Pathomx

Logiciel capture d'écran:
Pathomx
Détails logiciels:
Version: 3.0.0a
Date de transfert: 17 Feb 15
Développeur: Martin Fitzpatrick
Licence: Gratuit
Popularité: 12

Rating: nan/5 (Total Votes: 0)

Pathomx (anciennement MetaPath) est un logiciel graphique open source mis en œuvre dans IPython, Qt et PyQt, conçu à partir du sol en place pour agir comme un utilitaire interactif pour la visualisation et l'analyse des données métaboliques sous GNU / Linux et d'autres POSIX & nbsp; exploitation systèmes. Il a été initialement conçu pour être utilisé pour le traitement de la métabolomique data.Features à une des caractéristiques glanceKey inclure le support pour l'importation et l'exportation de RMN (Résonance magnétique nucléaire) de données, le traitement des spectres, y compris la normalisation, binning et l'alignement, ainsi que métabolique visualisation de la voie et l'exploitation minière. Vous serez également en mesure d'importer des données génomiques et métabolomique par diverses voies pour la visualisation sur les voies spécifiées.
Divers annotations de base de données MetaCyc sont également inclus dans l'application Pathomx, parmi lesquels nous pouvons citer liens base de données de l'unification, des synonymes, ainsi que les voies et les réactions associées. Se il vous plaît noter que la base de données MetaCyc est dérivé de l'API publique.
L'application utilise la base de données MetaCyc puissant pour l'exploration rapide des ensembles de données complexes, grâce à des plugins extensible et configurable. En outre, il utilise les bibliothèques NumPy et scipy pour le nombre de manutention, Matplotlib pour la représentation graphique, nmrglue pour la RMN importation de données, D3.js pour les graphiques interactifs et Scikit-Learn pour l'analyse statistique methods.Under le capot et soutenu OSesLooking sous le capot de Pathomx, nous pouvons remarquer que l'application a été construit sur IPython shell de commande. Il travaille aussi bien dans les systèmes d'exploitation Microsoft Windows et Mac OS X, pour lesquelles il est disponible en téléchargement sous forme de paquets binaires pré-compilés. Pour GNU / Linux, le logiciel est distribué seulement comme une archive source gzip compatible avec 32-bit et 64-bit plates-formes matérielles.
Lors de l'utilisation Pathomx, les utilisateurs doivent garder à l'esprit que l'application utilise des données provenant de la base de données de la voie MetaCyc lui-même, qui fait partie de la famille BioCyc. L'API MetaCyc est utilisé pour générer la base de données fourni, qui est stockée localement

Ce qui est nouveau dans cette version:.

  • Un tout nouveau glisser-déposer éditeur visuel a été ajouté.
  • Il vous permet de créer des workflows d'analyse en faisant glisser outils dans l'espace de travail, la modification des connexions en faisant glisser les lignes de données entre les outils et l'aide de vues à roues alignées pour obtenir un aperçu du traitement actuel.
  • Les données peuvent être tombé dans l'espace de travail pour l'importation instantanée.
  • Il a également ajouté en direct par-outil progresser notifications, des bars et des indicateurs d'état.
  • erreurs sont indiquées avec le texte d'aide (infobulles sur les outils lorsque cela est indiqué en rouge).

Exigences :

  • Graphviz

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