mpiBLAST est une implémentation parallèle fondé MPI de NCBI BLAST. Le projet se compose d'une paire de programmes qui remplacent formatdb et blastall avec les versions qui exécutent des travaux de BLAST en parallèle sur un cluster d'ordinateurs avec MPI installés. Il ya deux principaux avantages à utiliser mpiBLAST contre BLAST traditionnelle.
Tout d'abord, mpiBLAST divise la base de données sur chaque nœud du cluster. Parce que le segment de chaque nœud de la base de données est plus petit, il peut résider habituellement dans le tampon-cache, ce qui donne une accélération significative en raison de l'élimination des E / S disque. Deuxièmement, il permet aux utilisateurs de BLAST à prendre avantage de efficaces, low-cost clusters Beowulf, car les demandes de communication entre processeurs sont faibles.
mpiBLAST atteint accélération super-linéaire dans les situations où la base de données est trop volumineux pour tenir dans la mémoire RAM, et presque linéaire accélération dans d'autres situations. Il ne nécessite pas un cluster dédié.
Exigences:
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