Cell Electrophysiology Simulation Environment

Logiciel capture d'écran:
Cell Electrophysiology Simulation Environment
Détails logiciels:
Version: 1.4.7
Date de transfert: 2 Jun 15
Développeur: Sergey Missan
Licence: Gratuit
Popularité: 42

Rating: nan/5 (Total Votes: 0)

électrophysiologie cellulaire environnement de simulation (CESE) est un cadre complet spécifiquement conçu pour effectuer des simulations de calcul électrophysiologiques, par exemple, les simulations de l'activité électrique des myocytes cardiaques.
Électrophysiologie cellule environnement de simulation est utile pour les simulations de potentiels d'action, des courants ioniques individuels, et des changements de concentrations ioniques.
CESE est un programme multi-plateforme, il fonctionne sur tout système qui a l'environnement d'exécution Java (JRE) version 1.4 ou supérieure. Il a été testé sur Windows, Linux, Solaris, MacOS X, et AIX.
Utilisateurs CESE
CESE est un environnement intégré pour effectuer des simulations informatiques en utilisant une variété de modèles électrophysiologiques.
A ce stade CESE permet la création et l'exécution des modèles mono-cellulaires (contenant à la fois de Hodgkin-Huxley (HH) et les formulations actuelles de Markov). Les modèles de l'activité électrique des myocytes cardiaques avec le code source sont inclus dans la distribution de CESE. Nous espérons étendre le nombre de modèles disponibles, et d'ajouter certains modèles neuronaux à l'avenir.
La principale force de CESE est dans son uniformité & # 65533; une interface de programme est le même pour les différents types de modèles. Vous pouvez facilement basculer entre les modèles et comparer les sorties de simulation. Les paramètres du modèle peuvent être modifiés, sélectionnés pour la production et / ou serré dans le même, de façon standard.
CESE étend la signification électrophysiologique classique de la «pince de tension". Vous pouvez de le bloquer pratiquement toute variable de modèle, y compris tension (potentiel de membrane), totales ou individuelles courants ioniques, les concentrations ioniques, la température, les variables de déclenchement, etc. Les commandes de serrage peuvent être des fonctions par morceaux complexes, définies individuellement pour la variable de modèle d'intérêt . Cela ouvre des possibilités infinies pour l'exploration du comportement du modèle complexe.
CESE fournit des visualisations de données simples, mais efficaces. Les résultats de simulation peuvent être présentées dans les formes graphiques et tabulaires. Parcelles peuvent être personnalisés, et les régions d'intérêt agrandies.
Même si CESE n'a pas été conçu pour être un outil d'analyse de données, vous pouvez générer un courant-tension des relations (I-VS) et de calculer les paramètres statistiques pour un signal donné au sein du programme. Vous pouvez exporter vos données au format ASCII, fichier Axon du texte (ATF), et formats NetCDF de continuer l'analyse de votre logiciel favori.
Développeurs CESE
CESE a été créé à partir du sol en place pour intégrer les meilleures pratiques de programmation disponibles pour les développeurs Java, à la fois en termes de cohérence de l'interface utilisateur et la clarté du code et de la réutilisation. Chaque fois que possible, compter sur CESE disponibles API Java (par exemple Java2D, JavaBeans, JAXP) pour simplifier le code.
la création du modèle nécessite un certain nombre de fonctions de maintien de la maison pour être codées & # 65533; ceux-ci comprennent des intégrateurs de ODE, des routines pour la manipulation des paramètres du modèle, sauvegarde / restauration de l'état de modèle, de visualiser les résultats de simulation, etc. CESE vous fournit la mise en œuvre de ces routines, par conséquent, vous pouvez vous concentrer sur l'écriture du code pour le courant ionique béton (s), et CESE se chargera du reste.
CESE ne cherche pas à créer des cadres de programmation complexes sur son propre & # 65533; plutôt, il utilise fondamentales API Java. Par exemple, les modèles sont des composants Java conformes à la spécification JavaBeans. Nous utilisons XML pour spécifier des commandes de serrage, et sérialisation d'objets Java pour sauvegarder / restaurer les paramètres du modèle.
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