ajout mis en place pour créer des pages Module HTML
Ce qui est nouveau dans la version 1.5.10:
- La charge formelle du IAtomcontainer est transféré à IMolecularFormula
- Correction d'un bug 2787332 L'ancien réseau de liaison dans le calcul de la charge de Gasteiger a été fixé à
- Mise à jour pour corriger bug 2788357 SMARTSQueryTool attrape maintenant TokenMgrError dans la construc
- Ajout d'un nouveau taglet pour traiter cdk.githash tag et lien Javadocs aux sources de Git repo
- balises cdk.svnrev Mis à jour à cdk.githash balises
- Bug_2787332. Test ajoutée pour la molécule Triclosan (InChI = 1S / C12H7Cl3O2 / c13-7-1-3-11
- Retiré du code de rendu obsolète: soit utiliser cdk-1.0.x ou JChemPaint primaire
- Test Ajout bug 2786624 dans la suite de tests d'analyseur
- Ajout de liens vers des pages PMD
- Ajout d'un lien vers les statistiques JUnit
- liste des classes Ajouté dans le module, avec des liens vers Nightly @ Pele
- Ajout mis en place pour créer des pages Module HTML
- Ajout mis en place pour créer des pages Module HTML
Ce qui est nouveau dans la version 1.2.2:
- Correction de liens. Suboptimal, comme le chemin est encore hardcoded à une seule instance par nuit, mais nous ne disposons pas encore du cadre de XML pour résumer les choses sur tous les Nightlies (exécutant
- Mise à jour le numéro de version
- Test Ajouté à assurer IAtomContainers ne sont pas infiltrés via IMoleculeSet.add (IAtomContainerSet)
- Écrasement addAtomContainer (IAtomContainer, double) aussi, de jeter un IllegalArgumentException quand un non-IMolecule est passé
- jette maintenant un IllegalArgumentException quand il est tenté de stocker un IAtomContainer qui est pas un IMolecule
- Ajout test unitaire pour # 2784182
- nouveau test avec réserpine
- taglets supplémentaires pour enfiler la sécurité
- Avec un atome ou moins, nous définissons d'être connecté, car il n'y a pas de cloisonnement nécessaire (fixe # 2784209, NullPointerException sur IAtomContainer sans atomes)
- Ajout test unitaire pour bug # 2784209 qui échoue actuellement
- Plus suppression des noms de paquets de org.openscience.cdk explicite: jette clauses
- Plus suppression des noms de paquets org.openscience.cdk explicite
- Plus la suppression des noms explicites paquet org.openscience.cdk: pour les nouveaux org.openscience.cdk.Foo () appelle
- Retiré de org.openscience.cdk.interfaces explicites (corrections # 2783549)
- Retiré noms de paquets explicites, en faveur des importations, pour org.openscience.cdk dans le module datadebug (corrections # 2783549)
- Retiré noms de paquets explicites, en faveur des importations, pour org.openscience.cdk dans le module de données (fixe # 2783549)
- breakout de l'option de récursivité sur AllRingsFinder
- Extraction de la formule élémentaire de chaîne de la charge.
- Extraction de la formule élémentaire de chaîne de la charge.
- Contrôleur de la masse quand il est hors de la plage
- Mise à jour pour ajouter intelligemment H de un PLANAR3 N, fixe le bogue 2781199
- Ajout de test pour bug 2781199
- appelle à CDKException constructeur effectué dans un bloc catch incluent désormais l'exception de la racine pour préserver la pile trace
- appelle à CDKException constructeur effectué dans un bloc catch incluent désormais l'exception de la racine pour préserver la pile trace
- appelle à CDKException constructeur effectué dans un bloc catch incluent désormais l'exception de la racine pour préserver la pile trace
- appelle à CDKException constructeur effectué dans un bloc catch incluent désormais l'exception de la racine pour préserver la pile trace
- appelle à CDKException constructeur effectué dans un bloc catch incluent désormais l'exception de la racine pour préserver la pile trace
- appelle à CDKException constructeur effectué dans un bloc catch incluent désormais l'exception de la racine pour préserver la pile trace
- appelle à CDKException constructeur effectué dans un bloc catch incluent désormais l'exception de la racine pour préserver la pile trace
- appelle à CDKException constructeur effectué dans un bloc catch incluent désormais l'exception de la racine pour préserver la pile trace
- appelle à CDKException constructeur effectué dans un bloc catch incluent désormais l'exception de la racine pour préserver la pile trace
- appelle à CDKException constructeur effectué dans un bloc catch inclut maintenant l'exception de la racine pour préserver la pile trace
- appelle à CDKException constructeur effectué dans un bloc catch inclut maintenant l'exception de la racine pour préserver la pile trace
- appelle à CDKException constructeur effectué dans un bloc catch inclut maintenant l'exception de la racine pour préserver la pile trace
- appelle à CDKException constructeur effectué dans un bloc catch inclut maintenant l'exception de la racine pour préserver la pile trace
- appelle à CDKException constructeur effectué dans un bloc catch inclut maintenant l'exception de la racine pour préserver la pile trace
- Ajout d'un test unitaire pour assurer des champs de SD sont lues pour toutes les molécules
- diviser test
- nouveaux fichiers
- d'autres tests pour cml lecture
- Ajout test unitaire pour # 1848591: cadre Murcko incorrect
- Casting fixe, retirez redondante nom complet du package
- Ajout test unitaire pour # 2692107
- Correction de fautes: manque d ''
noms de paquets
Ce qui est nouveau dans la version 1.2.1:
- Correction d'un bug 2714283, qui jette correctement une exception lorsque anneaux ne sont pas fermées correctement. Si une bague est pas fermée avec le numéro de bague appropriée, InvalidSmilesException est levée. Correspond comportement Daylight
- Correction d'un bug 2729120 et test unitaire ajouté
- commentaire Mise à jour pour corriger bug 2768643.
- fix partielle pour le bogue 2719237. Made getBondOrderSum statique, test unitaire ajoutée pour elle
- Typo: proteinl - & gt; protéines
- publique de classe Fait, à unbreak ajouter à la construction / *. JavaFiles
- SMARTS partiellement fixes correspondant pour R0. Mise à jour molécule initialisation cible pour indiquer explicitement les atomes ne sont pas dans un anneau et également mis à jour atome d'RingMembership pour faire une vérification explicite lorsque R0 est spécifié. corrige partiellement bug 2587204
- test d'égalité douteuse fixe. Une méthode privée vérifiait objets doubles par référence. A travaillé très bien quand ils étaient nuls. Échoue lorsque nous avons besoin de comparer la valeur. Code est mis à jour pour en tenir compte. test unitaire Ajouté (et fait la méthode protégée afin qu'il puisse être testé)
- méthode d'essai Ajout annotation. Complète la couverture pour le module de données
- ChiIndexUtils refactorisé pour le rendre package privé. Nettoie API publique, car il est utilisé uniquement par le code de descripteur chi. Mise à jour toutes les classes dépendantes. code de test déplacé (qui doit être rempli!) ainsi
- Nettoyage du code de ChiIndexUtils. Converti à 1,5 idiomes
- Nettoyage des PathTools et a ajouté la méthode d'essai annotation, de sorte que le noyau est complètement recouvert
- Correction de la précédente engager à modifier la ligne de cdk.keyword, pas la ligne de cdk.module
- mots-clés plus cohérentes utilisés
- Ajout d'un test pour vérifier que les objets entiers sont comparés par valeur plutôt que référence
- Ajout d'un cas de test pour vérifier que les diffs de conteneurs d'atomes sont corrects lorsque vous utilisez des objets désérialisés
- Correction IntegerDifference afin qu'il vérifie effectivement la valeur entière plutôt que des références de l'objet entier. Résout le problème dans lequel un objet sérialisé sur le disque, puis désérialisé ne correspond pas à l'objet d'origine (à savoir, non chaîne de diff vide)
- Applied patch # 2675819 (Stefan Kuhn): Patch pour ajouter un removeReaction à reactionSet
- Utiliser l'interface au lieu de la mise en œuvre
- Retiré une importation utilisé
- Utiliser IAtomContainer au lieu de IMolecule, comme la mise en correspondance réelle est en utilisant IAtomContainers déjà (corrections # 2686249)
- Correction d'un ClassCastException (fixe # 2685134)
- Ajout attrib source pour fixer la construction du Ubuntu
- système de construction d'aide fixe: utiliser des bocaux de doclet en develjar /; mise à jour pour le nouveau dossier src src / main; supprimé l'utilisation très obsolète de rt.jar
- libdepends supprimés incluent des tests-ioformats, qui n'a pas fait libdepends
- Mise à jour de sorte que si un atome cible n'a pas de symbole (tels que des atomes pseudo) le match retourne false (plutôt que d'un NPE)
- manipulation fixe de #n SMARTS querys
- Ajout de test pour bug 2686473
- Ajout d'une note sur 1.7.1 Ant requis
- Correction d'une source de NPE: '== null 2' provoque une exception, donc premier test pour l'état NULL
- notice de copyright fixe pour 2009
- stockage double fixe de modèles de mise en page, qui ne font partie du module sdg, pas de module extra trop
- Fusionner la branche 'local1.2' de ../../ git-svn / cdk
Ce qui est nouveau dans la version 1.2.0:
- Corrige quelques SMARTS parsing problème, l'utilisation de deux et les symboles -Letter IPseudoAtom dans le fingerprinter et ajoute 4 nouvelles définitions de type d'atome, l'iode et le soufre.
Ce qui est nouveau dans la version 1.1.5:.
- La plupart du temps des corrections de bugs
Ce qui est nouveau dans la version 1.1.4:.
- La plupart du temps de petites corrections de bugs
Ce qui est nouveau dans la version 1.1.1:
- La plupart du temps de petites corrections de bugs et code général nettoyer.
Ce qui est nouveau dans la version 1.1.0:.
- Beaucoup, beaucoup de changements
Exigences :
- Java 2 Standard Edition Runtime Environment
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