SSuMMo est une bibliothèque de fonctions conçues autour itérative utilisant hmmer d'attribuer des séquences à des taxons & nbsp;. Les résultats sont très arbres annotées montrant espèces / distribution de genre au sein de cette communauté.
Programmes fournis avec le code source comprennent des outils pour: -
- Construire une base de données hiérarchique des modèles de Markov cachés - dictify.py;
- Allouer des séquences aux noms taxonomiques reconnues - SSUMMO.py;
- Analyser la diversité biologique, en utilisant Simpson, Shannon et autres rankAbundance.py méthodes-;
- Visualiser les résultats que cladogrammes avec une capacité distincte de facilement comparer les ensembles de données inter-- comparative_results.py
- Convertir les résultats au format phyloxml: dict_to_phyloxml.py;
- Représentation construction html - dict_to_html.py.
- Courbes de raréfaction de l'intrigue et de calculer les indices de biodiversité correspondant
Python code source est fourni ici, sur le code de google. La base de données prédéfini hiérarchique de HMM, ainsi que d'une base de données SQL optimisé taxonomie (utilisée pour déduire rangs de chaque taxon) peuvent être téléchargés à partir de: - http://bioltfws1.york.ac.uk/ssummo/Download/
Pour installer d'informations, se il vous plaît se référer au fichier README. Pour plus d'informations sur l'utilisation, il est un wiki (ci-dessus), et un avant-Manuel de l'utilisateur a été ajouté au tronc svn
Exigences :.
- Python
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