CodonW

CodonW est un programme conçu pour simplifier l'analyse multivariée (analyse de la correspondance) de l'utilisation des codons et acides aminés. Il calcule également les indices standards d'utilisation de codon. Il a à la fois menus et interfaces de ligne de commande.
Le projet CodonW a été écrit par John Peden dans le laboratoire de Paul Sharp, Département de Génétique, Université de Nottingham. John travaille en génétique humaine et travaille actuellement comme gestionnaire de base de données ProCardis au WTCHG à l'Université d'Oxford.
Voici quelques caractéristiques principales de "CodonW":
· Écrit en C ANSI conformes
· Menu entraînée
· Nombre important d'options en ligne de commande
· Le code génétique indépendante
· Pas de limites sur
1. nombre de séquences
2. longueur de séquence
· Calcule les indices d'utilisation de codon
1. CAI: Codon d'adaptation d'indice
2. Fop: Fréquence des codons optimaux
3. Nc: Nombre effectif de codons
4. CBI: Codon Index Bias
· Calcule des indices d'acides aminés
Le score 1. GRAVY
2. Aromaticité
· Calcule analyse des correspondances de
1. Codon Usage
2. RSCU (Relative utilisation de codon synonyme)
3. Acides utilisation de l'acide
· L'analyse des correspondances
1. peut inclure / exclure des codons / acides aminés
2. peut générer des rapports détaillés de tendances
3. tentatives visant à identifier les codons optimaux automatiquement
4. peut permettre jeux de données additionnels à ajouter
5. enregistre un certain nombre de tendances
· Calcule les paramètres de gènes
1. longueur des gènes
2. GC, GC3s et la position de codon spécifique G + C
3. Composition dinucléotide (dans les trois cadres de codons)
4. Amino utilisation de l'acide
5. l'utilisation d'acides aminés Relative
6. L'usage des codons
7. relative usage de codons synonymes
· Can conceptuellement traduit séquences aux protéines
· Reformate données de séquence
· Humain ou une machine sortie lisible
· Peut concaténer gènes (tout en préservant un cadre de lecture) pour calculer
1. l'utilisation globale du codon
2. Contenu du GC
3. Composition dinucléotide
· Génère des tables de codon, l'acide aminé, ou l'utilisation de RSCU
· Peut même vous aider à apprendre le code génétique.
· Et plus