STEPS

ÉTAPES est un package pour la simulation stochastique exacte des systèmes de réaction-diffusion dans des géométries 3D arbitrairement complexes. Notre algorithme de simulation de base est une implémentation de l'ASS de Gillespie, élargie afin de traiter la diffusion des molécules sur les éléments d'un maillage tétraédrique 3D.
Bien qu'il ait été principalement développé pour simuler des modèles détaillés de voies de signalisation dans les dendrites neuronales et autour de synapses, ce est un outil général et peut être utilisé pour l'étude de toute voie biochimique dans laquelle les gradients spatiaux et la morphologie sont supposés jouer un rôle.
Nous avons mis en place ÉTAPES comme un ensemble de modules Python, ce qui signifie ÉTAPES utilisateurs peuvent utiliser des scripts Python pour contrôler tous les aspects de la mise en place du modèle, générer un maillage, contrôle la simulation et la génération et l'analyse de sortie. Les principales routines de calcul sont encore mises en œuvre dans les modules de vulgarisation C / C pour la vitesse maximale de l'exécution.
. ÉTAPES est distribué sous licence GPL de la

Exigences :

• Python