Marvin

Le projet Marvin propose une collection d'outils Java pour le dessin, l'affichage et la caractérisation des structures chimiques, des infrastructures et des réactions.
Marvin peut être facilement installé sur votre bureau et parfaitement intégré dans des pages Web et des applications tierces via son interface de programmation d'application (API).
La famille Marvin se compose des outils suivants:
* MarvinSketch
* MarvinView
* MarvinSpace
* MolConverter

Applets ou haricots?
Marvin est disponible en deux paquets en fonction de l'utilisation:
* Marvin applets pour le développeur web
* Haricots Marvin pour le bureau de la pharmacie et pour le développeur de logiciel.
Marvin applets sont des outils pour la création de pages Web chimiques, qui sont compatibles avec la plupart des navigateurs (Internet Explorer, Firefox, Safari, Opera, etc.) Elles offrent un accès de / vers JavaScript et sont personnalisables par les paramètres de l'applet.
Haricots Marvin sont des applications facilement installables pour le bureau et des outils pour l'intégration de capacités Marvin dans ne importe quelle application Java

Ce qui est nouveau dans cette version:.

• MarvinSketch:
• recherche de base de données publique dans chemicalize.org.
• Possibilité de changer l'ordre de ligand dans MarvinSketch.
• Brouillard à effet peuvent être contrôlés de diverses manières:
• Il ya un curseur sur l'onglet Affichage de la boîte de dialogue des Préférences dans le Sketch / Voir le graphique pour définir le niveau de l'effet de brouillard et une case à cocher pour désactiver l'effet de brume automatique.
• applet et haricots paramètres sont introduits: fogFactor, automaticFogEnabled. (Sujet du forum).
• Fixation à un point de fixation de groupe n'a pas dissocier automatiquement la sgroup plus.
• Détermination de la teneur S-groupe:. S-groupes multiples et génériques doivent contenir l'ensemble sous-graphe entre les obligations qui traversent les supports
• Mise à jour de contenu S-groupe si les positions de support changent: soit crochets ou la structure est déplacé
.
• S-groupe encastrement et de chevauchement sont contrôlés à des contrôles de cohérence molécules.
• SMARTS importation prend carbones aliphatiques avec double liaison (sujet du forum).
• SMILES import / export soutient allènes.
• Générer nom traditionnel pour des fragments à l'intérieur d'un composé plus grande (par exemple & quot; bromhydrate de dextrométhorphane & quot;).
• Support pour la conversion de numéro CAS.
• Amélioration de correction d'erreur OCR dans DocumentExtractor (virgules manquants, mal reconnu Type de parenthèses, des espaces supplémentaires, ...).
• Document Extractor sur les documents PDF donne maintenant le numéro de page des résultats.
• Amélioration du support pour les noms communs dans la structure à nom et nom-structure. Le soutien général pour le nom importations a augmenté d'environ 5% pour les communes et 10% pour les noms systématiques. La vitesse de conversion est augmentée d'environ 20%.
• JChem et Marvin Haricots installateurs pour Windows extraient script shell pour Cygwin.
• Préserver les groupes exocycyclic dans les cadres Bemis-Murcko.
• halogène peut avoir plus d'une connexion pendant l'énumération.
• obligations aromatiques sont pris en compte lors du calcul du nombre de doubles liaisons pour les biens d'homologie contrôle.
• mode de sélection Lasso peut être configuré pour être le défaut dans MSketchPane (sujet du forum).
• Une nouvelle fonction, isChiral a été ajouté à TopologyAnalyzer.
• New chmical Conditions fonctions: isQuery (), fieldAsString ()
.
• Correction de bugs:
• zone Nom n'a pas été mis à jour après la création du groupe, car la création d'un groupe n'a pas augmenté graphe invariant nombre de changements (forum de discussion).
• application MarvinSketch ne comprenait pas & quot; - {name} & quot; paramètre de ligne de commande.
• Lorsque la Structure & gt; Trouver structure Menu en ligne a été invoqué sous Linux, le navigateur par défaut ne pouvait pas être détecté pour afficher résultat (sujet du forum).
• Le chargement du fichier isotopes.data du cache java échoué si sa version non compressée a été stocké dans le cache (ce est à dire si la décompression a été fait automatiquement par le serveur web, et non par Marvin). Sujet de discussion, documentation.
• Les objets graphiques ne ont pas été affichés dans la fenêtre de résultat Géométrie Plugin.
• Sur la flèche électron-débit, la boîte bleue pour mettre en évidence a été manquée (sujet du forum).
• afin de ligand ne était pas affichée sur l'échafaud si les définitions ont été supprimés, même si le & quot; Toujours & quot; option d'affichage a été fixé pour & quot; ligand Commandes & quot; la boîte de dialogue des préférences.
• Index de l'atome multicentrique devenue corrompue après l'exportation au format MDL Mol se il a été connecté à un R-groupe.
• Sous-collé à rectangles a été endommagé pendant Mrv import / export (sujet du forum).
• Importer de 1-lettre peptide a échoué à un seul histidine (sujet du forum).
• hydrogènes implicites manquaient par l'importation de skc.
• valeur de la propriété Null de MolAtom n'a pas été exporté / importé en format Mrv.
• Par l'importation de certains SMARTS, type de liaison de mal a été déterminée au lieu d'une simple liaison ou aromatique.
• Certains supports importés à partir de fichiers Cdx tirées dans ChemDraw ont été affichés dans la mauvaise direction.
• SMARTS exportation:. 1 atome liaison simple voisin d'un cycle aromatique a été exporté en tant que liaison simple lieu de simple / aromatique
• Exportation requêtes avec noeud de liaison et de groupes R en format SMARTS étaient incorrects.
• La manipulation H atomique était ambiguë dans SMARTS expressions.
• Mol fichier commentaire domaine importation a échoué.
• Importation de certains SMILES a eu tort (sujet du forum).
• Si le modèle contient une partie de la chaîne qui peut être situé dans la cible en tant que partie d'un (ou système de cycle) de l'anneau nous devrions ignorer cette partie du modèle.
• L'option fin avec Hydrogenize de Clean3D n'a pas dissocier S-groupes automatiquement (sujet du forum).
• Molecule.contractSgroups () foiré les coordonnées de molécules (forum de sujet).
• hydrogènes explicites ne ont pas été correctement pris en compte dans le calcul de la stéréochimie cis / trans.
• générateur tautomère jeté ArrayIndexOutOfBoundsException dans certains cas.
• homologie recensement produit des molécules incompatibles pour certains entrée VMN.
• accusation erronée compte après l'application CovalentCounterion fixateur.
• Le format de sortie du journal de StructureChecker ligne de commande diffère du format de sortie de l'assistant.
• ChiralFlagErrorChecker ne gérait pas correctement chiralité. Au lieu de calculer la chiralité de données de parité, on utilise une mise en œuvre basée sur la méthode de isChiral TopologyAnalyser.

Ce qui est nouveau dans la version 5.4.0.1:

• Highlighting des flèches de flux d'électrons a été mal quand la base ou le point final était une obligation (sujet du forum).
• configuration du menu Serialized n'a pas fonctionné.
• L'indice de l'atome multicentrique a été créé de façon incorrecte lors de l'exportation MDL molfile en cas de structures où le groupe R a été relié à l'atome multicentrique (obligations de variation de position).
• hydrogènes implicites ont été absents des atomes après l'importation ou la pâte dans des structures / Symyx format de fichier Sketch (format de fichier SKC) ISIS.
• fichiers CDX y compris les objets graphiques tournées exportés à partir d'anciennes versions de ChemDraw n'a pas pu être importé.
• Calcul tautomère
• tautomère générique ne était pas assez unique dans certains cas. En raison de la correction, le tautomère générique est fourni sous forme aromatique.
• calcul de tautomère Canoncical a été améliorée grâce à la correction de désaromatisation.
• Certaines structures avec des hydrogènes explicites liées à la liaison de coin ont donné une exception lors tautomérisation générique.
• Le calcul du volume a été absent de cxcalc.
• Structure Checker jeté NullPointerException au lieu d'ignorer le fichier de configuration incorrecte.

Quoi de neuf dans la version 5.1.03.2:

• IUPAC Nom importation: convertir les noms IUPAC aux structures.
• OLE 2 soutien:. Amélioration du support du collage objets MarvinSketch dans des documents MS Office
• Chimie Conditions:. Disponibles de Marvin en ligne de commande, API et peuvent être utilisés dans les scripts Java (dans les applets)
• accélérée initialisation de MarvinSketch et MarvinView au démarrage, à la fois en version autonome, et comme composant mis en œuvre dans d'autres applications.

Exigences :

• Java 2 Standard Edition Runtime Environment