GENESIS (abréviation de Système général de simulation neuronale) est une plate-forme de simulation d'usage général qui a été développé pour soutenir la simulation de systèmes neuronaux allant de composants sous-cellulaires et les réactions biochimiques à des modèles complexes de neurones individuels, des simulations de grands réseaux, et SYSTÈMES modèles de niveau.
GENESIS a fourni la base pour les cours de laboratoire en simulation neuronale à Caltech, le Laboratoire de biologie marine, la Crète, Trieste, Bangalore, et cours de courte durée Obidos dans Computational Neuroscience, et au moins 49 universités dont nous sommes conscients.
La plupart des applications de GENESIS actuelles impliquent des simulations réalistes de systèmes de neurones biologiques. Bien que le logiciel peut également modéliser des réseaux plus abstraites, d'autres simulateurs sont plus appropriés pour backpropagation et la modélisation connexionniste similaire.
Installation
1. Choisissez l'endroit où vous souhaitez installer le «genèse» arborescence. Si vous faites une installation de l'ensemble du système comme utilisateur "root", / usr / local est un bon choix. Pour une installation personnelle, sans les privilèges root, vous pouvez utiliser votre répertoire ("~"). Changer pour ce répertoire et extrayez le répertoire genèse du fichier d'archive genesis2.2.1-linux-bin.tar.gz. Par exemple,
cd / usr / local
tar xvzf /mnt/cdrom/genesis2.2.1-linux-bin.tar.gz
ou à partir de là où vous l'avez (par exemple ~ / downloads / genesis2.2.1-linux-bin.tar.gz).
2. Allez dans le répertoire "genèse" et exécutez le script de configuration qui crée le ".simrc" fichier d'initialisation GENESIS ". Copier puis .simrc à votre répertoire personnel.
cd genèse
./binsetup
cp .simrc ~
3. finallly, ajoutez le répertoire de la genèse de votre chemin de recherche, de sorte que «genèse» peut être trouvé à partir de tout répertoire que vous êtes. Si votre shell de connexion est bash, vous pouvez le faire en modifiant le fichier .bashrc dans votre répertoire personnel d'ajouter la ligne
PATH = $ PATH: / usr / local / genèse
à la fin du fichier. Si vous utilisez tcsh ou csh comme shell de commande, ajouter
ensemble path = ($ path / usr / local / genèse)
à votre .tcsh ou un fichier .csh.
À ce stade, vous êtes prêt à essayer d'exécuter GENESIS. Allez dans le répertoire Genesis / Scripts et essayer certains des tutoriels proposés dans le fichier README
Ce qui est nouveau dans cette version:.
- De nombreuses corrections de bogues et améliorations.
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