GAMGI

GAMGI est un logiciel open source et entièrement gratuit conçu à partir de zéro pour être utilisé pour créer et analyser des structures atomiques. Il dispose d'une interface utilisateur graphique simple, propre, facile à utiliser et puissante.

L'application supporte une large gamme de structures atomiques, telles que les cristaux, les molécules, les liquides et les verres. Il prend également en charge les 230 groupes d'espace cristallographique et peut être utilisé pour effectuer une analyse 3D Voronoï et une symétrie ponctuelle.

GAMGI supporte de nombreux types d'objets, y compris Texte, Orbital, Bond, Atome, Direction, Plan, Groupe, Molécule, Cluster, Cellule, Flèche, Forme, Graphique, Assemblage, Lumière, Calque et Fenêtre. En outre, le programme offre un contrôle maximal sur les objets de bas niveau en tant qu'atomes.

Parmi d'autres caractéristiques, nous pouvons mentionner cette capacité à construire des structures RCP (Random Close Packing), des cristaux pour n'importe quel groupe de symétrie spatiale, ainsi que des polyèdres de coordination et Voronoi pour des structures aléatoires. Il peut également déterminer n'importe quel groupe de symétrie ponctuelle.

Livré avec une documentation complète

Une autre fonctionnalité intéressante est la possibilité d'effectuer des actions dans une liste d'objets ou d'un seul objet précédemment mis en surbrillance. Il est livré avec une documentation complète et des données atomiques, y compris les données isotopiques et le rayon ionique. De plus, le logiciel peut manipuler une grande quantité de fenêtres, de lumières, y compris des couches ponctuelles, directionnelles et positionnelles, avec différentes visibilités, référentiels, fenêtres ou projections, ainsi que des polices de texte 3D qui peuvent être soit effleurées soit extrudées.

L'application GAMGI peut également être utilisée dans les écoles et les universités pour enseigner la structure atomique de la matière. C'est l'outil parfait pour les scientifiques qui travaillent dans la modélisation atomistique, ainsi que pour ceux qui ont besoin d'une application open source pour étudier les structures atomiques et préparer des images pour leurs présentations.

Quoi de neuf? dans cette version:

• Aide mise à jour - & gt; Fichiers de configuration pour les objets Light et Atom.
• Arbres gamgi-g et gamgi-x synchronisés.
• Gamgi_expat_import_object mis à jour: l'importation de données d'objet Cell dans des fichiers XML avec les nouvelles règles de configuration devrait fonctionner correctement.
• Mise à jour de gamgi_expat_export_object: l'exportation des données d'objet Cell vers des fichiers XML avec les nouvelles règles de configuration fonctionne désormais correctement.
• Dans Cellule & gt; Créer et Cellule & gt; Modifier, les vecteurs d'origine et les vecteurs Axes sont maintenant mis à jour automatiquement pour les options par défaut (conventionnelles ou primitives) lorsque le modèle change.
• Remplacé cell- & gt; borders = FALSE par cell- & gt; borders = GAMGI_PHYS_NONE, dans les moteurs, gtk, expat et mesa.
• Mise à jour de gamgi_expat_export_config: l'exportation des données de configuration de cellule vers des fichiers XML fonctionne désormais correctement
• Mise à jour de gamgi_expat_import_config: l'importation des données de configuration de cellule à partir de fichiers XML fonctionne désormais correctement
• Amélioration de la boîte de dialogue Cellule & gt; Config, pour gérer également les valeurs par défaut pour Model, Borders, Faces et Nodes.
• Boîtes de dialogue de configuration d'objets redéfinies & gt: Les données de configuration sont désormais séparées dans les données par défaut (dans les pages portant les mêmes noms que dans les boîtes de dialogue Créer) et globales (s'appliquant à tous les objets, anciens et nouveau), dans la page Global (last). Dialogues affectés: Atom- & gt; Config, Cell- & gt; Config, Light & gt; Config.
• Implémentation de la boîte de dialogue et de l'infrastructure de configuration Cell- & gt; La taille des lignes de bordure de cellule, des points nodaux et des axes vectoriels peut maintenant être définie globalement pour toutes les cellules de GAMGI, une fonctionnalité dont vous avez grandement besoin. Des valeurs par défaut pour la couleur des cellules et l'utilisation des axes ont également été définies.
• Correction d'un problème dans gamgi_gtk_bond_create: le jeu de couleurs dans static_init ignorait les données de configuration précédentes.
• Correction d'un problème dans gamgi_mesa_draw_pick et gamgi_mesa_draw_grab: La largeur du point de rendu des cellules était définie sur la largeur de la ligne au lieu de la largeur du point.

Quoi de neuf dans la version:

• Correction d'un bug qui vient d'être introduit: nous ne pouvons pas annuler la suppression du visuel GDK après la suppression d'un contexte GL. J'ai juste enlevé ce code. Apparemment, GTK fait cela quand le widget est détruit.
• Amélioration de gamgi_gtk_area.c, utilisé dans la version X de GAMGI, qui remplace la bibliothèque GTKGLExt par notre propre code GLX. Javier Cabezas a porté ce code sur GTK 3 et fonctionne très bien! Les changements apportés par le portage de sorte que les différences entre le code pour GTK 2 et GTK 3 sont absolument minimes.
• Nous ne pouvons pas utiliser les couleurs r, g, b à cause des axes de cellules a, b, c.
• Amélioration de la disposition des axes dans les boîtes de dialogue Orbital- & gt; Créer et Orbital-> Modifier.
• Modèle d'étiquette modifié pour la portée dans Orbital- & gt; Créer et Orbital- & gt; Modifier et modifier l'interface d'aide en conséquence.
• Consultez toutes les pages de documentation sur les formats d'aide.
• Mise à jour de la documentation d'aide pour les formats de cluster.

Les tableaux
• cluster-& gt; paintts ne sont plus terminés par zéro.
• Synchronisation des branches gamgi et gamgi_exp.
• Dans les fichiers XML, dans les éléments de groupe, le type d'attribut remplacé par référence.
• Mise à jour de la documentation d'aide pour les formats de plan et de direction.
• Mise à jour de la documentation d'aide pour les interfaces de groupe et les formats.
• Renouvelé la marque de commerce de l'UE GAMGI jusqu'en 2024.
• Mise à jour du code source et de la documentation sur GPL v3.
• Commencé à utiliser sha256sum pour checksum tous les fichiers de distribution.
• Renouvelez l'enregistrement du nom de domaine de gamgi.org jusqu'en 2020.

Nouveautés dans la version 0.17:

• Correction d'un bogue de makefile (introduit dans gamgi0.15.6) dans la branche GAMGI qui ne nécessite pas la bibliothèque GtkGlExt: les make_rules contenaient des dépendances gtkglext qui ne devraient pas être présentes.
• Les plans, Directions peuvent maintenant être sélectionnés par net de projection: Wulff ou Schmidt.
• Synchroniser le code, la documentation et les fichiers de données entre les arbres de distribution gamgi et gamgi_exp.
• Fichiers XML dat / orbital vérifiés pour mettre à jour les attributs des axes orbitaux.
• Vérifie tous les fichiers dat / XML pour remplacer le type d'attribut par label, dans les éléments atom.
• Vérifie tous les fichiers dat / XML pour remplacer le type d'attribut par le modèle, dans le plan, la direction, les éléments de la cellule.
• Par souci de cohérence, remplacé globalement le nom projection par net dans le code de direction et de plan et les éléments XML.
• Par souci de cohérence, remplacé globalement le nom du type par le modèle dans la cellule, le plan, le code de direction et les éléments XML.
• Étiquette modifiée Type de modèle dans Cell- & gt; Créer et Cell- & gt; Modifier.
• Changé label Méthode à saisir dans Bond- & gt; Create.
• Mise à jour de la documentation sur l'aide et les formats pour les objets Plan et Direction XML.
• Mise à jour de la documentation sur les interfaces d'aide pour> Type et projection dans le plan- & gt; Créer, Plane- & gt; Modifier, Direction- & gt; Créer, Direction & gt; Modifier.
• La température atomique de Debye-Waller ne peut maintenant prendre que des valeurs comprises entre 0,0 (bleu) et 100,0 (rouge) comme d'habitude dans cette analyse.
• Mise à jour de la documentation sur les interfaces et les formats pour les objets Bond.
• Correction de la température atomique par défaut de Debye-Waller: la nouvelle valeur est 0.0, correspondant à un atome avec une position bien connue.
• Mise à jour de la documentation sur les formats pour les objets Atom et Cell.
• Aide- & gt; Actuel et Aide- & gt; Le sujet peut maintenant lire la documentation de Orbital- & gt; Modifier.
• A rédigé une documentation pour Orbital- & gt; Modifier.
• Mise à jour de la documentation pour Orbital- & gt; Créer.
• Les axes orbitaux sont désormais gérés de manière beaucoup plus simple, dans les fichiers natifs Orbital- & gt; Create, Orbital- & gt; Modify et XML.
• Orbital- & gt; Select fonctionne désormais correctement pour toutes les options, y compris les nombreuses propriétés pouvant être utilisées pour sélectionner des orbitales.
• Simplifié légèrement les fonctions gamgi_gtk_select _ *. c.
• Correction de deux bogues dans le code des orbitales H, introduits dans GAMGI 0.16.6: 1) les termes rho ** L (des polynômes de Laguerre) et 1 / r ** L (des fonctions de Legendre) s'annulent mutuellement , à part une constante qui manquait. 2) le calcul du rayon par défaut manquait le terme rho ** L.
• Les listes d'avions peuvent maintenant être sélectionnées par modèle: Polygone, Pôle, Trace, Vecteur.
• Les listes d'itinéraires peuvent maintenant être sélectionnées par modèle: Ligne, Pôle, Trace.

Quoi de neuf dans la version 0.16.8:

• Dans Projections stéréographiques, a élevé légèrement la hauteur z dans les bitmaps de pôle (GAMGI_MESA_OFFSET_BITMAP), donc ceux-ci apparaissent toujours au-dessus des traces. Cela corrige un problème visuel, mais facilite également la sélection des pôles avec des traces, car les couleurs sont maintenant clairement séparées.
• Synchronisation des branches de code gamgi et gamgi_exp.
• Mise à jour de static_press dans Plane- & gt; Modifier et Direcyion- & gt; Modifier, afin que le nom de l'objet ne soit pas remplacé par le paramètre de nom automatique.
• Changement automatique de nom dans Plane- & gt; Modifier et Direction- & gt; Modifier fonctionne bien maintenant, pour les plans cristallographiques, diretcions.
• Trouvé et supprimé un bug dans Plane- & gt; Create and Direction- & gt; Create: dans certains cas, le nom de l'objet indiqué par l'utilisateur a été ignoré.
• Trouvé et supprimé un bug important dans Plane- & Create Create & Direction- & gt; Create: après avoir créé des plans / directions en utilisant des listes préalablement créées avec la boîte de dialogue List second level, celles-ci n'ont pas été correctement réinitialisées. Dans certains cas, cela pourrait provoquer un crash de GAMGI.
• Trouvé et supprimé un bug dans Plane- & gt; Créer et Direction- & gt; Créer: Pole and Trace n'ont pas été créés simultanément, si nécessaire, un seul à la fois.
• Orbital- & gt; Select fonctionne maintenant. Les listes d'orbitales peuvent être copiées, reliées, sélectionnées, modifiées, supprimées, comme pour d'autres objets.
• Synchronisation des branches de code gamgi et gamgi_exp.
• Fixed Cell- & gt; Link: il fonctionne (encore) très bien pour les listes de cellules, dans les modes Object (ci-dessus et ci-dessous), Crystal et Random.
• Recherche et suppression d'un bogue simple mais sérieux: lorsque plusieurs fenêtres étaient ouvertes et qu'une liste d'objets était active et sélectionnée comme objet courant, Reset (mais pas Exit) provoquait le crash de Gamgi.
• Cellule & gt; Link Random (RCP) ne fonctionnait pas: remplacé par un code plus ancien. Cell- & gt; Link a besoin de plus de travail.
• Compilation à nouveau avec le drapeau -O3.
• Correction d'un bug sérieux dans toutes les boites de dialogue Object & gt; Select, dans la méthode Region: lorsque le rectangle d'échantillonnage n'était pas entièrement dans la zone graphique, certaines couleurs échantillonnées étaient indéfinies et GAMGI plantait en appuyant sur Ok. Les accidents ont été détectés il y a longtemps, mais la cause n'était pas claire jusqu'à maintenant.

Quoi de neuf dans la version 0.16.7:

• Arbres de données gamgi / dat et gamgi_exp / dat synchronisés.
• Synchronisation des arborescences de documentation gamgi / doc et gamgi_exp / doc.
• Arbres de code gamgi / src et gamgi_exp / src synchronisés.
• Correction de plusieurs problèmes d'interface graphique dans Orbital- & gt; Modifier.
• Fixe Orbital- & gt; Modifier les plantages: orbital- & gt; les points doivent être remis à 0.
• www.gamgi.org et ftp.gamgi.org sont maintenant servis à partir d'un VM hébergé au centre informatique de l'Université Lisboa. Espérons que cela signifie des connexions plus fiables et moins de temps.
• Changement de nom automatique dans Orbital- & gt; Modifier fonctionne correctement maintenant.
• Changement automatique de nom dans Atom- & gt; Modify fonctionne correctement maintenant.
• Implémente le changement automatique de nom dans Atom- & gt; Modify.
• Implémentation du changement de nom automatique dans Orbital- & gt; Modifier.
• Orbital- & gt; Modifier fonctionne maintenant pour les orbitales uniques. Les listes d'orbitales devraient fonctionner dans la prochaine version.
• Traduction, Rotation, fonctionne maintenant bien pour Orbital- & gt; Modifier.
• static_apply pour Orbital- & gt; Modifier est presque terminé.
• static_grab terminé pour Orbital- & gt; Modifier.
• Ajout de static_ok_global et static_ok_local pour Orbital- & gt; Modifier.
• static_press terminé pour Orbital- & gt; Modifier.
• Le comportement de l'interface graphique pour Orbital- & gt; Modifier est presque terminé.
• Commencé à travailler sur Orbital- & gt; Modify and Orbital- & gt; Select.
• Mise à jour de gamgi_mesa_pick.c et gamgi_mesa_grab.c pour prendre en compte les représentations solides des orbitales.
• Correction d'un petit bug dans le code de dessin mesa des axes orbitaux.
• Les polynômes de Laguerre ont un facteur r ** L (L = nombre quantique angulaire) qui s'annule exactement avec le facteur 1 / r ** L des fonctions de Legendre, donc les descriptions mathématiques des orbitales H deviennent beaucoup plus simples! Merci à Jose Luis Martins de m'avoir indiqué cela! Pour de telles densités de probabilité faibles (1E-6), les problèmes numériques sont si sensibles que les représentations visuelles orbitales sont un peu différentes, même pour L = 1, après cette simplification.

Quoi de neuf dans la version 0.16.6:

• Arbres de code source gamgi / dat et gamgi_exp / dat synchronisés.
• Arbres de code source gamgi / src et gamgi_exp / src synchronisés.
• Ajout de captures d'écran montrant les nouvelles représentations pour les orbitales.
• Légère augmentation de la précision thêta, phi lors de la détermination du rayon d'échantillonnage par défaut orbital: testée par rapport à l'orbitale (6,5, -5) (6hy5).
• Code débogué pour effectuer une interpolation de signal dans les orbitales solides. Fonctionne bien maintenant! C'était vraiment le dernier obstacle pour avoir une représentation orbitale de classe mondiale dans GAMGI! Temps pour les captures d'écran! Nous essaierons à l'avenir de réduire le nombre de sommets, de normales et de triangles, et nous pourrions implémenter l'ombrage Gorauld, mais rien de tout cela ne changera les capacités scientifiques et visuelles de notre modèle actuel. Un verre de Porto à fêter!
• Implémenter une méthode pour effectuer une interpolation de signal dans les orbitales solides, pour résoudre le problème d'inexactitude de changement de signal trouvé plus tôt.
• Code nettoyé dans gamgi_chem_orbital.c et gamgi_chem_orbital.h.
• Correction d'un bug: la densité de probabilité orbitale n'était pas correctement exportée vers les fichiers XML.
• Les axes orbitaux sont maintenant plus simples à utiliser et ont plus d'options.
• Le code du signal fonctionne maintenant: les orbitales 3D ont l'air vraiment fantastiques, mais le code du signal doit être affiné, car le manque d'interpolation entraîne trop de bruit visuel lorsque le signal change.
• Correction du code pour échanger les triangles positifs et négatifs.
• Correction du code d'interpolation du signal dans static_edge.
• Résolution d'un problème d'interpolation lié à l'effet d'oignon isosurface orbital: fraction de force à la plage [0,1].
• Orientation fixe du bord du code orbital: ceci est nécessaire pour une interpolation exacte.
• Les erreurs numériques ont été corrigées: juste un bogue séparant les cubes (comme dans un échiquier 3D). Ça a l'air bien maintenant!
• Débogué le code 3D orbital solide, apparemment fonctionne bien, encore avec quelques erreurs numériques dans la surface.

Quoi de neuf dans la version 0.16.5:

• Les objets orbitaux peuvent maintenant être exportés, importés dans GAMGI fichiers XML natifs. Remplacement de la routine récursive static_outside par une version en boucle et en pile, supprimant ainsi un goulot d'étranglement critique dans le code orbital solide. Correction de fuites dans le code GTK, bugs sintax dans la sélection d'objet par couleur, avertissements dus à des variables non utilisées, etc.

Quoi de neuf dans la version 0.16.4:

• Synchronisation des branches source gamgi et gamgi_exp.
• Mise à jour de make_local, pour inclure les chemins: -I / usr / lib / i386-linux-gnu / glib-2.0 / include, -I / usr / lib / i386-linux-gnu / gtk-2.0 / include, utilisé par Ubuntu.
• Correction d'un bug dans le nouveau code orbital: le test de longueur r a du sens dans la représentation filaire mais pas dans le solide!
• Le nouveau code récursif fonctionne dans le pire des cas pour des baies de bits aussi grandes que 160x160x160.
• Le code récursif pour trouver les surfaces externes plante sur les baies de bits supérieures à 50x50x50. Vous cherchez une alternative à la boucle.
• Code orbital: l'interpolation de la fonction d'onde pour produire la représentation basée sur le triangle fonctionne très bien.
• Le rendu solide 2D basé sur les triangles des surfaces planaires dans les orbitales à base de H est maintenant bien testé et fonctionne bien! Ceci est crucial pour construire une représentation basée sur l'octant de ces orbitales, où les utilisateurs peuvent choisir les octants à montrer.
• Ajout de nouveaux miroirs, http://atom.ist.utl.pt et ftp://atom.ist.utl.pt, pour héberger gamgi.org.
• Ajout de jolies fichiers de structure et d'information pour le bêta-quartz à haute température, la bêta-cristobalite et la bêta-trydimite.
• Implémenter un nouveau miroir: http://gamgi.ist.utl.pt/ ou http://www.gamgi.ist.utl.pt/.
• Simplifié la façon dont les octants H-Orbital sont sélectionnés en mode câblé.
• Pour chaque octant orbitaire H, a écrit le code topologique pour construire tous les triangles nécessaires pour décrire l'isosurface 3D externe (algorithme des tétra-cubes), plus les frontières internes de l'octant 2D.
• Pour chaque octant orbitale H, a écrit et testé le code de tableau de bits nécessaire pour éliminer les isofurfaces internes et montrer seulement l'isofurf externe.
• Simplifié le code binaire octant dans gamgi_chem_orbital.c.

Quoi de neuf dans la version 0.16.3:

• Amélioration de la lisibilité dans toutes les boîtes de dialogue de copie d'objets.
• Ajout de la documentation pour Orbital- & gt; Créer, Orbital- & gt; Copier, Orbital- & gt; Lien et Orbital- & gt; Supprimer.
• Aide mise à jour - & gt; Actuel et Aide - & gt; Sujet à allouer Orbital - & gt; Créer, Orbital - & gt; Copier, Orbital - & gt; Lien; Orbital - & gt; Supprimer.
• Arbres synchronisés gamgi et gamgi_exp.
• Orbital- & gt; Link fonctionne correctement (les listes d'orbitales ne sont pas encore implémentées).
• Correction d'un problème dans tous les fichiers link_object.html, entraînant un message d'erreur GAMGI lorsque le sous-système d'aide essayait d'ouvrir l'un de ces fichiers.
• Orbital- & gt; La copie fonctionne maintenant correctement (les listes d'orbitales ne sont pas encore implémentées).
• Orbital- & gt; Remove fonctionne maintenant correctement (les listes d'orbitales ne sont pas encore implémentées).
• Commencé à construire les dialogues Orbital- & gt; Copier, Orbital- & gt; Lien, et Orbital- & gt; Supprimer.
• La disposition des octants, dans la boîte de dialogue Orbital- & gt; Créer, est beaucoup plus intuitive maintenant.

Quoi de neuf dans la version 0.16.2:

• Synchronisation des versions gamgi / (avec GtkGLExt) et gamgi_exp / (avec GLX).
• Les octants de volume de filtrage fonctionnent désormais correctement pour les orbitales H.
• Recherche terminée pour les meilleures valeurs par défaut pour les orbitales H. La densité par défaut est 1E-6, ce qui est nécessaire pour afficher toutes les régions dans les orbitales 6s. Les points sont 50000 x n, ce qui est un compromis raisonnable. Le rayon par défaut est calculé à partir du dernier maximum de la densité radiale f2r2, plus une longueur minimale de 2,0, jusqu'à ce que la densité maximale (recherche sur theta, phi) devienne inférieure à la densité par défaut.
• Amélioré, redessiné le dialogue Orbital- & gt; Créer.
• Les orbitales H fonctionnent maintenant très bien dans Gamgi. Vous cherchez maintenant les meilleures valeurs par défaut.
• Ajout de tout le code nécessaire pour construire et rendre les orbitales H.
• Code orbitale H optimisé pour la vitesse.
• Pour toutes les orbitales à base d'hydrogène de n = 1 à 6, calculer les distances pour les maxima de polinomie radiale.
• Pour toutes les orbitales à base d'hydrogène de n = 1 à 6, calculer les distances pour les zéros polinomiaux radiaux.
• Les objets orbitaux peuvent maintenant être créés, mis à l'échelle (autour du centre actuel), déplacés, tournés, comme tout autre objet Gamgi.
• Terminé le dialogue Orbital- & gt; Créer pour construire des orbitales basées sur l'hydrogène.
• A écrit le code du moteur graphique pour rendre les orbitales basées sur l'hydrogène en mode pointillé.
• Ajout et test des s, p, d, f, g, h orbitales à base d'hydrogène pour n = 6, en coordonnées cartésiennes x, y, z.

Exigences :

• GTK +