CaPSID

capside est une plate-forme complète open source qui intègre un pipeline de calcul haute performance pour l'identification & nbsp séquence pathogène; et la caractérisation de génomes humains et transcriptomes avec une base de données des résultats évolutive et une application logicielle conviviale basée sur le Web pour la gestion, l'interrogation et la visualisation des résultats.
Mise en route
Vous aurez besoin d'une base de données MongoDB, un Python 2.6+ installation et Apache Tomcat 6+. Pour plus de détails, lire le wiki:
http://wiki.github.com/capsid/capsid/home

What est nouveau dans cette version:

• Corrections Message d'erreur lors de l'exécution de soustraction et l'alignement ne est pas trouvé
• Plus de travail sur la fixation de requêtes longues

Ce qui est nouveau dans la version 1.4.2:

• Supprime MongoKit dépendance

Ce qui est nouveau dans la version 1.4.1:

• Corrections curseur temporisation pour statistiques de fonctionnement longues requêtes

Ce qui est nouveau dans la version 1.4.0:

• Ajoute statistiques alors qu'ils sont en cours d'exécution plutôt que tous les à la fin
• Enregistre id unique pour les gènes comme uid

Ce qui est nouveau dans la version 1.2.7:

• Corrections README

Quoi de neuf dans la version 1.2.6:

• Soustraction filtre unmapped lors de la construction mappé lectures

Ce qui est nouveau dans la version 1.2:

• Utilitaire pour créer des fichiers FastQ de lit unmapped
• Utilitaire pour revenir intersection de fichiers FastQ
• Utilitaire pour revenir fichiers filtre de FastQ
• seuil drapeau Ajouté à la soustraction
• Gbloader peut maintenant charger les bactéries et les génomes fongiques
• Enregistre séquences génomiques à base de données en utilisant GridFS
• réduite de la mémoire lors du calcul des statistiques
• l'utilisation des sous-processus au lieu de os.system

Filtre
• scores de mapq doit inclure 0

Quoi de neuf dans la version 1.1:

• ajoute le support pour deux-end lit

Ce qui est nouveau dans la version 1.0.1:

• Ajout du support pour l'authentification MongoDB

Exigences :

• Python