Téléchargement gratuit Jmol Pour Linux ::: Logiciels éducatifs et scientifiques

Jmol

Logiciel capture d'écran:

Détails logiciels:

Version: 14.29.14 ^{Mise à jour}

Date de transfert: 22 Jun 18

Développeur: Egon Willighagen and Michael Howard

Licence: Gratuit

Popularité: 93

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Jmol est un logiciel graphique open source, multiplateforme et gratuit qui a été conçu à l'origine pour servir de visionneuse moléculaire pour les structures chimiques 3D. Il fonctionne sous quatre modes autonomes, comme une application Web HTML5, un programme Java, une applet Java et un composant côté serveur "sans tête".

Feaures en un coup d'oeil

Les principales caractéristiques comprennent un support de rendu 3D haute performance sans nécessiter de matériel haut de gamme, l'exportation de fichiers aux formats JPG, PNG, GIF, PDF, WRL, OBJ et POV-Ray, le support des unités élémentaires, le RasMol et le Chime les langages de script, ainsi que la bibliothèque JavaScript.

De plus, le logiciel prend en charge les animations, les surfaces, les vibrations, les orbitales, les mesures, la symétrie, les opérations sur les cellules unitaires et les formes schématiques.

Formats de fichiers pris en charge

Actuellement, l'application supporte un large éventail de formats de fichiers, parmi lesquels on peut citer MOL MDL, MDL V3000, SDL MDL, CTFile MDL, CIF, mmCIF, CML, PDB, XYZ, XYZ + vib, XYZ-FAH, MOL2, CSF, GAMESS, gaussien, MM1GP, HIN HIN / VIH, MOLPRO et MOPAC.

De plus, CASTEP, FHI, VASP, ADF, XSD, AGL, DFT, AMPAC, WebMO, PSI3, CRISTAL, MGF, NWCHEM, odydata, xodydata, QOUT, SHELX, SMOL, GRO, PQR et JME sont également supportés

Prend en charge tous les principaux navigateurs Web

Le logiciel a été testé avec succès sur tous les principaux navigateurs Web, y compris Mozilla Firefox, Google Chrome, Internet Explorer, Opera et Safari. Les applications de navigation susmentionnées ont été testées sur tous les systèmes d'exploitation traditionnels (voir la section suivante pour les systèmes d'exploitation supportés).

Prend en charge tous les systèmes d'exploitation traditionnels

Ecrit dans le langage de programmation Java, Jmol est une application indépendante de la plate-forme conçue pour supporter toutes les distributions GNU / Linux, les systèmes d'exploitation Microsoft Windows et Mac OS X, et tout autre système d'exploitation sur lequel Java Runtime Environment est installé. / p>

Quoi de neuf dans cette version:

correction de bugs: Jmol SMILES ne permet pas la recherche de code d'insertion - ajoute & quot; ^ & quot; pour le code d'insertion: [G # 129 ^ A. *]

Quoi de neuf dans la version:

correction de bugs: Jmol SMILES ne permet pas la recherche de code d'insertion - - ajoute "& quot;" pour le code d'insertion: [G # 129 ^ A. *]

Quoi de neuf dans la version 14.20.3:

correction de bugs: Jmol SMILES ne permet pas l'insertion- recherche de code - ajoute "& quot;" pour le code d'insertion: [G # 129 ^ A. *]

Quoi de neuf dans la version 14.6.5:

correction de bogue: Jmol SMILES ne permet pas la recherche par code d'insertion - ajoute "& quot;" & quot; pour le code d'insertion: [G # 129 ^ A. *]

Quoi de neuf dans la version 14.6.1:

correction de bugs: Jmol SMILES ne permet pas l'insertion recherche de code - ajoute "& quot;" pour le code d'insertion: [G # 129 ^ A. *]

Nouveautés dans la version 14.4.4 Build 2016.04.22:

correction de bogue: jeux d'atomes d'annotation pas ajusté pour les hydrogènes ajoutés

: 14.3.3_2014.08.02 cassé lecteur mmCIF

: BinaryDocument (fichier spartiate) en lecture interrompue le 14.1.12_2014.03.18

Nouveautés dans la version 14.4.4 Build 2016.04.14:

correction de bogue: jeux d'atomes d'annotation pas ajusté pour les hydrogènes ajoutés

: 14.3.3_2014.08.02 cassé lecteur mmCIF

: BinaryDocument (fichier spartiate) en lecture interrompue le 14.1.12_2014.03.18

Quoi de neuf dans la version 14.4.4 Build 2016.03.31:

correction de bogue: ensembles d'atomes d'annotation pas ajusté pour les hydrogènes ajoutés

: 14.3.3_2014.08.02 cassé lecteur mmCIF

: BinaryDocument (fichier spartiate) en lecture interrompue le 14.1.12_2014.03.18

Quoi de neuf dans la version 14.4.3 Build 2016.03.02:

correction de bogue: les jeux d'atomes d'annotations ne sont pas ajustés pour les hydrogènes ajoutés

: 14.3.3_2014.08.02 cassé lecteur mmCIF

: BinaryDocument (fichier spartiate) en lecture interrompue le 14.1.12_2014.03.18

Nouveautés dans la version 14.4.3 Build 2016.02.28:

correction de bogue: jeux d'atomes d'annotation pas ajusté pour les hydrogènes ajoutés

: 14.3.3_2014.08.02 cassé lecteur mmCIF

: BinaryDocument (fichier spartiate) en lecture interrompue le 14.1.12_2014.03.18

Quoi de neuf dans la version 14.4.2 Build 2016.02.05:

correctif de bogue: ensembles d'atomes d'annotation pas ajusté pour les hydrogènes ajoutés

: 14.3.3_2014.08.02 cassé lecteur mmCIF

: BinaryDocument (fichier spartiate) en lecture interrompue le 14.1.12_2014.03.18

Quoi de neuf dans la version 14.4.0 Build 2015.12.02:

correction de bogue: jeux d'atomes d'annotation pas ajusté pour les hydrogènes ajoutés

: 14.3.3_2014.08.02 cassé lecteur mmCIF

: BinaryDocument (fichier spartiate) en lecture interrompue le 14.1.12_2014.03.18

Quoi de neuf dans la version 14.2.15:

correction de bogue: les jeux d'atomes d'annotations ne sont pas ajustés pour les hydrogènes ajoutés

: 14.3.3_2014.08.02 cassé lecteur mmCIF

: BinaryDocument (fichier spartiate) en lecture interrompue le 14.1.12_2014.03.18

Quoi de neuf dans la version 14.2.13:

correctif de bogue: les jeux d'atomes d'annotations ne sont pas ajustés hydrogènes

: 14.3.3_2014.08.02 cassé lecteur mmCIF

: BinaryDocument (fichier spartiate) en lecture interrompue le 14.1.12_2014.03.18

Quoi de neuf dans la version 14.2.12:

correctif de bogue: les jeux d'atomes d'annotations ne sont pas ajustés hydrogènes

: 14.3.3_2014.08.02 cassé lecteur mmCIF

: BinaryDocument (fichier spartiate) en lecture interrompue le 14.1.12_2014.03.18

Nouveautés dans la version 14.1.8 Bêta:

nouvelle fonctionnalité - définir cartoonRibose:
dessine des anneaux en ribose, avec des facettes montrant des fronces
se connecte via C4'-C5'-O5'-P explicitement
montre C3'-O3 'pour référence.
désactive cartoonBaseEdges (bords de Leontis-Westhof)
désactivé par SET cartoonBaseEdges ON
suggéré par Rick Spinney, Ohio State
nouvelle fonctionnalité: le cadre d'animation [a, b, c, d] fonctionne avec des nombres négatifs pour indiquer des plages:
image anim [1, -5, 10, -6] - & gt; [1,2,3,4,5,10,9,8,7,6]
lu comme "1 à 5 puis 10 à 6"
nouvelle fonctionnalité: Lecteur de fichiers Tinker (et mise à niveau du lecteur FoldingXYZ):
Peut utiliser Tinker :: mais ceci n'est requis que si la première ligne est JUSTE un atomCount
prend en charge le format Tinker plus ancien avec n-1 atomes pour atomCount
permet les trajectoires et le numéro de modèle désiré
nouvelle fonctionnalité: (en réalité 13,1 mais non documenté) cadre d'animation [51 50 49 48 47 46 45 (etc) 27 1 2 3 4 5 6 7 (etc) ....]
nouvelle fonctionnalité: x = compare ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot;)
nouvelle fonctionnalité: x = compare ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot ;, & quot; tout & quot;)
nouvelle fonctionnalité: x = compare ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot ;, & quot; meilleur & quot;)

nouvelle fonctionnalité: x = compare ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot; H & quot; & quot;)
nouvelle fonctionnalité: x = compare ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot; allH & quot;)
nouvelle fonctionnalité - x = compare ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "bestH"):
génère une ou plusieurs listes de corrélations basées sur des SMILES non aromatiques
inclut éventuellement des atomes H
génère éventuellement tous les mappages d'atomes possibles
renvoie int [] [] = [[a1 b1], [a2 b2], [a3 b3], ...]
où an et bn sont des indices d'atomes entiers ou listent quand & quot; all & quot; l'option est choisie.
ce qui suit va générer une carte de corrélation d'atomes pour deux structures incluant des atomes d'hydrogène: charger des fichiers & quot; a.mol & quot; & quot; b.mol & quot; x = compare ({1.1} {2.1} "MAP" & "H")
ce qui suit compare le modèle de la caféine de NCI à celui de PubChem:
charger $ caféine; charger ajouter: caféine; cadre *
sélectionnez 2.1; label% [atomIndex]
comparer {1.1} {2.1} SMILES pivoter traduire
x = compare ({1.1}, {2.1}, & quot; MAP & quot; bestH & quot;)
pour (a dans x) {a1 = a [1]; a2 = a [2]; sélectionnez atomindex = a1; étiquette @ a2}
nouvelle fonctionnalité: comparez {model1} {model2} SMILES:

pas besoin de donner des SMILES; Jmol peut le générer à partir de {model1}
nouvelle fonctionnalité: x = {*}. find ("SMILES", "H"):
génère des SMILES avec des atomes H explicites

: fonction substructure () utilisant SMILES au lieu de SMARTS, donc seulement les structures complètes;

: amélioration de l'interception des erreurs et des messages dans les méthodes liées à SMILES
Correctif de bogue: rend la découverte webexport du chemin vers Jmol.jar et jsmol.zip plus robuste.

: getProperty extractModel n'honore pas le sous-ensemble
correction de bogue: set pdbGetHeader TRUE ne capture pas REMARK3 REMARK290 REMARK350

: getProperty (& quot; JSON & quot;, ....) devrait renvoyer la valeur dans {value: ...}

: la translucidité persistante de MO est cassée en 11.x
correction de bogue: montre MENU écriture MENU charge MENU tout cassé 12.2
Correction d'un bug: {*} [n] devrait être vide si nAtoms

Quoi de neuf dans la version 14.0.7:

Bug correctif: 14.0.6 fatalement buggé - rendu unitcell et echo, getProperty

Nouveautés dans la version 14.0.5:

Correction d'un bug: LCAOCartoon translucency cassé
Correction d'un bug: un backbone translucide cassé
Correctif: pqr, lecteurs p2n cassés
Correctif: la propriété de la carte isosurface xxx peut échouer si la surface est un fragment qui (en quelque sorte) a un point non associé à un atome sous-jacent.

Quoi de neuf dans la bêta version 14.1.5:

correction de bogue: LCAOCartoon translucency broken

: un backbone translucide cassé

: pqr, lecteurs p2n cassés
Correction d'un bug: la propriété de la carte isosurface xxx peut échouer si la surface est un fragment qui (en quelque sorte) a un point non associé à un atome sous-jacent.

Quoi de neuf dans la version 14.0.4:

Correction d'un bug: les fusées sont cassées
Correctif: PDB byChain, bySymop non supporté.

Nouveautés dans la version 14.0.2:

Correction d'un bogue: la modulation n'établit pas de distinction entre q et t;

: les mesures modulées ne fonctionnent pas

: ne pas ignorer le paramètre defaultLattice & quot; {NaN NaN NaN} & quot;

: la carte isosurface échoue sur l'orbite atomique

: l'affichage vibratoire de la modulation avec les distances ne se met pas à jour

: la désactivation des vibrations provoque un avertissement inutile dans la console

: dessiner symop cassé

: array.mul (matrix3f) bloque Jmol

: sélectionnez symop = 1555 broken

: régler la sélection dragSelected ne fonctionne pas
code: CifReader refactorisé, séparant le code MMCifReader et MSCifReader: renommage / refactoring mineur des méthodes dans SV
code: ajoute l'interface javajs.api.JSONEncodable
implémentation super simple dans org.jmol.script.SV
permet aux implémentations de javajs de fournir des résultats JSON personnalisés

Nouveautés dans la version 14.1.2 Bêta:

nouvelle fonctionnalité: JavaScript: API JSmol Jmol.evaluateVar (applet, expression):
mieux que Jmol.evaluate car le résultat est une variable JavaScript, pas une chaîne.
DEPRECATING JSmol api Jmol.evaluate (applet, expression)
nouvelle fonctionnalité: getProperty (& quot; JSON & quot ;, ....):
renvoie le code JSON pour la propriété
autorise JavaScript: x = Jmol.getPropertyAsArray (& quot; variableInfo & quot ;, & quot; une expression & quot;)
nouvelle fonctionnalité: getProperty variableInfo:
permet de récupérer des variables au format Java ou JSON
évalue l'expression
par défaut pour "tout"
nouvelle fonctionnalité: modulation ajustable par q et t, jusqu'à d = 3:
modulation on / off (tous les atomes)
Modulation {atom set} activée / désactivée
modulation int q-offset
modulation x.x t-offset
modulation {t1 t2 t3}
modulation {q1 q2 q3} TRUE
nouvelle fonctionnalité: selectedList:
Rangé ordonné d'atomes récemment sélectionnés
peut être utilisé de la même manière que la variable PICKED, mais cela est ordonné séquentiellement, pas temporellement
cliquer deux fois sur la structure efface la liste
@ {pickedList} [0] atome sélectionné en dernier
@ {pickedList} [- 1] l'avant-dernier atome

@ {pickedList} [- 1] [0] deux derniers atomes choisis
nouvelle fonctionnalité: array.pop (), array.push () - similaire à JavaScript
nouvelle fonctionnalité: échelle de modulation x.x
nouvelle fonctionnalité: légende & quot; xxxxx & quot; x.x - nombre de secondes pour s'exécuter
nouvelle fonctionnalité: la modulation 0.2 // définit la valeur t
nouvelle fonctionnalité: array.pop (), array.push (x)
a = []; a.push (& quot; test & quot;); print a.pop ()
nouvelle fonctionnalité: sélectionnez ON / OFF atom-set:
active ou désactive les halos de sélection ainsi que la sélection
commodité seulement
nouvelle fonctionnalité: pt1.mul3 (pt2):
renvoie {pt1.x * pt2.x, pt1.y * pt2.y, pt1.z * pt2.z}
si les deux ne sont pas des points, revient à une simple multiplication
new reature: array.mul3 (pt2) - applique mul3 à tous les éléments du tableau
nouvelle fonctionnalité: {atomset} .modulation (type, t):
délivre P3 (modulation de déplacement)
implémenté uniquement pour le type = "D" (optionnel)
optionnel t est 0 par défaut

: la modulation n'établit pas de distinction entre q et t;

: les mesures modulées ne fonctionnent pas

: ne pas ignorer le paramètre defaultLattice & quot; {NaN NaN NaN} & quot;
correction de bogue: échec de l'orbite atomique de la carte isosurface

: l'affichage vibratoire de la modulation avec les distances ne se met pas à jour

: la désactivation des vibrations provoque un avertissement inutile dans la console

: dessiner symop cassé

: array.mul (matrix3f) bloque Jmol
Correction d'un bogue: sélectionnez symop = 1555 Correction d'un bug cassé: réglage de la sélection dragSelected ne fonctionnait pas
code: CifReader refactorisé, séparant MMCifReader et MSCifReader
code: renommer / refactoriser les méthodes en SV
code: ajoute l'interface javajs.api.JSONEncodable:
implémentation super simple dans org.jmol.script.SV
permet aux implémentations de javajs de fournir des résultats JSON personnalisés

Nouveautés dans la version 14.0.1:

nouvelle fonctionnalité: Jmol._j2sLoadMonitorOpacity (par défaut 55)
nouvelle fonctionnalité: fonction load (), comme dans le chargement d'impression (& quot; xxx & quot;), lecture de fichier local limitée dans l'applet:
aucun fichier de répertoire racine
aucun fichier sans extension
aucun fichier avec un & quot; /. & quot; dans le chemin
nouvelle fonctionnalité: les fichiers JAR sont signés en toute sécurité
nouvelle fonctionnalité: les fichiers JAR de l'applet incluent JNLPs (Java Network Launch Protocols) pour le chargement de fichiers locaux
nouvelle fonctionnalité: Options d'URL JSmol _USE = _JAR = _J2S = remplacements pour les données d'informations
nouvelle fonctionnalité: (était présent mais non documenté) print quaternion ([tableau de quaternions]) - renvoie sphérique signifie à la Buss et Fillmore
nouvelle fonctionnalité: print quaternion ([array of quaternions], true):
renvoie l'écart-type pour la moyenne sphérique à la Buss et Fillmore

sont des degrés angulaires
nouvelle fonctionnalité - valeurs du module de quaternion nommé:
imprimer quaternion (1,0,0,0)% & quot; matrice & quot;
options comprennent w x y z normal eulerzxz eulerzyz vecteur thêta axisx axisy axez matrice d'axes
Fonction ew - définissez celShadingPower:
définit la force de cel shading
valeurs entières
par défaut 10 est une ligne épaisse
5 est une ligne fine
0 désactive la fonction

la valeur négative supprime l'ombrage intérieur - contour seulement
fonctionne sur un pixel basé sur la source normale à la source lumineuse (alimentation> 0) ou sur l'utilisateur (alimentation <0>)
définit la couleur sur le contraste de l'arrière-plan (noir ou blanc) lorsque normal_z & lt; 1 - 2 ^ - (| celShadingPower | / 10)
nouvelle fonctionnalité: les rapports de lecture de mmCIF _citation.title dans la console de script Jmol
nouvelle fonctionnalité: minimise SELECT {atomset} SEULEMENT - L'option SEULEMENT exclut tous les autres atomes
nouvelle fonctionnalité: minimise {atomset} - SELECT implicite et SEULEMENT
nouvelle fonctionnalité - & quot; extensions & quot; répertoires dans JSmol pour les scripts JS et SPT contribués:
jsmol / js / ext
jsmol / spt / ext
nouvelle fonctionnalité: charger ... filtre & quot; ADDHYDROGENS & quot; - set local pdbAddHydrogens juste pour une commande de chargement
nouvelle fonctionnalité: comparez {1.1} {2.1} BONDS SMILES
nouvelle fonctionnalité: list = compare ({atomset1} {atomset2} & quot; SMILES & quot; BONDS & quot;)
nouvelle fonctionnalité: écrire JSON xxx.json
nouvelle fonctionnalité: [# 210] JSON {& quot; mol & quot;: ...} lecteur
ew feature - définit particleRadius:
rayon global pour les atomes sur la valeur du rayon maximum (16.0)
par défaut à 20,0
nouvelle fonctionnalité - filtres CIF et PDB & quot; BYCHAIN & quot; et "BYSYMOP" pour la particulation de virus:
crée juste un atome par chaîne ou par symop

peut être mise à l'échelle plus grande que le maximum de 16 Angstroms en utilisant, par exemple:
définir particleRadius 30;
spacefill 30; // n'importe quel nombre supérieur à 16 ici utilise particleRadius à la place
nouvelle fonctionnalité: list = compare ({atomset1} {atomset2} SmartsString & quot; BONDS & quot;)
nouvelle fonctionnalité: la fonction symop () permet la symétrie du filtre de biomolécules pour PDB et mmCIF
nouvelle fonctionnalité - isosurface SYMMETRY:
applique des opérateurs de symétrie à isosurface
Rendu et création plus efficaces

par défaut est {symop = 1} seulement
la coloration par défaut consiste à colorer par symop en fonction de propertyColorScheme
exemple:
charge le premier filtre "biomolécule 1"
propriété de couleur symop
isosurface sa résolution 0.8 symétrie sasurface 0
nouvelle fonctionnalité - nouvelle propriété atom: chainNo:
séquentiellement à partir de 1 pour chaque modèle;
chainNo == 0 signifie "pas de chaîne". ou chaîne = ''
nouvelle fonctionnalité - new propertyColorScheme & quot; friendly & quot;:
schéma de couleur favorable à la cécité des couleurs
utilisé au RCSD
nouvelle fonctionnalité: JSpecView complètement Java-libre; inclut l'impression RMN 2D et PDF des spectres
nouvelle fonctionnalité - WRITE PDF & quot; xxx.pdf & quot; qualité & gt; 1 demande le mode paysage:
utilise des classes de création PDF personnalisées efficaces
taille l'image si elle est trop grande
nouvelle fonctionnalité: JSpecView ajoute le format PDF et la RMN 2D pour JavaScript
nouvelle fonctionnalité: charger & quot; == xxx & quot; FILTRE "NOIDEAL" - Charge chimique des composants du PDB en utilisant le "nonideal" ensemble de coordonnées

: écrire un CD supprimé; ChemDoodle a changé de format. utilisez JSON à la place

: les fichiers PDB et CIF indiquaient des assemblages tels que PAU comme un grand nombre négatif
correction de bogue: COMPARE avec aucune rotation ne démarre la boucle infinie
correction de bogue: problème de bouclage avec delay (-1)

: la souris roule pour Chrome en JavaScript

: correction du menu contextuel JavaScript pour les changements de langue

: les composants principaux JavaScript ne sont pas traités; Jmol._debugCode non reconnu
correction de bogue: décalage unitaire incorrect pour les biomolécules; origine incorrecte pour les axes.

: isosurface / mo FRONTONLY cassé

: la localisation du langage est cassée en JavaScript
: le lecteur ADF ne lisait pas la sortie MO de DIRAC Build 201304052106

: Safari signale les informations jaunes de Jmol au lieu de demander d'accepter l'applet
- le tag devait être

: le lecteur CIF ne gère pas correctement _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
- mauvais ensemble d'atomes pour load = 3fsx.cif filter & quot; ASSEMBLAGE 1 & quot;
correction de bogue: [# 558 Problème de compatibilité avec ChemDoodle] Erreur JSmol dans la définition de Number.toString ()

: la roulette de la souris ne fonctionne pas correctement

: l'erreur du compilateur JavaScript J2S ne contraint pas int + = float à l'entier

: l'option JavaScript WEBGL est cassée
Correction d'un bug: JavaScript NMRCalculation n'accède pas aux ressources

: la stéréo JavaScript n'est pas implémentée

: correction du lecteur MOL pour le fichier multi-modèle (13.3.9_dev)
correction de bogue: erreur de lecture MOL avec charge APPEND - ne continue pas les numéros d'atomes
correction de bogue: le lecteur de modulation CIF ne lit pas les combinaisons linéaires de vecteurs d'onde de cellule
correction de bogue: lecture CIF avec filtre & quot; BIOMOLECULE 1 & quot; échoue si seulement l'opération d'identité

: le lecteur mmCIF ne lisait pas toutes les options _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
Correctif de bogue: L'entrée PDB CRYST 1.0 1.0 1.0 90 90 90 devrait signifier "pas de cellule unitaire". indépendamment du filtre de biomolécule

: la dalle d'isosurface ne s'adapte pas bien aux molécules plates telles que HEM
correction de bogue: print userfunc () peut échouer (userfunc () par lui-même est correct)
Correctif de bogue: intra (hélice) non implémenté pour les polymères C-alpha uniquement
Correctif de bogue: _modelTitle non mis à jour lorsqu'un nouveau fichier est chargé ou zappé

: {*}. symop.all ne fournit pas correctement l'opérateur de symétrie

: pour une liaison triple dans SMILES dans les URL

: build.xml classes de création PDF manquantes

: suite à la mise à jour de Java, ajout de la vérification du chemin approprié pour l'applet locale signée

: {xxx} .property_xx non enregistré dans l'état (cassé 8/7/2013 rev 18518)
Correctif de bogue: Manifestes mis à jour pour les fichiers JAR applet signés et non signés

: l'écriture échoue

: la méthode de l'applet scriptWait () est cassée

: la session PyMOL peut afficher une cellule unité après lecture depuis l'état enregistré

: le lecteur MMCIF échoue pour plusieurs types d'assemblage
correction de bogue: lecteur CIF & quot; biomolécule 1 & quot; traduire en "moléculaire"; plutôt que "assemblage"
: charger une trajectoire avec plusieurs fichiers ne fonctionnant pas

: le menu contextuel de l'applet JS ne se ferme pas correctement lors du changement de langue

: Attribut d'ID de case à cocher HTML non affecté
code: refactoring du code applet / appletjs; org.jmol.util.GenericApplet
code: refactoring, simplification des lecteurs tamponnés et des flux d'entrée bufférisés.
code: refactorisation JavaScript, meilleure construction _... xml
code: JavaScript Entier, Long, Court, Byte, Float, Double tout retravaillé
code: désambiguïsation de GT ._
code: Refactorisé toutes les classes internes inutilement au plus haut niveau
code: util util / ModulationSet utilisant api / JmolModulationSet
code - Toutes les localisations de langage d'applet lues à partir de fichiers .po simples:
comme pour JavaScript déjà
pas besoin de compiler des fichiers de classe pour les langages d'applet
aucun fichier .jar de langue
Le nouveau répertoire jsmol / idioma contient des fichiers .po pour Java et HTML5
code: rendu isosurface plus rapide en ajoutant implicite & quot; frontonly & quot; avec select {xxx} SEULEMENT
code: rendu isosurface plus rapide avec implicite & quot; isosurfacepropertySmoothing FALSE & quot; dans des cas pertinents (entiers)
code: JmolBinary.getBufferedReaderForResource () - consolide toutes les références à URL.getContent () et Class.getResource ()
code: JavaScript contourne le problème de classe interne avec réattribution de noms de variables
code: work-around pour eval (functionName) ne fonctionne pas en JavaScript.
code: expérimenter avec l'occlusion ambiante
code: Manifestes requis ajoutés pour Java Ju51 (janvier 2014).
code: JmolOutputChannel déplacé vers javajs.util.OutputChannel
code: jsmol.php fixé pour autoriser & quot; dans la méthode saveFile
code: refactorisation de l'analyseur dans javajs.util
code: DSSP déplacé vers org.jmol.dssx, réduisant la charge bio JSmol de 20K
code: le paquet iText a été abandonné, il n'est plus nec, car j'ai écrit mon propre créateur PDF

Exigences :

Environnement d'exécution Oracle Java Standard Edition

22 Jun 18 Dans Logiciels éducatifs et scientifiques, Bioinformatique

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