MacMolPlt

MacMolPlt est un outil de visualisation de chimie qui peut être utilisé pour construire des molécules avec un constructeur de modèle graphique intégré, créer des fichiers d'entrée pour le programme de chimie computationnelle GAMESS, puis visualiser les résultats de la chimie computationnelle pistes. Les caractéristiques comprennent un écran 3D de haute qualité, des animations de modes normaux et des séquences de réaction et de la production d'une variété de formats, y compris des images de haute qualité et des films QuickTime et Flash.

• utilisez l'entrée:
• format de fichier MolPlt frappé par GAMESS
• en collant en coordonnées cartésiennes de toute GAMESS ou gaussienne fichier log
• ne importe quelle entrée GAMESS, connectez-vous ou fichier irc
• XMol fichier XYZ de style
• les fichiers au format Molden
• Protein Data Bank (PDB ) déposer
• Chemical Markup Language (CML) fichiers
• Construire graphiquement avec un éditeur de molécule interactive
• Construire à la main en utilisant les coordonnées internes de style cartésien ou Z-Matrix
• affichage 3D de la structure et le mode Normal
• Animation des modes Normal.
• rotation 3D en temps réel et la traduction sous contrôle de la souris
• Calcul de ne importe quel paramètre Z-matrice
• mesure visuellement / distances d'affichage, les angles et dièdres.
• Création automatique des linéaires moindre mouvement (LLM) chemins
• calcul et l'affichage 2D et 3D:
• orbitales moléculaires (AO'S, MO'S, ou OVM)
• Total densité électronique
• Les différences de densité
• moléculaire électrostatique Potentiels (MEPMaps)
• générateur de fichier d'entrée de base pour GAMESS
• OpenGL utilisé de haute qualité rendu 3D
• Soutien pour la symétrie moléculaire
• Générer atomes dépendantes de symétrie
• Déterminer symétrie atomes uniques
• de déterminer automatiquement la liste des groupes de points pris en charge pour un ensemble de coordonnées.
• coordonne Rotation dans l'orientation principe bon
• opérateurs affichage de symétrie pour de nombreux groupes de points
• sortie de la qualité de publication (couleur ou noir et blanc) par impression directe ou de copier et coller dans une autre application.
• Sortie dans une variété de formes, y compris Windows bitmap, JPEG, PNG, LMC, XMol XYZ, MDL molfile, POV-Ray, films Flash et films QuickTime.

Quoi de neuf dans cette version:

Plusieurs améliorations ont été apportées au code d'affichage. Des options ont été ajoutées à la 3D volet des prefernces pour l'ombrage lisse avec et sans ombres.
Ajout du support pour les fichiers Mopac rudimentaire.
Possibilité de basculer la visibilité de ab initio, MM, et les atomes EFP ajouté.
Amélioration du support pour le modèle de base potentiels.
Ajout d'un crochet dans le constructeur d'entrée pour le nouveau programme de gamessq.
Amélioration de l'analyseur de fichier PDB.